崇禎帝本來有7個兒子，夭折了四個，崇禎死時還有3個兒子活著，隱藏在民間，分別為：16歲的太子、13歲的定王、12歲的永王，崇禎帝屌絲煤山前讓這三個兒子換衣逃跑。“朱三太子”也意指崇禎的這三個兒子的總稱，
表面上來看，朱三太子是指崇禎帝的兒子朱慈炯，他在諸皇子中排行老三，同時也是嫡三子，明滅時逃亡到民間，被百姓稱為朱三太子。而題目裡的“朱三太子”則是指清康熙、雍正、乾隆年間的人懷念明朝後代的一種通稱，無法確指哪一位皇子。
清兵入關以後，有關“朱三太子起兵”的訊息此起彼伏，讓清政府很是頭大，康熙、雍正、乾隆三位皇帝都曾為之寢食難安。
三位皇子遁跡民間對清朝統治者是後患
崇禎十七年（1644年）三月十七日，李自成大軍在京城外喊殺聲震天，眼看就要破城而入，無力迴天絕望透頂的崇禎帝癲狂地逼死皇后貴妃，揮刀砍死數名嬪妃，砍殺自己的女兒，理智逐漸清醒後，做父親的責任心也逐漸復甦，他匆匆安排自己的心腹太監帶著3個兒子，皇長子太子朱慈烺、三子定王朱慈炯、四子永王朱慈炤逃跑。為保血脈，崇禎帝將這三個兒子喬裝打扮成庶民，偷偷送出皇宮，自己則於三月十九日跑到煤山一顆歪脖子樹前吊死了，僅34歲的他死的很狼狽淒涼：冠冕已去，披頭散髮，以發覆面，左腳光著，右腳穿著一隻紅鞋，身邊僅有一個太監王承恩守著。
李自成入京後，太子朱慈烺和老四朱慈炤落入李自成手裡，李自成打算將太子當做自己坐穩江山的王牌沒有殺他，並且滿足了太子提出的條件：“不可驚我祖宗陵寢”、“速以禮葬我父皇母后”及“不可殺戮我百姓”，並指現在投降的官員是不忠不義，應盡殺之。李自成封他們兄弟二人為宋王、安宅公。
李自成前去山海關討伐吳三桂時，將他們兄弟倆帶在軍中。大順軍在山海關大敗，太子朱慈烺和永王朱慈炤在亂軍中走散。接著，清攝政王多爾袞率軍佔領了無人管理的北京，多爾袞奉勸太子回京，但再也尋他不見，永王朱慈炤也從此銷聲匿跡。
三皇子朱慈炯自從別過崇禎
帝
，就再無蹤跡可尋。
不過眾百姓都普遍認為，三位皇子都還在民間某個地方安全活著，就算被敵人捉住也不會有性命之憂。因為在當時的歷史背景下，無論是李自成、吳三桂，清政府，還是南明弘光政府都想把皇子們特別是太子當成最重要的棋子，當成最有力的向對方興師問罪的反擊籌碼，所以就算他們找到太子或其他皇子，也不會殺掉的。
正是因為三位皇子下落不明，明朝遺民有了要光復明朝的希望，康雍乾時期出現了多次起義，幾乎都打著“朱三太子”的名號，一呼百應，號召力很大。
例如：
1、康熙十二年十二月二十二日的楊起隆起義，楊起隆不過是一個無業遊民，趁吳三桂謀反的時機，自稱是三皇子朱慈炯，人稱“朱三太子”，他大臂一揮，迅速糾集眾人，浩浩蕩蕩在京城反清，還建立了廣德年號。起義失敗後楊起隆逃亡，光來救駕的就有數百人，影響甚遠。
康熙十二年，吳三桂反，京師聞變，有楊起隆者，詐稱朱三太子，私改元廣德，號其徒為“中興官兵”，裂布裹首以白，披身以赤，謀作亂。《清史稿 ·
鄂
克遜傳》
楊起隆逃往陝西達七年之久，到了康熙十九年（1680年）在陝西鳳翔被抓獲。楊起隆在逃期間，有部下揭穿他是假的朱三太子，不過也有人堅稱他真是三皇。不管真假，1680年楊起隆被押往京師砍了腦袋，數百名參與者一同赴死。
2、
康熙十六年三月二十日夜，又有一撥人打著朱三太子的旗號起義。發起人是漳州人蔡寅，他在海上發展，在海兵勇士間有一定威信，就打著“海上兵勇朱三太子”的旗號，號召勇士們頭裹白布，稱為“白頭軍”， 聯合臺灣鄭經起義，很快發展數萬“白頭軍”。被海澄公黃芳世打敗後，仍率殘兵部將繼續在南靖、長泰、同安等縣山谷間發展，康熙帝曾派人鎮壓但難以徹底掃滅。
3、
到了康熙十六年六月河南柘城，又有人詐稱是明皇子，糾集眾人起事。
4、
此外，湖南武岡州也有人冒充朱三太子起義，康熙十八年八月，負責平定三藩的定遠平寇大將軍、安親王嶽樂在在此地捉到“明太子”，押到京師殺害。
接連不斷的“皇子”起事，讓康熙帝心力憔悴，試圖想一個完美的解決辦法。他決定借德行教化民眾，再用攻心術廣納明朝後裔。
“康熙三十八年，康熙帝南巡從杭州歸途經過南京謁明孝陵後，諭大學士等：“訪察明代後裔，授以職銜，俾其世守祀事。”正式開始公開找尋明後裔，授官職”
聖旨一下，一些明後裔紛紛歸來，但他們還沒吃到誘餌就被冠以“假冒”翦除了。諸臣奉諭五個月後復奏：
“明亡已久，子孫湮沒無聞，今雖查訪，亦難得實。”
後來康熙三次南巡，皆祭明孝陵，對明後裔訪察和授職再沒提過。
5、康熙三十八年（1698），江南金和尚找來一個70多歲的老頭冒充“朱三太子”，密謀在康熙南巡時活捉康熙，引起朝廷高度警惕，結果連炮都沒拉響就被活捉殺死了。
6、
康熙四十四年前後，江蘇太倉的一念和尚和浙江大嵐山張念一、張念二等打著“朱三太子”的旗號起事。一念起義時頭包紅布，豎大明旗號，稱大明天德年號進行反清復明，起事失敗，於康熙四十六年（1707）被捕殺死。
此外還有，江南金和尚起義、浙江四明山起義、臺灣朱一貴起義等等大小起義如雨後春筍大量湧現，大大小小的起義數百起，他們都打著朱三太子的名號，火爆程度一直持續到乾隆時期。
“朱三太子”主要折磨的是康雍乾三朝皇帝，因順治帝時忙著對付明朝殘餘勢力，無力顧及。
清朝的這三個皇帝對“朱三太子”的一波波操作深惡痛絕，儘管對打著朱三太子起義的那些 “賊子”有的被處以死刑，但仍一直抓不完，殺不盡。皇帝每每聽到朱三太子這個名字時，就會如鯁在喉寢食難安。他們知道朱三太子這面旗幟只要存在一天，大清的統治就會不穩定一天。
那麼三位皇子的結局都怎樣了？
告別崇禎帝后，三位皇子在戰火紛飛中四處逃亡，走散。面對四處林立的敵軍，隨時都有落入虎口的危險，落魄的太子走投無路投靠了外公周奎，當時太子的姐姐長公主正在周奎家寄養。長公主見到太子姐弟相擁而泣，周奎忙給太子“跪獻酒食”。他確定這男孩就是太子朱慈烺。
誰知道，周奎自私自利不顧親情，他為了自保、為向新主子邀功，把太子出賣獻給了多爾袞，反說太子是假冒，請多爾袞任意處置。
多爾袞怕有詐，懷疑周奎拿假太子冒充掉包真太子，就讓審查官檢驗太子身份是真是假。
審查官呼來明朝遺留得太監們來辨認，許多太監看到後，呼啦啦跪了一片，高呼“太子殿下”， 朱慈烺也毫無差錯地喊出他們的名字，真太子的身份已確定無疑。
多爾袞卻找來一名被稱為“袁貴妃”的女子裝模作樣來辯真偽，“袁貴妃”一口咬定太子是假的。
多爾袞指示審問官，以“冒充前朝太子”為罪名，把真太子當假太子殺死了。
凡是認定太子是真太子的人員也都一併被處死，有些官員和民間人士提出質疑，也被多爾袞滅口，御史趙開心在上疏中說了一句“太子若存，明朝之幸”，被清廷懷疑有思明之心，差點砍了腦袋。迫於壓力最終眾人統一口徑說朱慈烺是“假冒太子”， 朱慈烺被斬殺。
後世史學家也大多認為，這裡的太子實則是真太子。著名的史學專家孟森考察論證得出，這裡的太子是真太子，而那個“袁貴妃”才是地地道道的假貨。
多爾袞曾宣佈天下：“找到真太子必加恩養，凡來告之人有賞。”事實上卻完全相反，指認真太子的人都被處死了，說假話的反而得到獎賞。史載，太子的外公周奎得到“緞百匹、銀百兩”的重賞，這在所有投降的外戚中是他得的這種“恩待”是絕無僅有的，由此推斷太子是自己的外公周奎出賣的。
真太子剛被斬殺，南明又冒出了個太子，說自己是朱慈烺，不識太子真面目的眾人難辯真偽，最後大學士王鐸當眾揭穿了假太子的謊言。因為王鐸曾擔任過太子經筵講官，對太子太熟悉了，由他親自作證，南明認定這個太子實屬假冒。
南明因擔心清朝和別有用心的人打著朱慈烺的招牌搞事情，就鄭重宣告說朱慈烺已離世，是死於清政府之手，並對朱慈烺厚葬，追諡他為獻閔太子和悼皇帝。
不過民間並不認為太子已經被殺，而是認為他隱姓埋名悄悄躲避在老君山上的一座寺廟裡當了道士，而且一當就是30多年。他是被東宮侍讀李士淳營救到了這裡的，在這裡等待時機，希望有朝一日光復明朝。
有一些忠實的前朝臣民曾追隨太子不離不棄，他們偷偷稱呼朱慈烺為皇帝，朱慈烺活到51歲才去世，老君山下曾有太子墓，太子碑和4篇碑文，時至今日，老君山下還有太子洞存留，但具體這位是否是真的太子並沒有確鑿的證據。
三皇子朱慈炯去了哪裡？
在高壓下朱慈炯也不會有多好的結局。不過《明史》對他的結局並沒有詳細記錄，僅有短短數字：
十七年，京師陷，不知所終。
因皇子生死不明，出現了許許多多的打著“朱三太子”的旗號，喊著“反清復明”的口號起兵的人。據說，吳三桂“三藩作亂”後，朱慈炯被清廷抓獲，清廷又一次上演說謊大法，處死了朱慈炯。
四皇子朱慈炤去了哪裡？
崇禎帝吊死前把四皇子交給王太監帶著逃命，王太監背叛把他送花給李闖王，當時一個姓毛的將軍看守他，清兵入關，李闖敗逃後，毛將軍就帶著朱慈炤往南奔走，在河南種田為生。朱慈炤和毛將軍在一塊生活了大概兩年，當毛將軍聽說清兵正在掘地三尺追捕皇室後裔，就嚇得拋下了朱慈炤，自己跑路了。
朱慈炤得知兩位皇哥都死於清廷之手，年僅13歲的他慌里慌張地逃回老家鳳陽，遇到了一位姓王的明朝遺老。
當這個明朝的諫官得知眼前這位少年是崇禎帝的四皇子時，拉著他的手跪拜痛哭流涕，收留了他。為掩人耳目王老諫官收養朱慈炤為義子，改名為“王士元”，倒過來讀就是“原是王”。
朱慈炤跟著這名王老諫官過著平淡的平民生活，這名遺老去世後，朱慈炤又繼續逃亡流浪來到浙江。
在這裡碰到了前朝的胡大人，胡大人對明朝忠心耿耿，見到流浪的朱慈炤百感交集，他冒著全家被殺頭的危險收留了他，還將自己的女兒嫁給他，又給他找了份教書的工作讓他養家餬口。
就這樣到了康熙47年，此時的朱慈炤有75歲了，一妻一妾兒女成群（6子3女1孫子）。
如果他繼續讓自己的子孫後代隱姓埋名，對自己的身世隻字不提的話，按照這樣發展他並無生命之憂，可是他遵循了朱元璋給後代取名都包含五行偏旁的祖訓，不料朱慈炤給後代的這種取名方式，為兒子取名以“和”字排輩，名字裡的最後一字都是帶有土部的生僻字，這種怪異的名字露出了身份，而且他在一次醉酒無意說出自己的身世，又恰巧一念和尚起義時打的是他的旗號，引起清朝廷注意。康熙帝對民間嚴加搜查，災難一步步逼近朱慈炤。
康熙四十七年（1708年），朱慈炤被押到京師受審，全家被捕，妻妾和女兒自縊而死。
朱慈炤面對清廷的審訊，承認了自己的身份，並極力否認自己造反。他說：
“況吾今七十五血氣已衰，鬢髮皆白，乃不作反於三藩叛亂之時，而反於清寧無事之日乎，且所謂謀反者必佔據城池，積草屯糧，招兵買馬，打造軍器，吾曾有一此乎”
可他萬萬沒想到清廷會違背當初的“許諾”對他假封爵真滅門！
康熙面對朱慈炤的說辭無話可說，但最後仍以“雖無造反之事，未嘗有謀反之意”對朱慈炤定死罪，還玩了一把偷樑換柱的遊戲。康熙帝還利用了一下崇禎夭折的五皇子朱慈煥（朱慈炤已夭折的五歲胞弟），明朝官方有明確的夭折記錄，可清朝在修史和對外將朱慈煥改成了朱慈炤，並宣稱夭折的是朱慈炤，朱慈炤是冒名頂替、犯欺君之罪，殺了朱慈炤！本來決議要將其一家處以極刑，康熙認為凌遲太殘忍，改為斬首。朱慈炤家所有男丁全部被殺，就連他年幼的小孫子也沒有逃過此劫，與此案相關的一百多名人員被流放到偏遠的寧古塔。
總結：
無論三位皇子是死是活，民間反清復明的起義浪潮一直不斷。人心思明，“推翻異族統治，拯救中華”。“反清復明”這一口號，幾乎伴隨整個清王朝，在中國歷史上實屬罕見。大家也都目睹了“朱三太子”的號召力和凝聚力是巨大的，感到用朱三太子做旗號起到了意想不到的宣傳作用，因而打著朱三太子的旗號起義成為民間反清的一種高效手段，起義層出不窮，朱三太子的正統性讓康雍乾三皇帝憂心勞神寢食難安，其實真正起兵的的並非朱家皇子的任何一個。