康熙二十四年（1685年）大清決定要跟北方的俄國幹一仗，為打這一仗已準備了三年。此時的天朝絕談不上兵強馬壯國庫充裕，前幾年剛平定三藩、收復臺灣，耗費了不少銀子，錢袋子比臉還乾淨，按說是該休養生息的。
從威脅程度來說，北方俄國遠不如西邊的準噶爾汗國威脅大。噶爾丹先後滅掉了哈薩克和葉爾羌，準噶爾騎兵所向披靡，傳承了蒙古騎兵驍悍戰鬥力，這讓同樣馬背上打天下的滿清如坐針氈、如芒在背，彷彿看到自己當年的影子。
康熙下決心打這一仗並不容易，毛子在邊境愈漸猖狂，若不收拾一下給點顏色瞧瞧，一來土地繼續被蠶食，二來天朝面子掛不住。所以這一仗必須打，還要打出氣勢，打得漂亮。解決了北方的隱患，才能騰出手專心致志對付準噶爾汗國——這是後話了。
康熙任命滿洲正紅旗人彭春為統帥進攻雅克薩。為一仗大清抽調了3000兵力：駐守璦琿的黑龍江將軍府出兵2000名，其中1500名滿族士兵，500餘名達斡爾土著士兵。從北京調來了500名八旗兵，八旗兵可是康熙壓箱底的“中央軍”，千里迢迢送去打俄國人，可見對這一仗的重視度。另外，還有500餘名藤牌兵，這是一支穿著怪異的奇兵，現在被一些網友稱為大清的特種部隊。
據史料顯示，這500藤牌兵主要由臺灣人組成。施琅收復臺灣後，如何處理鄭氏王朝軍隊成了一個問題。解決辦法大致可用四個字來形容“關停並轉”，一部分軍人發點補助退伍回家種地，一部分打散併入清軍，還有一部分轉到大陸來，這些藤牌兵就是從臺灣轉到大陸來的。
雅克薩城的總督叫托爾布津，此人的當官軌跡可以總結為“一路向東”：他先在西伯利亞地區的託博爾斯克當總督，後來又調到尼布楚當總督，1682年才調到雅克薩當總督。
花了20多天，彭春領導的3000大軍來到雅克薩城下。相較於雅克薩的兵力，清軍3000人確實可以稱之為“大軍”，因為雅克薩的俄國兵只有450餘人和3門大炮。
彭春向托爾布津下最後通牒，迅速撤離，要不然就開打——“若仍執迷頑抗，則大兵進剿，將雅克薩城毀盡殺絕，彼時追悔莫及矣”。
托爾布津很頑固，他仗著雅克薩城堅固難破，對最後通牒置若罔聞，拒不撤離。
這時候俄方乘船而來了一小隊哥薩克人增援雅克薩，彭春派出藤牌兵截擊敵人。這些臺灣藤牌兵水性好，一個個赤身裸體跳入江中，右手持刀，左手將藤牌頂在頭上，踩水前進。哥薩克人沒見過這陣仗，驚呼“大帽韃子”，他們把藤牌當成了清軍的帽子。哥薩克人齊齊放箭，都被藤牌擋住了。藤牌兵遊近哥薩克人的小船，在水下一通亂砍或直接掀翻小船，船漏水了、翻船了，哥薩克人紛紛掉入水中。這一幕類似於梁山泊水軍戲耍朝廷軍隊。
史料記載說，這一場水戰哥薩克人損失半數（可能多事淹死的），而藤牌兵沒有一人死亡。遊牧民族基本是旱鴨子，在這一戰體現十分明顯。
當天晚上清軍發動總攻，40餘門紅衣大炮大顯神威，分成三批圍攻雅克薩城，一批大炮擺在城北開火，一批大炮擺在城東開火，一批大炮擺在城西的古城島上（古城島是黑龍江上的一個島，現在屬於漠河興安鎮管轄）。俄國人困在城裡抱頭鼠竄，遭轟死了不少人。用閻崇年的說法，俄國神甫舉著十字架祈禱上帝憐憫，也無濟於事。
清軍在紅衣大炮的助陣下攻了一夜，雅克薩城的三面都被打爛了，俄軍死傷慘重。托爾布津無可奈何，只好向清軍投降了。
在受降儀式上，托爾布津口頭髮誓決不再返回雅克薩，決不再侵擾當地居民。被俄國人抓去幹苦力的一百多達斡爾人釋放回家了。
按照康熙事先的聖旨，為表天朝寬厚“勿殺一人，俾還故土”，因此彭春允許雅克薩的700多俄國居民帶上自己的財物返回俄羅斯，並且還為他們提供了馬匹和路上的口糧。
其中有40多個俄國人不願回國，想留在大清，他們後來被編入鑲黃旗滿洲都統第四參領第十七佐領，這支部隊主要是滿蒙漢等民族的混血兒組成，駐防在北京東直門一帶。
朝廷甚至還給這些俄國人安排了老婆，主要是那些死刑犯的遺孀，他們的後裔在當時被稱為“阿爾巴津人”，阿爾巴津是俄國對雅克薩的稱呼。
阿爾巴津人作為一個少數民族在北京一直延續著，人口曾經達到上千人。在義和團運動中，阿爾巴津人被當做洋人，有200多人被拳民殺死了。
1875年，俄國後裔阿爾巴津人
解放後的民族識別工作，阿爾巴津人劃歸為滿族。當年中蘇關係蜜月時期，蘇聯還撥了一筆款子專們為阿爾巴津人修了集體公寓。
且說俄國人撤離雅克薩後他們並不甘心。莫斯科克裡姆林宮裡充斥著低氣壓，經營了20多年的雅克薩就這麼丟了，雅克薩城被紅衣大炮轟得稀巴爛，高傲的俄國人無論如何咽不下這口氣。索菲亞公主拍板，調派600名軍人奔赴尼布楚，準備反撲雅克薩。
那時候俄國第一沙皇是伊凡五世，第二沙皇是彼得一世（彼得大帝），倆人都是小孩子，實際上攝政的是他們的姐姐索菲亞公主。能派出600名軍人已經很不容易了，俄國正在聯合奧地利和波蘭對付奧斯曼帝國，大搞特搞，打第二次俄土戰爭，地主家也沒餘糧。
彼得大帝親政後將索菲亞公主幽禁在修道院中
俄國人撤離雅克薩僅僅一個月後，尼布楚總督派一支小隊前往雅克薩偵查，他們發現清軍已經離開了。尼布楚總督馬上興奮起來，與那個失敗者托爾布津一商量，決定重返雅克薩。
1685年9月份，索菲亞公主派出的600名軍人已經就位，托爾布津帶隊返回雅克薩。他們重修工事與軍營，儲備糧食物資，挖掘水井，準備長期固守。
當地達斡爾人看見沙俄匪徒又回來了，快馬飛報到黑龍江將軍府。黑龍江將軍薩布素上奏康熙：“羅剎復來雅克薩，築城盤踞，臣請於冰消時，督修船艦，親率官兵，相機進剿。”大興安嶺漠河地區冰消之時，那起碼得等到來年初夏時節了。
康熙頒佈聖諭說，要趕緊剿滅，不然他們囤積糧草加固工事後，再剿就不容易了。
1686年7月份，黑龍江將軍薩布素率領清軍水陸兩路2000餘人馬進逼雅克薩。清軍在古城島設立大本營，對雅克薩採取圍攻之勢。托爾布津吸取了第一次慘敗經驗，不能再龜縮起來固守，他指揮軍隊先後五次主動出城攻擊，均被清軍打退回去了。
清軍完全控制了黑龍江，切斷俄國援軍通道，同時也切斷了雅克薩城內的水源。再搬出紅衣大炮又是一通猛轟，俄軍死傷累累。托爾布津被飛來炮彈擊中，右腿崩的老遠，血如泉湧。四天後，托爾布津因傷勢過重，不治身亡了。
這次俄軍的精氣神和戰力確實比第一次強太多，他們雖然損失慘重，清軍卻總是攻不下來，就像一個鐵疙瘩，老是劈不開。攻不下來那就不強攻了，清軍做好了打持久戰的準備，將雅克薩包圍死死的，總會消耗你油盡燈枯。這一圍就圍了將近一年！
最終雅克薩城800多名俄軍只剩下了66人，大多戰死或受傷不治病死，雅克薩岌岌可危。俄國此時與奧斯曼帝國戰事如火如荼，不可能騰出手在東方發動大規模戰爭，便派出使者到北京議和。
雙方戰事停止了。清軍入城救治傷員，給俄國人發放糧食，幫忙安葬戰死人員。完成一系列動作後，清軍從雅克薩撤走了。
1689年9月，康熙派重臣索額圖來到尼布楚，與俄國人談判兩國邊界問題，消除邊界紛爭。跟隨索額圖到尼布楚的還有一萬大軍，向俄國露肌肉宣揚國家軍力。
談判結果雙方訂立了《尼布楚條約》，兩國以額爾古納河、格爾必齊河、綽爾納河與外興安嶺為界，清楚明晰邊界互不侵擾。
《尼布楚條約》劃定的疆界維持了150年之久沒有更動。大清朝認為這是外交史上的一大勝利，俄國也認為這是他們外交史上的一大勝利。
現在的尼布楚小鎮風光（俄國名叫涅爾琴斯克）
現在的雅克薩小鎮風光（俄國名叫阿爾巴津諾）
