明崇禎二年是個不祥的年份。在短短的一年時間裡，由於官僚內部的不和諧，內耗加重，造成了二名重要將領的自相殘殺，加速了明朝帝國的衰亡速度。這二人就是當時名震朝野的毛文龍，和袁崇煥。對於袁崇煥殺死毛文龍，成了其身上的爭議焦點；對於崇禎殺袁崇煥，也激起了歷史的滔天巨浪。

崇禎二年的六月，剛剛被崇禎任命的督師袁崇煥以閱兵為名，乘船來到毛文龍所轄區域，邀請毛文龍觀看操練。在見到毛文龍後，袁崇煥以突然襲擊方式逮捕了毛文龍，並歷數毛文龍所謂“十二大”罪狀。什麼“夜郎自居，專制一方”、“冒功欺君，無汗馬之勞。”等等，於是在未向朝廷彙報情況下，袁崇煥就將毛文龍擅自斬殺。毛文龍早年家貧，為人志氣宏遠，30歲之前他還是個沒有工作的閒散人員，那年聽說關防緊急他就“密走關寧，查山川形勢，打算尋找機會，然無卒如何。”

他的舅舅看到外甥如此抱負，於是向遼東巡撫王化貞推薦，稱讚他“奇才也，慷慨多大略，且究心時事久矣，試與之一旅，必能為國效力，成功名。”於是王化貞看在老朋友面子上，特授予毛文龍都司職位，“臨出鼓吹，簪以花，親易其所衣拱揖上嗎。”毛文龍激動地哭著磕頭，以至折斷了身上的革帶，發誓說：“所不矢死以報國者，有如此帶。”

此後的毛文龍果然不負眾望，明熹宗天啟元年的五月，毛文龍率領197人渡海三千里，擒拿叛將，一舉收復遼東半島數百里，舉朝轟動。當時就有人評價說：“清軍強盛，所向無敵。明無一勝，大清無一負，獨將軍受事後，稱稍稍敢仰視。”。此後隨著戰功積累，“數年間，屠殺萬餘奴，獻俘數十次。”明朝高層對其表現十分滿意，說他“渾身是膽，滿腹皆兵。”、“好大將才也”此後他升為練兵遊擊、總兵官，平遼將軍，左都督並賜尚方寶劍。毛文龍個性鮮明，軍紀十分嚴明，在軍中不貪不佔，也不對明朝任何官員俯首勾連“於權要決不可饋遺，或送白銀千兩，須人參八百斤，公但如其銀價報之，故怒之者多，亦以此致禍焉。”

那麼袁崇煥跟東林黨什麼關係呢？嚴格意義來講，他可能不算東林黨核心成員。但他和東林黨淵源頗深，袁崇煥本人是當時的內閣大學士、東林黨骨幹韓爌的門生；當年極力推薦他的侯恂、孫承宗等人也與閹黨勢不兩立的人物；而崇禎初年，在朝中極力支援的他、與他一起謀劃殺死毛文龍的正是東林黨黨魁、內閣大學士錢龍錫。

1628年7月在袁崇煥入京，第二次督師遼東前，錢龍錫曾特意到袁的寓所與他商議如何處置毛文龍問題，此後誅殺毛文龍也被列入提到了袁崇煥的遼東恢復計劃之中。最終毛文龍難逃一死。

在毛文龍在被殺5個月後，皇太極引兵直抵北京城下。在溫體仁以及王永光等閹黨成員的大肆攻擊下，“專戮大帥”成為一項重要罪名，袁崇煥被捕下獄，次年8月被凌遲處死。9月內閣大學士錢龍錫被捕下獄，第二年被判處流放。而在袁崇煥死之前，韓爌也因遭到彈劾，致仕還鄉。