薩爾滸敗訊傳回朝廷，京師震動。對於這場徹底的失敗朝廷的官員們發出了三種議論。第一種是可以失敗但是絕對不能認輸，為了朝廷的顏面以及彰顯王朝的霸氣，朝廷應該每年加餉三百萬兩為遼東募兵十至十八萬，專司剿奴，直到徹底剿滅後金。
第二種則是反思戰敗的原因，認為楊鎬作為經略沒有摸清後金虛實就輕敵冒進，必須嚴懲；後金也不是一日坐大，養寇自重的李成梁父子必須嚴懲。
第一種議論實話說比較切合帝王的心思，萬曆心裡當然也接受不了遼東的失敗，他也希望能將努爾哈赤獻俘於午門來洗刷失敗的恥辱。但是朝廷根本弄不來三百萬兩餉銀，發兵再伐之議只能不了了之。
第二種議論看似有理，但解決不了實際問題，而且戰前這幫人罵楊鎬畏敵不前、貽誤戰機的奏疏，萬曆估計都還記得放在什麼地方。
第三種議論準確地說不是來自一類官員，而是一個官員，這個人就是熊廷弼。他的議論才是萬曆最想看的，目前應該如何守住遼東。
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熊廷弼像
熊廷弼，字飛百，萬曆二十五年鄉試第一名，二十六年進士及第。為人“
性剛負氣、好謾罵，不為人下，物情以故不甚附
”，做什麼事都無所顧忌，不計後果。萬曆三十六年擢御史巡按遼東，當年上書怒斥李成梁放棄寬甸內遷民戶之罪可賜死，結果是萬曆不置可否，熊廷弼得罪了李成梁一系不少人。
在遼東工作期間，他實行軍屯，修繕邊牆和堡壘，三年之內囤糧三十萬石，修七百里邊牆、城池七座、墩臺一百餘座。努爾哈赤稱汗反明後，熊廷弼準確地判斷出後金軍的驚人戰鬥力，認為大明軍隊在野戰中根本就不會有勝算，又積極向朝廷上疏備陳修邊駐堡、以守為戰的存遼大計。
這在一片主攻伐、主剿滅的霸氣奏中顯得格格不入，加上熊廷弼目空一切，喜恥笑謾罵同僚這個性格上的致命缺點，導致他在遼東事務根本無人支援，很快就被楊鎬排擠到南直隸督學去了。
薩爾滸之戰後，面對慘敗朝臣們才承認熊廷弼的正確，公議推薦熊廷弼代楊鎬經略遼東。萬曆與內閣大臣商議後起復熊廷弼大理寺丞兼河南道御史，命其去宣撫遼東軍民。不久後又加兵部右侍郎兼右僉都御史銜，準備讓其代替楊鎬經略遼東（此時楊鎬尚未去職）。
然而熊廷弼還沒出京師，開原就失陷了。熊廷弼意識到遼東局勢的惡化，於是上書萬曆說明了自己的觀點和要求。
在他看來要守遼東則需守住河東這塊腹心之地；要守河東則需守遼陽、瀋陽；要守遼、沈則必守開原以聯通葉赫夾擊後金。現在開原失陷，後金必先攻葉赫以絕腹背之憂。攻滅葉赫後，後金會從東西兩面夾擊河東，到時遼東更難防守。
在這個空當大明需要立即在瀋陽、遼陽重建防線。接著熊廷弼提出了他的要求“
毋旁掣、毋中格
”，明確地告知萬曆，最大的敵人還是朝中的言官。萬曆對此深以為然，連連點頭，賜熊廷弼尚方寶劍以安其心。
萬曆四十七年六月熊廷弼帶著尚方寶劍剛出山海關，鐵嶺又告失守，前方傳來訊息，瀋陽及其周邊城堡的軍民已經逃得一乾二淨，遼陽也已經人心惶惶。熊廷弼並沒有慌張，他前進到虎皮驛（在瀋陽南方六十里處）派了兩個人去把逃走的人招回來。
結果僉事韓原善嚇得癱軟於地，僉事閻鳴泰出發沒走幾里地就又哭著跑了回來，再也趕不出去了。熊廷弼氣極，只能親自出馬。倒不是熊大人脾氣好，這兩人如果是武將鐵定會被斬首。不能不感慨在明朝，文臣就是比武將金貴。
熊廷弼從虎皮驛出發後，沿路見到逃亡的百姓、士兵，一律命令他們跟隨自己去瀋陽。就這麼一路跟隨，隊伍如同滾雪球一樣，不斷壯大著向瀋陽前進。到達瀋陽後，熊廷弼又要連夜去巡查撫順，部將都覺得他是在找死，力阻之。
熊廷弼不但一笑了之，還為了擴大影響，命令隨行士兵吹號擊鼓，招搖而行。到達撫順後，熊廷弼立即將劉遇節、王捷、王文鼎等幾個有逃跑行為的將領斬首示眾，以明軍法（對比下前面兩個文臣）。
接著熊廷弼對前線敵我形勢作了一番認真考察後，將現有隊伍集中帶到奉集炫耀武力，奉集後金兵少當然閉門不出，只能坐看熊大人陣前笑罵他們懦弱。
在熊廷弼的一番操作下，熊廷弼的威望快速攀升，遼東軍民之心慢慢穩定下來。之前逃亡的軍民開始返回各自駐地。熊廷弼也迅速將他們組織起來開始修繕整治城池、堡壘、防禦工事、器具等。
然而好景不長，在熊廷弼忙碌的時候，努爾哈赤也沒有閒著。如熊廷弼事先判斷的一樣正在全力攻打葉赫部。萬曆四十七年八月努爾哈赤攻下葉赫最後兩座城池，殺二城主並屠城，隨後又將葉赫部剩餘軍民全部編入八旗，葉赫部正式覆滅。
葉赫部滅亡的訊息傳到瀋陽，剛剛安定下來的民心就跟炸了鍋一樣，明軍人人自危，個個畏懼出戰，有的騎兵在馬匹本來就匱乏的情況下為了逃避出戰、出巡，故意餓死、刺死馬匹。在這種情況下熊廷弼雖然氣憤，但也沒有辦法。只能集結兵力親自固守遼陽，阻止局勢進一步惡化。
鑑於遼人的畏戰、士氣低落（薩爾滸之戰中戰鬥到最後的基本都是九邊、川浙士兵，開跑的大多為遼東軍士）以及目前明軍野戰明顯弱於後金的事實，熊廷弼意識到當下只有先固守自保，慢慢整頓內務，待恢復元氣後再剿滅後金。
具體的防守策略是在後金最可能出兵的四路（靉陽、清河、撫順、柴河和三岔兒中間）各設三萬兵馬，防範後金進攻；在鎮江設兩萬支援四路，兼顧朝鮮；遼陽設兩萬駐守，有事策應；海州、三岔河各設一萬為後援；金州、復州各設一萬防守海運，保障後勤。以上總計需兵十八萬，一年餉銀大概要三百二十萬兩。
朝廷當然一下拿不出這麼多，熊廷弼也沒有坐等，而是不出城浪戰、召集流亡、整肅軍令、造戰車、治火器、挖壕修城、屯田積糧，開始積蓄力量。除此之外，他還在主要城池周邊以及重點防禦位置修堡壘互為依託、應援。並以堡壘和城池為依託向重點防禦方向繼續擴充套件堡壘收復失地。
經濟上斷絕與後金的貿易，而且也嚴厲警告蒙古人，不允許他們和後金貿易。發現那個部落與後金交易就斷絕互市，這也導致後金跟蒙古之間只能走私，讓後金被蒙古人單向猛宰。
與此同時朝中言官們也並沒有讓熊廷弼失望，彈劾他的奏疏如雪片般地飛向萬曆御前，攻擊他的謗議在朝中不絕於耳。這些言官中的骨幹是兩個熊廷弼當年做御史時的親密戰友。
一個是給事中姚崇文，先前因喪回鄉守制，回朝後由於萬曆對言官的痛恨，吏部對於他的入補申請被萬曆擱置了好幾年（這是歷史上有名的萬曆不置官，萬曆其實針對的就是言官）。
為了前途求過熊廷弼，以熊廷弼的性格這種在他眼裡廢物一樣的人怎麼會搭理？因此姚崇文怨恨上了熊廷弼。後來幾經巴結活動官復原職，被派往遼東檢閱兵馬，與熊廷弼議事，意見不一，又被熊多次恥笑謾罵，怨恨更深。
第二個人是御史劉國縉，此人在秋察中因被評下等而被貶職，這對言官來說是相當致命的，很難翻身了。但遼東戰起後，朝廷起了以“遼人守遼”的議論，他才被重新起用，做了兵部遼東道的主事。
到遼東任職後劉國縉也極力推行“遼人守遼”，主張大量招募遼人為兵，後來按他的方法招募了一萬七千人，結果裡面大多數都是來混安家費的兵油子，沒多久就跑了一大半。熊廷弼將此事上報了朝廷，當然以他的性格也免不了一頓嘲諷恥笑。
沒想到熊廷弼如此不顧及情面，由此劉國縉也怨恨上了熊廷弼。而姚崇文出自劉國縉門下，所以這兩人就很自然地聯合起來攻擊熊廷弼。姚崇文和劉國縉就聯絡了很多言官，從方方面面開始了對熊廷弼的攻擊。（言官們為何如此，這是一個很大的話題，會專門寫一篇細說，還請關注。）
說他不訓練兵馬，只知道挖溝修城；說他不率兵馬收復失地，畏敵如虎；說他拿著尚方寶劍恐嚇屬下，作威作福……搞得熊廷弼不勝其煩，想撂挑子不幹了。這個時候萬曆皇帝就展現了他在明朝歷代帝王中難能可貴的品質，“用人不疑，疑人不用”。
而且萬曆與言官幾十年的鬥爭也有了豐富的經驗，他很明白這些言官想幹什麼，所以對於彈劾熊廷弼的奏疏他一概不理睬，全部留中不發，向朝廷明確了自己的態度（就是自己支援熊廷弼，你們不要鬧）。
並在熊廷弼的辭職報告上批覆：“
遼事敗壞，全是地方官翫忽職守所致，卿一意振作，恢復封疆，朕深切依賴……望卿益加殫忠任事，與諸臣協力共事，毋為人言所阻。
”表達了自己對熊廷弼深信不疑，希望其專心做事。而且萬曆在臨死之前，身患重病，依然非常關心熊廷弼的工作，只要是熊廷弼的奏疏就必看必答。
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萬曆皇帝畫像
在萬曆的大力支援下，熊廷弼很快就在河東建立了以堡壘城池為點、以點連線、以線構面的防守體系。軍心也迅速穩定，瀋陽也很快重新回到明軍的防禦體系中，開原、鐵嶺也有望收復了。
努爾哈赤眼看著明軍步步為營，地盤越來越大，防守也越來越穩，內心也很焦急。更為重要地是征服葉赫部之後，後金面臨一個新問題，接下來怎麼生存下去？和明帝國互市？這誰都知道不可能。
和蒙古人互市？先不說蒙古人幹不幹，首先互市很多東西蒙古人也缺（布匹、鹽、鐵、茶、糧食等），就算是願意賣，蒙古人也絕對會賣高價。去搶蒙古人？怕是明朝是舉雙手贊成並熱情鼓勵的，這是主動樹敵給大明推盟友，而且蒙古很多部落也不比後金富裕。
薩爾滸之戰後，後金在遼東獲取了大量土地，而女真又人丁稀薄根本耕作不完（那個時候後金人口不超過二十萬，不到現在一個小型鄉鎮的人口）。雖然戰爭俘獲了大量奴隸，但是女真為了安全以及長久的生活習慣都是群居，不會分散平鋪在遼東大地上，所以後金手頭實際有大量閒置土地。為什麼不將遼東大片的土地分給俘獲的漢人，讓他們耕種收租呢？
這就是努爾哈赤政治白痴的地方，他根本沒有想過如何最大限度地發揮出治下的民力，而是視異族為異類（包括不順服從他的女真部落），只知道劫掠他們、屠殺他們。後金在努爾哈赤的帶領下，與其說是由部落向國家轉變，不如說是由部落向有組織的強盜集團轉變，一旦不能繼續劫掠整個族群生存就成了問題。
書回本題，努爾哈赤眼看著熊廷弼在一天天壯大，加上為了族群今後的生存，他決定繼續攻打劫掠大明。萬曆四十八年五月到八月，努爾哈赤襲擊並攻佔了花嶺、王大人屯、蒲河幾個地方，但是劫掠所得並不豐富。
而明軍損失不大隻陣亡七百餘人，而且總兵賀世賢也頗有斬獲，相對於之前的撫順、東州、薩爾滸、開原、鐵嶺之戰，可以說明軍翻身了（但就是這一戰最後成了熊廷弼下課的導火索）。
泰昌元年（實際就是萬曆四十八年八月後，因為泰昌帝在位只有一個月的時間，所以年號上只能將萬曆四十八年分成兩半來用），努爾哈赤率六萬大軍向瀋陽襲來。在向瀋陽推進的過程中，努爾哈赤真正領略到熊廷弼策略可怕的地方。
越靠近瀋陽越發覺得周圍的明軍越來越多，但這些明軍還不好剿滅，他們都據守在堡壘裡，你留下軍隊看管他們就會不斷地分兵；如果一個個堡壘去進攻，不知道什麼時候才能啃到瀋陽。
要是不管他們率大軍直撲瀋陽，在圍攻堅城的時候這些明軍肯定會合圍上來，就算他們不敢主動進攻，襲擾後方斷斷糧道的事還是攔不住的，六萬大軍不用吃飯麼？
就這樣當推進到離瀋陽十里的時候，努爾哈赤敏銳的軍事第六感覺察到，再不撤怕是不能全身而退了。這一戰雖然斬獲不多，但是對明朝以及後金的影響是巨大的。對於明朝來說，證明了熊廷弼的策略是正確可靠的。對於後金來說，此戰消耗了大量糧草卻沒有任何獲取，損失相當慘重，而且更嚴重地是今後怎麼辦？這樣和明朝拼消耗，後金是絕對拼不過的。
熊廷弼就這樣不主動出戰，只是穩固自己的防禦，每當現有防禦區穩固後就向外再擴一片，再設點、連線、構面……努爾哈赤只能幹看著，小打小鬧根本破不了這鐵桶陣，發動大軍如果像瀋陽一役那樣勞而無獲，至多一兩次後金就沒飯吃了。古代一支軍隊無論多勇猛，當沒飯吃後，要不了多久就會成為鹹魚。
一旦後金又開始食不果腹時，只要熊廷弼給努爾哈赤的人頭標上價碼，只怕高喊殺奴保家的女真人會層出不窮。然而不進攻，在熊廷弼一步步蠶食下，後金也不過是慢性死亡。遼東局勢就這麼快速好轉，眼看著對明朝來說就快不是問題了。
但天不佑明！萬曆四十八年，神宗皇帝駕崩，緊跟著也就一個月的時間，繼任的光宗皇帝也駕崩了。天啟皇帝即位，熊廷弼成了三朝元老，但是再也沒人為他遮風擋雨了。
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這個時候那些言官們又開始圍攻熊廷弼，先是姚崇文陳說熊廷弼不聽別人意見，剛愎自用（這個倒沒有誣陷熊廷弼，他為人自視甚高，而且還極力表現出來，雖然他能力確實高，但是風評很差）。接著御史顧慥指責熊廷弼“出關逾年，漫無定畫；浦河失守，匿上不聞”。
最後馮三元彈劾熊廷弼“無謀者八、欺君者三”，其中最重要的幾條是，開原、鐵嶺失守大量物資沒有運回（這明明是楊鎬的鍋）；北關告急，熊廷弼不救；遼東精銳礦兵不用；國家軍隊不去殺敵，反而天天挖溝修城。這都是把之前攻擊的奏章翻新一下重發。
天啟也許是從政經驗不足，也有可能是確實對熊廷弼有意見，他將馮三元的奏疏批覆後要求廷議。不論天啟的本意如何，這種行為在群臣看來表達的是對熊廷弼的不信任。熊廷弼只能上書自辯。
開原、鐵嶺的糧食，他一到遼東就收割，來不及的均就地焚燬沒有資敵；北關告急時，他才剛到遼東手下只有開原道韓原善、分守道閻鳴泰，不知道馮三元說的大軍在哪裡；遼東礦徒都是亡命之徒，當兵也是當匪兵到處搶劫，唯利是圖，不能相信。（遼東礦徒裡最有名的三人叫孔有德、耿仲明、尚可喜，也是大清的三順王）。
而那些言官們要的就是熊廷弼的自辯，他們一哄而上，分別各抓熊廷弼自辯奏疏裡的話開始了各種誅心的推理。比方說要用尚方寶劍立威是因為德行不足以服人；說沒大軍是視民壯如無物，其實就是貪生怕死不敢出戰；說礦徒不能為兵，是詆譭忠勇的臣民；御史張修德甚至彈劾他在遼陽挖壕修堡壘是在破壞地方建設……
在這種攻擊下，熊廷弼根本辯無可辯，加上他性格自負孤傲、喜好嘲笑謾罵同僚，在朝中除了已駕崩的神宗皇帝基本就沒有後援。熊廷弼氣得破口大罵：“
遼已轉危為安，臣且之生致死！
”，並上書要交還尚方寶劍、並請求辭職以證自身清白。
結果不言而喻，朝廷里根本無人挽留。派往遼東核實情況的兵科給事中朱童蒙回來後首先肯定了熊廷弼的功績，以及遼東人民對熊廷弼的擁戴。然後他話鋒一轉又給熊廷弼扣了一個大帽子。
說熊是深受陛下信任，現在遇到問題就要辭職不幹，這是把皇上的大恩置於何處呢？熊的罪在於辜負皇上。這等誅心之論，讓熊廷弼如何辯解？隨後朝廷收回了尚方寶劍，免去了熊廷弼在遼東的所有職務。
熊廷弼這次去職並沒有涉及太深的黨爭，僅僅就是朝廷言官習慣性的攻擊日常。因為朝廷並沒有真正認識到遼東難解之處，覺得熊廷弼的策略並沒什麼高明的地方，他熊廷弼能守，換別人一樣能守（對於熊說過的遼人不可信、不可大用；明軍野戰不敵後金等，沒人太過於在意）。
另外熊廷弼的性格太過於自負，他去遼東時間不長，因為軍餉、物資等問題已經和朝廷的官員關係鬧得很僵，天啟可能是出於地方與朝廷關係的考慮也想換掉熊廷弼。
熊廷弼為啥跟官員們搞不好關係，我們看看他下課時說的話吧：
“今朝堂議論紛紛，全不知兵。前年薩爾滸大戰前，廷臣鬨然高呼師老財匱，督促楊鎬開戰，等到軍敗，才愀然不敢作聲。現遼東稍有起色，愀然不作聲者鬨然責臣出戰。疆場之事，自當聽疆場之臣處理，何用拾貼括語，徒亂人意，稍有不從，就怫然大怒！”
好在天啟目的是換人不是整人，不然熊廷弼的這番言論，彈劾他目無朝廷、意欲擁兵自重，下獄和楊鎬做鄰居也不是不可能。至此讓努爾哈赤一籌莫展的強敵熊廷弼，就這麼敗下陣來，遼東局勢又將逆轉。