公元1851年，由於太平天國運動的興起，一時之間整個清朝都陷入了戰亂之中，雖然太平天國鼎盛時期其只佔據3%的地盤，可是其影響力卻貫穿當時的清朝。

在清朝為了太平天國運動焦頭爛額之時，此時西北也不太平，自17世紀開始，由於伊斯蘭教傳入中國，導致西北形成了回民特有的“門宦”制度，導致西北叛亂不止，此時再加上太平天國運動讓整個西北的形勢愈發撲朔迷離。

為了肅清西北叛亂勢力，清朝派遣大量的八期悍將前往西北，可是派了一撥又一撥卻始終無法評定西北叛亂。

無奈之下，清朝只有派遣當時“四大臣”之一的左宗棠前往西北平定叛亂。

和其他幾個官員不同的是，左宗棠採取的是“撫剿並用”的政策，

前往西北之後，他迅速派遣兵力平定了靈州的馬化龍，馬化龍的失敗讓其他地方勢力意識到了左宗棠的厲害，此時靈州的馬佔鰲知道再和清朝對抗下去沒有好果子吃，於是他立即掉頭動向投靠了左宗棠。

而這就是西北馬家軍的始祖，後來馬佔鰲麾下幕僚和心腹大將就是甘肅馬家軍和青海馬家軍的前身。

由此，西北的叛亂逐漸趨於平定，左宗棠的政策是有效地，在這之後西北再也沒有發生過大規模的叛亂，不過其後果也是非常惡劣。

在這之後西北卻也形成了一個“半獨立”的狀態，中央系的手再也無法伸進西北，民國混戰時期，多少勢力都想伸進西北，可是他們最終都沒有成功。

不過西北馬家軍卻也很聰明，他們雖然是半獨立狀態，可是他們卻從始至終都承認中央政府，那麼是什麼原因讓本來是判軍出身的馬家軍不敢太過放肆呢？

首先是沒有實力，這一點馬佔鰲恐怕是深有體會，當年他們趁著太平天國運動的時候在西北發動了叛亂，可是那時候他們也是渾水摸魚，根本沒有長遠打算。

事實上，馬佔鰲確實比馬化龍聰明，當馬化龍被左宗棠擊敗之後，為了震懾叛軍，他直接把馬化龍父子凌遲處死。

此舉也確實讓馬佔鰲認識到了中央力量的強大，後來在謀士的勸說下，馬佔鰲決定投靠清朝，在太平天國運動時期，天下大亂的時候馬家軍尚且不能成功，更不用說之後了。

所以馬佔鰲清楚知道這一點，而之後的馬家軍也是如此，雖然西北馬家軍的騎兵聞名天下，可是如果中央系真的要徹底肅清馬家軍的話，那麼他們肯定吃不了兜著走。

因此，西北馬家軍雖然始終處於半獨立狀態，可是他們並不敢徹底獨立或者說謀反。

對於馬家軍來說，他們的想法也很簡單，只要沒有人染指他們的西北，那麼中原愛咋鬧咋鬧和他們無關，和當時大部分軍閥的想法都差不多。

其次，對於馬家軍來說，他們不敢謀反也需要中央的力量，在左宗棠進入西北之前，西北宗教勢力強大，教權的勢力甚至大於官府，而且更主要的是這些教權是世襲的。

左宗棠進入西北之後，為了打壓教權，他招攬當地勢力成為清朝在西北地區的代言人。

其中宗教觀念不強，軍事能力突出的馬佔鰲就是左宗棠的首選，而馬佔鰲當時也正有投靠清朝的意思。

於是，本來教權勢力強大的西北被左宗棠硬生生插入了一支依附清朝的政治力量。

馬佔鰲依靠清朝的力量將西北的宗教勢力進行了多番打壓，也成功讓馬家軍在西北站穩。

然而，一旦馬家軍不再依靠中央政府，那麼西北的宗教勢力也隨時會反撲。

所以，對於西北馬家軍來說，中央政府是相愛相殺的，一方面他們不希望清朝政府或者北洋政府以及民國政府插手西北事務，可是另一方面他們又要依靠這些人的力量壓制西北當地的宗教勢力。

所以他們控制西北近百年，讓西北處於近乎半獨立的狀態，可是卻始終不敢謀反或者獨立，一旦有這想法，那麼馬家軍才叫真的萬劫不復了。

所以當年西北在抗戰時期沒有出現像東北、內蒙一樣的分裂勢力，還得歸功於左宗棠當年在西北的佈局。