九天玄女始見於《水滸傳》第二十一回，其卷首有《古風》一首，詩中提及宋江“曾受九天玄女經”，而其正式出現是在第四十二回《還道村受三卷天書宋公明遇九天玄女》，寫宋江被梁山好漢打劫了江川法場，救上山後，又下山去接老父和弟弟，不料被官兵發現，慌忙中躲避至一古廟，得遇見九天玄女娘娘，授天書三卷並天言四句，後宋江得以脫險。小說第八十八回《顏統軍陣列混天象宋公明夢授玄女法》中玄女娘娘再次出現。在徵遼時，宋江對遼將擺出的“天陣”束手無策，自在軍營中百般尋思如何破遼，又無計可施，寢食俱廢，夢寐不安。嚴冬夜半，神思睏倦，和衣隱几而臥。夢到有青衣女童奉娘娘法旨來請，九天玄女娘娘教宋江破陣之法，後宋江破遼，大勝而歸。
小說中除兩次除了此二次玄女親自召喚宋江面授機宜外，其它時間宋江與玄女的溝通，就是靠三卷“天書”、四句“天言”和求神佔卡的“玄女之課”。在小說第九十九回《魯智深浙江坐化宋公明衣錦還鄉》寫宋江徵方臘勝利後，得朝廷賞賜，衣錦還鄉，想起酬玄女娘孃的願心未酬，於是用五萬貫錢，讓工匠重建破敗的九天玄女娘娘廟宇。
九天玄女《水滸傳》中出現的次數並不多，卻有著非常關鍵性的作用。首先，九天玄女的出現解決了宋江聚義梁山泊的正義性問題。宋江聚義梁山，雖然一再表明是“只反貪官，不反皇帝”，但在封建體制下，聚眾起意即是謀反。梁山好漢中阮小五可以唱道：“酷吏贓官都殺盡，忠心報答趙官家。”而李遙也可以喊出：“放著我們有許多軍馬，便造反怕怎地？晃蓋哥哥便做了大皇帝，宋江哥哥便做了小皇帝，吳先生做個亟相，公孫道士便做個國師，我們都做個將軍，殺去東京，奪了鳥位，在那裡快活，卻不好？不強似這個鳥水泊裡？”在李遙自己看來，逼上梁山就是和朝廷作對，就是造反。
而在鄉紳和官軍眼中，梁山英雄就是“強賊”、“叛賊”、“草賊”、“反賊”、“反國草寇”。第一次招安，朝廷詔書就寫道：“近為爾宋江等嘯聚山林，劫擄郡邑。”顯然是將宋江等人定位來反賊，這才引起梁山好漢不滿，拒絕招安。再次，就出現了一個如何解決宋江聚義梁山泊的正義性問題，即承認梁山泊聚義是替天行道，而非是“嘯聚山林，劫擄郡邑”。小說的精妙之處就在於在“天”上做足了文章。小說一開始就寫洪太尉放走伏魔殿中的妖魔，“此殿內鎮鎖著三十六員天皇星，七十二座地煞星，共是一百單八個魔君在裡面”，今被洪太尉放出，此固然有“亂自上作”之意，更主要的是寫梁山好漢聚義是上天的安排，是人力無法阻止的。
對於上天的安排，無論好壞，世間之人只能接受。所以小說中多次暗示出眾英雄必須聚會到樑上，因為逼上梁山是上天己經設定好的。其次，九天玄女的出現解決了宋江招安的合理性問題。《水滸傳》中最惹爭議的事件就是招安。在梁山內部，意見也不統一。在有好漢眼中，梁山事業就是“暫居水泊，專待朝廷招安，盡忠竭力報國”，但也有眾多英雄反對招安。第七十一回《忠義堂石礙受天文梁山泊英雄排座次》這個矛盾第一次公開化，當樂和唱到宋江《滿江紅》詞的“望天王降詔早招安”時，“武松叫道今日也要招安，明日也要招安去，冷了弟兄們的心！’黑旋風便睜圓怪眼，大叫道招安，招安！招甚烏安！’”顯然 對於招安的合理性，小說必須做出解釋，而這種解釋，也不是宋江三言兩語就能解決的，小說中寫到宋江安撫眾將，大家“皆稱謝不己”，但卻是“當日飲酒，終不暢懷”，顯然各人心懷不滿。作為讀者，對於宋江的招安，也無法理解，作者也必須給出合理的解釋。
歷史上，宋江受朝廷招安，這是小說作者無法迴避的結局，但如何信服的讓讀者理解招安卻非常困難，第七十一回中武松、李遙的看法不正是部分讀者心中的看法嗎？小說只是借他們的口為部分讀者宣洩情緒罷了！當一切在現實中無法用邏輯推衍闡明時，最好的辦法就是推給上天，《水講傳》的作者再次使用了這一技巧。其實第四十二回，九天玄女已經定下了宋江梁山事業的綱領“汝可替天行道，為主全忠仗義，為臣富國安民，去邪歸正。”所謂“主全忠仗義”是指聚義梁山，“為臣富國安民”就是招安歸順朝延。在此，九天玄女以上天的名義給宋江安排了梁山事業的發展綱領。
多年後，宋江受招安破遼，又遇九天玄女，娘娘對宋江說“吾傳天書與汝，不覺又早數年矣！汝能忠義堅守，未嘗少怠。”上次叮囑宋江不可“分毫懈怠”，是對宋江的期許。經過多年的“考核”，說宋江“未嘗少怠”，是對宋江事業的肯定和讚許，這其中就包括受招安。顯然，無論是“上梁山”還是“受招安”，都是上天的安排。九天玄女娘娘在小說中就是“天”的具體形象化。
在《水滸傳》中，九天玄女不再是作為房中術的文化意象出現，而是作為“天“的代言人出現，她在小說中推動故事情節的進展，定下了梁山事業的發展路線圖，指導了梁山好漢的為人行事。第四十回九天玄女的教誨，為執行“聚義”“招安”路線鋪平了道路。第八十回九天玄女託夢宋江，傳授破“太乙混天象陣”之法，同時總結了宋江的事業。在這種意義上，九天玄女在小說中還有結構功能，所以有人認為：九天玄女娘娘是百零八“妖魔”歷劫一一回歸的指導者與保護神，起到了“教母”的作用：同時她第一次點明“番天行道”與“全忠仗義國安民”的小說題旨，很大程度上充當了作者甚至是天在書中的代言人的作用；她以“天言”預先說破故事的因果，暗示了故事的發展變化，對全書的敘事起到提綱葷領的作用。
將玄女稱做“九天玄女”大約是唐代的事，晚唐羅隱《后土廟》詩云“九天玄女猶無聖，后土夫人豈有靈？”五代杜光庭《塘城集仙錄》中九天玄女形象才正式清晰起來，宋代張君房《雲籠七籤》卷一一四《塘城集仙錄·西王母》載：王母乃命一婦人，人首鳥身，謂帝曰：“我九天玄女也．”授帝以三宮、五意、陰陽之略，太一遁甲、六嶽步鬥之術，陰符之機，靈寶五符、五勝之文．遂克圭尤於中冀，剪神農之後，誅榆岡於阪泉，而天下大定，都於上谷之涿鹿。
此時九天玄女似乎只是西王母的一個部下，“人首烏身”，還不是《水滸傳》中的美女女神。但經道教增奉為女仙后，九天玄女地位上升很快，在宋代成為道教重要神抵。《雲籠七籤》卷一一四中有《九天玄女傳》九天玄女者，黃帝之師，聖母元君弟子也。（黃帝）戰去尤於琢鹿，帝師不勝，居數日，大霧冥冥，晝晦，玄女降焉．乘丹風，御景雲，服九色彩翠之衣，集於帝前。帝再拜受命。玄女曰：國吾以太太之教，有疑可問也。”玄女即授帝六甲六任兵信之符，靈寶五符策使鬼神之書。
這時的九天玄女己完全脫離了動物痕跡，徹底人神化，成為一位傳授天書兵法地道的上界女神仙了。在後世的古典小說中，《三遂平妖傳》、《女仙外史》、《薛仁貴徵東》中，均可以看到九天玄女的影子。宋黃休復所著《益州名畫錄》稱聖壽寺經閣院有玄女堂，陳元凱《事林廣記》中有“九天玄女尺法”的記載，說明九天玄女的信仰，在宋代是非常普及的了。《水滸傳》作者選擇“九天玄女”為梁山泊事業的導師，既收到《大宋宣和遺事》原有情節的影響，又受到當時普遍的道教信仰“九天玄女”的影響，同時和玄女能傳授兵法又能佔卡的多重身份有關，非常貼合小說的情節需要。
在《大宋宣和遺事》中，寫宋江躲進九天玄女廟，躲過官兵出來拜謝玄女娘娘：見神案上有一卷天書，“宋江才展開看了，認得是個天書；又寫著三十六個姓名。”這和《水滸傳》故事有較大的差別，《水滸傳》中是第七十一回梁山泊舉行了一場羅天大瞧，至第七日從地中掘出一塊石雨，上有一百零八將的名號，至此梁山位次排定。顯然，排座次對於梁山英雄來說意義非凡，《大宋宣和遺事》中用天書解決了，而《水滸傳》中是用石喝解決，而石確的出現又和羅天大瞧有關。在此想對此問題略作討論。