在西班牙征服秘魯的歷史中，的的喀喀湖以南高原地區的反叛與聯盟上演了一幕極為錯綜複雜的悲劇。

1537年4月，支援曼科印加愧繩政權的大叛亂給各種艾瑪拉集團帶來了好處，因此他們開始選擇中立的態度。最初，他們曾經支援過西班牙人，那是因為他們曾與在內戰中失敗的胡阿斯卡集團聯盟，但西新牙人卻拋棄了該集團的領導人，這導致艾瑪拉人重新考慮自己的選擇。在反叛的印加人圍困庫斯科城的時候，很多高原地區都派出了自己的軍隊幫助叛軍，其中魯巴卡是支持者中最為突出的一個。但是，科羅卻固守支援西班牙人的態度，最後導致印加、魯巴卡聯合進攻科羅的局面發生。

在1538年保衛科羅的戰鬥中，弗蘭西斯科·皮薩羅領導的主要遠征軍來到丘基託和里奧迪薩瓜德羅抵抗印加叛軍和魯巴卡人的進攻。最後的結果不出意外，西班牙人全勝收兵。在平原開闊地的戰鬥中，叛軍被西班牙人大量的騎兵所擊敗。在這個高原與平原的結合部，皮薩羅決定留下他的弟兄們，讓他們在那裡把玻利維亞高原與河谷地區全面殖民地化，自己則返回庫斯科。從殖民征服開始，西班牙人用了大約6年的時間將的的喀喀湖及其以南的安第斯地區納入到自己的統治之下。

1532年西班牙人來到並最後征服秘魯的時候，高原和的的喀喀湖以南的河谷地區並不知曉歐洲人的到來。一個富有農民、牧群、羊毛和傳統印第安食品的地區最初既沒有軍隊也沒有西班牙人所尋求的金銀財寶。艾瑪拉各個王國和蓋丘亞殖民地的城鎮中心都很小，而且比庫斯科都落後。在印加內戰過程中，這個地區非常忠誠於胡阿斯卡集團，因此，該地區最初把西班牙人的到來看成是對敵鬥爭的勝利，所以表示歡迎。正因為這種忠誠，該地區沒有反西班牙人的奎託職業軍隊，西班牙人也沒有遭到任何攻擊。

當然，在1538年之前，西班牙的遠征行動還是幾次透過該地區。第一次是由迭戈·阿爾馬戈領導的軍隊，這是一個反對皮薩羅並與之競爭的西班牙人。1535年，他在去南方的途中路過該地區，當時同行的還有忠實於胡阿斯卡的印加軍隊，那支軍隊由曼科印加的兄弟普拉帕印加領導，後者與艾瑪拉各個王國關係非同一般。遠征軍迅速平安地通過了奧迪薩瓜德羅河邊的高原西角，然後向南來到波波潮，跨越安第斯山脈，並南下進入智利。

但是，阿爾馬哥及其隨從的注意力首先是智利，然後是與皮薩羅家族之間為爭奪庫斯科而展開的長期殘酷的內戰。因此，這使皮薩羅在1538年初先於阿爾馬哥到達具有決定意義的的的喀喀湖南部的定居區，那裡就是西班牙人所說的查爾卡斯地區，或者叫上秘魯。

1538年的晚些時候，皮薩羅的兩個兄弟，赫爾南多和網薩羅，進入南部高原地區並建立了幾個重要的定居中心。首要的一個是位於高原南角亞普納河谷非常適合居住的丘基薩卡即現在的蘇克雷，以獨立運動著名領導人蘇克雷的名字命名；另一個是在波卡的一個小礦區城市，位於丘奎薩卡以東。隨著這兩個西班牙社群的建立，西班牙人在征服了卡加馬卡印加大約5年以後，查爾卡斯地區的定居才活動終於開始了。