康熙二十三年（
1684年），清政府統一臺灣後，在康熙的主持下，清廷最高決策機構圍繞著臺灣的棄與留展開了一場激烈的爭論。最終，施琅力排眾議，說服了康熙皇帝，在臺灣設立臺灣府，下轄臺灣、鳳山和諸羅三縣。與廈門合置道官一員，撥兵1萬人防守。
儘管臺灣留下來了，但是臺灣在清朝統治者的眼裡，依然是孤懸海外的奸宄逋逃之藪，不宜廣闢土地以聚民。因此在對臺灣的管理上出現了種種的限制與防範。清廷嚴格限制居留臺灣的人，規定，臺灣流寓之民，凡無妻室產業者，一律遣回原籍管束。不準內地居民渡臺，商人置貨過臺都需要由原籍發照。禁止攜眷入臺，在臺灣的漢人禁止出入
“番地”。不準臺灣人入伍當兵，不準在臺灣隨意修建城堡，不準鐵器流入臺灣，並且限制大陸人渡臺的航線。
隨著臺灣人口的增加和臺中盆地和彰化平原的開發，清政府不得不擴大在臺灣的行政機構。雍正元年（
1723年），在原來諸羅縣內增設彰化縣和淡水廳。因為彰化已得到開發，漢人與土番雜居，必須加強行政方面的管理，淡水也成為臺灣對外交通的重要口岸。
雍正五年（
1727年），將分巡臺廈道分為二道，興泉永道駐廈門，臺灣道專統臺灣和澎湖，並新設澎湖廳，由臺灣府派一名通判駐澎湖，處理政務。乾隆五十二年（1787年），諸羅縣改為嘉義縣。到嘉慶十七年（1812年），隨著噶瑪蘭的開發，增設噶瑪蘭廳。至此，臺灣行政機構已形成一府四縣三廳的局面。到了光緒元年（1875年），在艋舺創建臺北府、基隆廳、卑南廳和埔里社廳，增設恆春、淡水兩縣，淡水廳縣改為新竹縣，噶瑪蘭廳改為宜蘭縣。
清朝在臺灣地區設立的行政機構，分為文武兩個系統。文官系統由道員、知府、知縣組成。臺灣道是開埠初打狗港最高行政長官，正四品。有時臺灣道還加兵備銜，就是要負有地方的治安工作。有時加按察銜就要掌管司法，兼理學政，掌管教育。知府的等級僅次於道員，從四品，掌管屬縣轄區內的政務，包括財政、司法、社會秩序等。知府下設同知、通判、經歷等官員。知縣位次於知府，正七品，掌管一縣的治理，涉及行政執法、財政教育和防務工作。知縣下設縣丞、主簿、典史等官員。臺灣還設有同知，是輔佐知府的官吏，有時是派出專門管理地方的。臺灣設有海防同知和理番同知。為改善吏治，康熙六十年（
1721年）起又設巡臺御史，每年從京城派遣御史一員來到臺灣巡查，及時瞭解臺灣的情形，直接上報，加強了對臺灣的治理。
臺灣的武官系統設有總兵、副將、參將、遊擊、都司、守備、千總、把總等職。鎮總兵為臺灣最高的軍事長官，正二品，歸福建水師提督指揮。臺灣鎮總兵兼管水陸，駐府城，負責臺灣的軍政。清朝政府在臺灣駐軍初設臺灣鎮總兵
1人，副總兵1人，參將2人，遊擊6人。後不斷增兵，官兵總數已達到14000人左右。計有鎮標營、安平水師副將營、澎湖水師副將營、南路參將營、北路參將營等，武官達100人。
清朝時期，臺灣的文官、武官任期都是三年，通常官員到任二年後，就會調派接任他們的新任官員來臺與舊任交接，往往半年後舊任官員就返回內地。所以在民間流行著臺灣有
“三年官，兩年滿”的說法。清朝駐臺官吏三年一換，使得他們無心問政，不求業績，只知中飽私囊。他們官兵勾結、官匪勾結，欺壓百姓，撈取民脂民膏，臺灣成為貪官汙吏的集散地。
乾隆年間整肅臺灣吏治時，就發現臺灣鎮總兵柴大紀縱容兵丁出錢替役，綱紀全亂。兵丁外出營生，販運私鹽，設賭窩娼。久不參加軍事操練，武器都鏽壞了。柴大紀自己收受賄銀多達五、六萬兩，翫忽職守達到極點，後終受極刑，其他一應官員都受到懲處。官吏的腐敗勢必引發社會矛盾。
隨著社會經濟的發展和封建剝削的加強，當時臺灣農民既要受
“小租戶”的剝削，又要受“大租戶”和當局的剝削，田賦丁稅十分繁重，臺灣出現了“三年一小反，五年一大反”的農民起義。有的起義是因為官府強徵暴斂，激起民變。有的是以剿除貪官發動的起義，有的是災荒連年，社會矛盾激化所致。農民起義比較重要的有1721的朱一貴起義、1786年的林爽文起義、1794年蔡牽起義、1795年陳周全起義、1832年張丙起義、1862年的戴潮春起義。其中又以朱一貴起義和林爽文起義的規模和影響最為顯著。
康熙二十三年（
1684年），清政府接受有識之士的建議，決定開海貿易，隨後設定閩、江、浙、粵四海關。從此結束了禁海閉關的局面，一種比較正常的中外經濟交往的關係與秩序建立了。
隨著兩岸的通商貿易，大陸與臺灣的經濟已完全融為一體，兩岸互通餘缺，在共同的經濟圈中進行生產、分配、交換、消費。在清代前期，東南沿海人多地少，糧食極缺，特別是福建，每年的糧食都仰給臺灣和內陸。雖然朝廷多次對東南沿海的貿易進行管制，但對臺灣糧食的回銷大陸並沒有禁止過，政府已經認識到臺灣在東南沿海經濟發展中的重要性。雍正十年（
1723年）一度實行糧食禁運政策，“於是漳，泉之民仰使臺米者，大形困苦。”因而遭到了抵制和反對，迅速廢除了這一政策。
後來因為臺灣經濟迅速發展，兩岸貿易交往日益頻繁，不得不於乾隆四十九年開放鹿港與泉州蚶江間對口通航。於五十七年（
1792年）繼續開放八里岔（淡水河口）與泉州蚶江及福州五虎門對口通航。
顯然清朝廷在對待對外貿易和對臺貿易的政策上是不同的，作為大陸市場的一部分，大陸與臺灣的貿易是內部的貿易，加強貿易，放鬆政策對兩地物資流通是有好處的，而且在補充東南沿海的軍餉上起著重要的作用，可見清政府在對貿易政策上並不是像一般人所說的那樣完全的禁止。而且還透過規定保障臺米內銷，道光七年（
1827年）又議定“不計梁頭之丈尺，亦不論船之名目，廈船無論大小，配谷一百五十石，蚶船大號配谷一百石，小號八十石，五虎門船與廈船一律配給，廈門橫洋大船照舊配給一百八十石，糖船照舊配給三百六十石，若載運班兵，照常減配米穀。”從這些規定中可以看到，沿海地區依賴臺米的程度是比較大的。
另一方面，臺灣在短短的一百年中生產由自給不足而轉化為大量節餘，說明臺灣發展遠迅猛於東南沿海。這與當時禁海遷界對東南沿海生產的破壞有關，並使大量的技術工人流落內陸或是冒險偷渡臺灣，所以在恢復發展階段，依賴於剛發展起來的臺灣。清政府的貿易政策也不得不隨著發展而不斷變化。
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