科學家已經達成共識，鯨豚類生物並不是陸地哺乳動物的祖先，它們其實是陸地哺乳動物的後代。從其結構特徵就可以看出：

鯨類的前肢和陸地哺乳動物的前肢非常相似，鯨類的前肢骨骼和人類手掌骨骼幾乎一模一樣；鯨類在遊動時，脊椎為垂直上下運動，這一點和陸地上的貓狗哺乳動物奔跑時非常相像。

另外，鯨類也是透過肺部呼吸空氣，每隔一段時間就會浮出海面，有的鯨豚類生物仍和陸地哺乳動物一樣，仍利用其骨盆繁育後代。那麼鯨豚類生物是從何時進入海洋中生活的呢？

329年前，生物學家約翰首次提出猜想，鯨魚並不是魚類，而是哺乳動物，19世紀80年代初，科學家亨利進一步完善上述推測，鯨魚保留了諸多和陸地哺乳動物一樣的特徵，鯨魚是陸地哺乳動物的後代，並不是陸地哺乳動物的祖先。

同時期，科學家費勞爾認為，鯨魚和有蹄類生物必然有著直接聯絡；進化論提出者達爾文在19世紀50年代末期，發表觀點：鯨類動物其實是古代熊類後代，但受到了輿論的廣泛批評，不得已，他又撤回了自己的結論。

1900年，生物學家艾伯哈德和查爾斯提出：鯨類動物是一種早已消失的食肉動物裂齒獸的直系後代；隨後，海洋生物學家馬太又提出，鯨類動物的祖先可能是原始食蟲動物。

而現代關於鯨類起源的觀點形成於1990年左右，科學家韋林和薩雷提出，鯨魚的牙齒特徵與中爪獸及其相似，中爪獸是一種已經滅絕、長著蹄子的食肉動物，外形和狼非常相似。

中爪獸和鯨魚一樣長著獨特的三角形牙齒，其修長的口鼻和其他特徵都與鯨魚極其相似。根據上述原因，韋林和薩雷才認為鯨類動物的祖先是中爪獸。

21世紀初，科學家在巴基斯坦發現了一頭鯨魚的化石，透過對巴基斯坦古鯨的研究發現，鯨魚的祖先並不是中爪獸，而是起源於偶蹄類動物的，和牛、駱駝、河馬等生物皆為遠親。

這種偶蹄類動物在多年前與中爪獸背道而馳，從陸地進入海洋生活，古鯨是一種比較原始的偶蹄類食肉動物，也保留了許多偶蹄類動物的特徵，而現代偶蹄類動物已經喪失了這些特徵。

科學家發現，早期的有蹄哺乳動物都是食肉或者食腐的，而如今的偶蹄或奇蹄動物經過進化早已成為素食動物，但鯨魚卻保留了祖先食肉的特性。

鯨魚為恆溫生物，需要從食物中獲得高熱量，才可以在冰冷的深海生存，所以它們保留了食肉的特性。

20世紀80年代中期，美國古生物學家文森特透過比較數種動物的DNA後，確定鯨類生物與河馬的親緣關係最近。

科學家發現，大約在6000多萬年以前，河馬與鯨魚擁有同一個生活在海中的祖先。但這種生物的一個種群最終進入海洋成為鯨魚，而另一種則成為碳獸，而碳獸的直接後裔就是河馬。

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