首先鳴人偷出卷軸的時候是一個村子裡的人都不待見，在學校吊車尾的一個人，影分身是忍者都會的忍術，所以說不難，那時候鳴人分身一個都分的不是完整的一個人，學會多重影分身的時候是憤怒和仇恨讓體內的九尾起了反應才能分出那麼多的影分身，飛雷神是s級忍術，鳴人那麼短的時間不可能學會，就算是學會了，但是在那個時候飛雷神是對付不了水木的，擊倒水木是多重影分身人多的優勢，但是飛雷神只是速度快，不一定能擊倒水木。

多重影分身之術，是鳴人最早掌握，也是使用次數做多的一種忍術，這個忍術可以說是為鳴人量身定製的，如果是換成飛雷神之術，那麼我們看到的火影就跟現在完全不同了。多重影分身是需要大量查克拉的，而鳴人剛好是這樣的角色，不管是自己的查克拉還是九尾的查克拉，都是極其充足的，一般來說，查克拉特別充足的人，都會選大範圍攻擊力強的忍術學習。而且多重影分身術，很明顯是為了螺旋丸而準備的，後期的進化版螺旋丸，沒有影分身是很難用出來的。

我認為樓主的假設不成立，火影忍者裡如果鳴人一開始就學會了飛雷神，那麼漫畫也就成為了龍傲天形式的了，也就沒有看頭了，熱血漫，就是要從一個吊車尾一步步慢慢變強才有意思，第二鳴人當時還小學也不可能接觸到飛雷神，S級的時空忍術想學會不是一般的難，更何況當時的鳴人還小，而影分身之術雖然說是禁術但是最最多是A級當時學會也是非常棒容易的，所以我覺得火影忍者不可能一看是就讓鳴人學會飛雷神那不現實，直接無敵了後面沒得寫。

而飛雷神不一樣，自從二代火影創造這個術後，會使用這個術的人的寥寥無幾，除了二代火影外，也就四代火影能夠單獨使用，四代的護衛小隊想要使用這個忍術必須三人一同使用。所以這個忍術的難度極高，鳴人想要在一開始學會這個術根本就是天方夜譚。所以題主你這個假設根本就不可能成立。而如果鳴人真的一開始就學會了飛雷神的話，那在鳴人遇到自來也學會螺旋丸後，鳴人就相當於鳴傲天了，前期鳴人幾乎無敵，除了佩恩外鳴人估計沒有對手，那火影忍者這部作品也失去很多的看點，根本看不到鳴人的成長。