1、藉助工具，手動清理。

小型魚缸，比如養鬥魚的小盒子，或養孔雀魚的小魚缸。這些魚缸可能沒有過濾系統，或者過濾系統很弱，便便留在了魚缸底部。由於魚很小，魚糞也不多，可以採用人工清理的方式。

可以藉助工具，如滴管，一捏一放，便便就會被吸走，很方便，而且動靜不大，不會驚擾小魚。注射器也是不錯的選擇，對著便便一抽，就會被抽走。市場上也有很多的吸便神器，不妨試試。

大型魚缸可以採用虹吸原理，抽走魚缸底部的魚便。

2、加入有益菌類，分解魚便，淨化水質。

市場上有很多專門賣的硝化細菌，有藥丸形式的，也有水狀的。它是一種有益菌，自己也可以專門培養出來。它可以幫助分解魚缸中的雜質，達到淨化水質的目的。

硝化細菌不能單獨來完成這項工作。此時，要加強魚缸的過濾系統。溫度也不要低於23度，溫度太低有益菌沒法快速繁殖工作。

為了達到有益菌快速繁殖的目的，可以在魚缸中加入帶孔狀的細菌屋。當硝化細菌快速繁衍工作，魚缸中的雜質就會被清理掉，水質也會變得很清。

3、魚缸中種植水草，養一些可以清理糞便的生物。

魚缸中加入底砂種水草，水草不僅美觀，讓魚缸充滿生機，而且可以把魚糞便作為養料分解掉。搭配養一些底層觀賞魚、螺螄、清道夫、黑殼蝦等，也會吃掉魚缸中的便便。這種生態型魚缸可以自動運轉，這一方法不需要人操心，由魚缸中的生態系統自己清理。