曉組織作為一個秘密組織，他們也是需要有一個大本營作為自己接頭以及修整的地點，不同於大蛇丸這種喜歡用山洞作為自己基地的蛇屬性，曉組織選擇的基地是雨隱村，那麼他們選擇這個地點作為基地到底有什麼理由？

首先，曉組織選擇雨隱村作為自己大本營並不是一開始就刻意為之的行為，最開始的曉組織是以彌彥為首，長門和小南為次席的組織，當時的曉組織的行為還不算激進，目的是為了世界和平，手段也沒有像後來以殺戮為主的情況。

不過雨隱村的首領山椒魚半藏因為被團藏挑撥以後，兩人聯手害死了曉的第一代頭目彌彥，這讓長門迅速黑化，並最後用佩恩六道報了仇，長門和小南只是順手接管了雨隱村。

但他們接管雨隱村並一直將其作為基地說明雨隱村確實是非常合適他們的組織，原因有以下幾點：第一點就是半藏之前一直實行的閉關鎖村的策略，這種情況下即使半藏被殺死，外部勢力對村內的情況也是一無所知，這就讓曉組織這種地下組織的保密性得到了良好的維護。

而雨隱村基本上常年下雨，看不見陽光，這種地方最適合忍者的行動，同時因為所處地點位於幾個大國的中心位置戰亂頻繁，讓雨隱村人煙稀少，也方便曉組織的管理。人少的話很容易就能控制人口的流動，繼續執行半藏的封村政策，讓曉組織可以一直潛伏下去。

另外雖然雨隱村人口稀少，但他們的工業卻十分發達，與木葉大部分都是木質建築不同，雨隱村完全是鋼鐵結構的高樓大廈，工業即代表了戰爭潛力，也說明了科技的力量，這對於曉組織實現最終目的是有很大的支撐作用的。曉組織後來能一直擴大勢力也不能不說是雨隱村作為大本營有著莫大的助力作用。