公元前212年，就在焚書令頒發的第二年。秦始皇非常信任的方士，盧生和侯生聚在一起商議，兩人都認為，已經為秦始皇尋找仙藥多年，如果還找不到仙藥的話，秦始皇肯定要嚴厲的處罰他們。所以他們先是狠狠地吐槽了一番秦始皇，對秦始皇為人、為政等各個方面都給予了負面的評價，之後兩人就攜款潛逃了。他們倆非議君主並攜款潛逃的事情很快就被秦始皇知道了，秦始皇震怒不已，覺得這些方士沒有一個好東西，於是下令搜捕這些方士，在審訊的過程中，因為按秦法，舉報者有功，被抓的方士便開始互相檢舉揭發，最後涉案者多達四百六十人。秦始皇下令將涉案者全部活埋，並且通告天下。長子扶蘇極力勸阻，秦始皇非但不聽，還將扶蘇調到北方的蒙恬軍團做監軍。

以上是《史記·秦始皇本紀》當中關於坑儒的記載，其中扶蘇所說：“天下初定，遠方黔首未集，諸生皆誦法孔子，今上皆重法繩之，臣恐天下不安，唯上察之。”也是被後世引用為坑儒的證據。但是坑儒之說並不準確。

其一，司馬遷在《史記·秦始皇本紀》中用的是諸生，並非儒生。再者，司馬遷在《史記·儒林列傳》中明確記載：“及至秦之季世，焚詩書，坑術士。”術士是指陰陽五行一派的學者，他們也讀儒家學說，也誦法孔子，但並不是純粹的儒生。

其二，漢代王充在《論衡·賢難》中記載：“此亡秦之所以，誅偶語而坑術士也。”

其三，班固在《漢書·儒林傳》中記載：“及至秦始皇兼天下，燔《詩》、《書》，殺術士。”

在以上記載中，說的都是坑術士，而非坑儒，儒生跟術士有交叉，但不能等同。

那麼坑儒之說是怎麼來的呢？

第一個提出焚書坑儒的人是司馬遷的“老師”孔安國，孔子十世孫，他在給《尚書》作序時寫道：“及秦始皇滅先代典籍，焚書坑儒，天下學士逃難解散。”

劉向在《戰國策·序》中也寫道：“任刑罰以為治，信小術以為道。遂燔燒詩書，坑殺儒士。”

更有甚者，東漢有一位學者叫衛宏，它不僅在《古文尚書·序》中提到焚書坑儒，而且還在《詔定古文官書序》中記載了坑儒的另一種說法。秦始皇用小篆統一文字，害怕天下的讀書人不服，便將讀書人都召集到都城咸陽。而後秦始皇派人秘密在驪山溫泉附近種植瓜果，當時正值冬季，依賴地熱竟然將瓜果種植成功了。隨後秦始皇讓聚集咸陽的儒生們討論冬季是否能種出瓜果？儒生們爭論的非常激烈，各執己見。百聞不如一見，秦始皇便讓儒生們到驪山自行考察一番，於是七百多位儒生便到了驪山山谷，正在儒生們為反季節瓜果驚訝時，秦始皇當即下令，山上兩邊的軍士們向下推土，將儒生們全部活埋。這就是衛宏杜撰的坑儒新說。

衛宏記載的坑儒和司馬遷《秦始皇·本紀》中記載的坑儒完全不同，起因、經過不同，人數也不同，在新說中，秦始皇是屬於釣魚執法，誘殺儒生，是個地地道道的暴君。衛宏的坑儒新說在唐代極為流行，而且秦始皇的坑儒行為受到唐代知識界的普遍批評，在這種聲音之下，人們寧可相信衛宏的新說，也不願相信司馬遷的原說。

“坑儒”幾乎可以肯定是杜撰事件，卻與“焚書”劃上等號，成為秦始皇殘酷暴戾的佐證，使其被後世唾罵千年，恨不能掘墓鞭屍。也許，這就是得罪文人的後果。可見得罪文人特別是後來得到權柄的文人實在是一件很可怕的事，他們幾乎成功的讓一個立下不世之功的千古一帝遺臭萬年。