天皇“造反”，成立南朝

後宇多上皇一方的方案是先把皇位交給尊治親王，然後邦省親王即位，最後再看時機把皇位傳給後伏見天皇的兒子量仁親王（也就是花園天皇的侄子）。這一方案迅速遭到了持明院統（伏見上皇、後伏見上皇、花園天皇）一方的反對。最後無果而終，幕府的使節僅僅待了一個多月就回了鎌倉，事情算是擱置了。

後宇多上皇再次上臺

然而事情最終又起了變化。最直接的變化就是持明院統一方的支柱，花園天皇與後伏見上皇的父親，53歲的伏見天皇在九月三日突然撒手人寰。於是後宇多上皇當即抓住了這一機會，第二年初，他就給花園天皇施加壓力。這時花園天皇22歲，哥哥後伏見上皇31歲，而後宇多上皇52歲，在政治經驗和閱歷方面，花園天皇哥倆完全不是後宇多上皇的對手。後宇多上皇在伏見上皇死後就恢復了與鎌倉幕府的秘密交涉，再一次向鎌倉幕府派出使節，確保幕府方面的支援。使節在文保二年（1319年）的二月十二日返回京都，帶來了順利的訊息。

二月十五日，後宇多上皇開始著手準備即位各項禮儀。二十日，鎌倉幕府駐京辦“六波羅”的使者去了西園寺實兼的宅邸，再次傳達幕府方面的意見。這一事件中，西園寺實兼這位與幕府關係密切的重臣自始至終都堅持站在後宇多上皇一邊，鎌倉幕府更是如此，在各方勢力的支援下，後宇多上皇處於完全有利的位置。

二十一日以後，後宇多上皇與諸多重臣，以及東宮儲君尊治親王商談。之後，後宇多上皇連自己執政的房子都選好了，他甚至心急地想在尊治親王即位的同一天就把愛孫邦省親王立為儲君。到了二月二十六日，事情如期進展，花園天皇退位，尊治親王正式即位。皇位交替十分順利，這位尊治親王，就是後來的後醍醐天皇。而後宇多上皇也再一次坐上了“治天之君”的位置，因為他兩個兒子都當了天皇，所以他也兩次以上皇的身份作為“治天之君”執政。這在日本歷史上是少有的事情。

在皇位交接的過程中，後宇多上皇一方與花園天皇、後伏見上皇一方做了屢次談判，也基本上達成了約定，即在尊治、邦省親王繼位之後，儘早將皇位傳給後伏見上皇的兒子量仁天皇。兩支皇統依舊和平共處，交替執政，這一約定也得到了鎌倉幕府的認可。

奪權開啟的南北朝時代

兩年之後，自覺年事已高的後宇多上皇主動交出了權力，讓後醍醐天皇（尊治）親政。三年後這位兩度執政的後宇多上皇離開了人世。作為“過渡者”的後醍醐天皇在父親死後越發感到不安，當時的儲君邦省親王與另一旁在野的花園上皇、量仁親王也時時刻刻覬覦著皇位。這為皇權埋下了不安定的因素。

正中三年（1326年），自幼體弱多病的東宮儲君邦省親王去世。在幕府的裁定之下，後伏見上皇的兒子量仁親王按照先前的計劃坐上了東宮的位置。後伏見上皇為了博得幕府的支援可謂費盡苦心——他急忙向鎌倉派遣使者的事情，被世人譏笑為“賽馬”。這樣下去，可能沒過多久後醍醐天皇這位“過渡者”就會被趕下皇位。但這位已經38歲，對政治正處於迷戀之中的天皇當然不會輕易妥協。

再之後的事情就是日本歷史上著名的事件了。後醍醐天皇最終選擇了打倒鎌倉幕府，然而並未成功。事情敗露之後，後醍醐天皇被幕府抓捕、流放。此事被幕府稱為“主上御謀反”——“天皇造反了”。這可是轟動全國的大新聞。後醍醐天皇被鎌倉幕府廢位，量仁親王如願被推上皇位，就是後來的光嚴天皇。但是沒過多久，全國的反幕浪潮就一個接著一個地爆發了。幕府一方的足利高氏（後來的室町幕府建立者）倒戈，攻陷了幕府在京都的據點六波羅，而幕府的總部鎌倉，也被叛軍攻克。於是，持續了一百多年的鎌倉幕府宣告滅亡，鎌倉時代正式結束。那位被鎌倉幕府扶上臺的光嚴天皇，位子還沒有坐多久，就被迫退位，成為上皇，而且沒有“治天”之權。後醍醐天皇如願重返京都，實施親政。

之後的歷史如疾風驟雨一般。後醍醐天皇短暫的“新政”之後，足利高氏（尊氏）舉起反旗，於是後醍醐天皇不得已逃出京都，後來在奈良南面的吉野山落腳。此後經過兩方勢力的多次拉鋸戰，足利尊氏一方佔據了京都，並把那位已經下野的光嚴上皇又拉了出來，請他做了“治天之君”，同時把他弟弟請出來做了天皇。於是，光嚴上皇與逃到吉野的後醍醐天皇分土而治，在歷史上分別被稱作“北朝”和“南朝”，雙方開啟了長時間對峙和戰亂的“南北朝時代”