皇太子朱常洛的元配妃子郭氏，婚後無子。“妖書案”過後，宮中生活漸趨安定，皇帝朱翊鈞盼孫心切，下旨為太子多選淑媛。順天府少女王氏被選入宮，作為“選侍”，受到太子寵幸。萬曆三十三年十一月十四日，選侍王氏生了個兒子，即朱翊鈞的皇長孫，亦即以後的天啟皇帝朱由校。王氏臨盆時，已是深更半夜，朱常洛差老年宮女趕往仁德門外報喜，自己獨自在殿陛見徘徊，焦急地等候迴音。司禮監太監陳矩得報，立即稟報皇上，又轉奏慈聖皇太后。頓時全宮上下一片歡騰，喜氣洋洋。

朱常洛老宮女回稟後，朱常洛鬆了口氣，臉上流露出難得的喜氣。誕育皇長孫的王氏還沒有名封，吏部擬封“夫人”，皇帝不同意，命吏部查考皇明典禮，改為“才人”。皇長孫誕生，舉國上下歡欣鼓舞。南京吏部侍葉向高向皇帝祝賀：“臣等近接邸報，伏睹敕下禮部，萬曆三十三年十一月十四日時，皇太子第一子生。臣等躬逢大慶，不勝歡躍臣等職列留京，情懸魏闕，五雲天遠，每翹首於鳧趨，萬葉祚長，欲齋心而燕賀。追惟元子誕生日，曾於詔書未到之先，虔叢集工，恭陳微悃，茲敬修乎舊典，庶仰答於洪休。蓋茂發孫枝，實九廟神靈之顯祐，而欣逢帝祉，乃萬方臣子之同情也。

朱常洛劇照伏願益順歡心，旁流涉澤，迓天休滋，至匪獨樂於己，而同樂於民。貽哲命初生，以遠垂於孫，如近垂於子，則鴻基燕翼…言外之意希望皇上早日解決“國本”問題。在大臣心目中，皇太子已經冊立，“國本”問題似乎仍舊懸而未決。事實確實如此，皇太子朱常洛的處境依然沒有改善。自他移居慈慶宮後，與居住於景陽宮的生母恭妃王氏幾乎隔離，礙難來往。萬曆三十四年，由於皇長孫誕生，恭妃王氏被冊封為皇貴妃。皇帝給禮部發去聖諭：“朕元孫誕生，恭上聖母徽號，書諭天下宗藩。復思皇太子生母恭妃王氏，先年每欲進封，因帑藏錢糧不敷，恐禮文未備，是以暫行停止。

景陽宮今宮闈大典業已告成，恭妃宜進封皇貴妃。其皇太子下欽命選侍王氏，亦當有封號，以襄盛典。爾部查照典禮擬議上請，擇吉來行。”但是，太子生母王貴妃的待遇，與福王生母鄭貴妃相差天壤之別。等到她病危時，才允許兒子朱常洛去景陽宮探視。朱常洛到了景陽宮，但見宮門緊閉，一派門庭冷落景象。常洛見到的母親，已經病入膏肓，眼睛近乎失明。王貴妃聽到兒子的聲音，用手撫摸著他的身體，悽楚地說：“兒長大如此，我死何憾？”常洛聽了母親如此心酸的話。淚如雨下，左右侍從莫不涕淚縱橫，不能仰視。

鄭貴妃這時屋外有鄭貴妃派來的人偷聽，王貴妃若有所聞，小聲對兒子說：“鄭家有人在此。”兩人只好默然相對。萬曆三十九年九月十三日，王貴妃悄然逝。皇帝向外宣佈：“皇貴妃王氏於本月十三日酉時薨逝，合行事宜，都照世廟皇貴妃沈氏例行。”禮部署理部務的左侍郎翁正春主張“禮宜加隆”。福建道監察御史穆天顏也向皇帝進言：“皇上綱常之主，典禮之宗，必有斟酌於人情天理之極致，而不令天下後世有遺議者。”一向稱病在家不理政務的內閣首輔李廷機，破例上疏向皇上問安。

福建現代圖王貴妃患病與早逝，皇帝朱翊鈞本應引咎自責，他卻文過飾非，為貴妃所受冷遇辯解道：“皇貴妃王氏，朕以誕育太子，命居一宮自適。前月間偶爾有疾，即著皇太子自問安數次。不意昨以疾終，朕深悼惜。覽卿等慰，已知道了。”對於禮部起草的皇貴妃喪禮儀注，他輕描淡寫地批覆：“發引，皇太子步送玄武門外，柩就輿，行路祭禮畢，回宮。”由於皇帝不重視，久久不予ト葬。

天壽山在禮部 再三催促下才同意由翁正春與太監一起前往天壽山選擇墳地，太監藉口費用過多，有意刁難，翁正春（字兆震，青陽，福建侯官人）勃然大怒：“貴妃誕育元良，他日國母也，奈何以天下儉乎！在翁正春的堅持下，才在萬曆四十年六月初九日，將王貴妃的靈柩發到天壽山，七月十七日安葬，主持儀式的不過是兩名侍郎而已。王貴妃安葬一年之後，皇太子朱常洛遭到心懷叵測者的暗中詛咒，直到此時，他的地位仍然岌岌可危。