1294年，可汗忽必烈死後，他的繼任者們繼續統治著這個世界上最強大的王朝——元朝70多年後，元朝被推翻從而退出中國歷史舞臺，而此後的統治者們身上都多少帶有些成吉思漢 蒙哥和忽必烈的影子。
是什麼因素導致蒙古失去天命、結束統治中國的經濟、生態、政治和軍事。在1294年忽必烈去世時，他的指定繼承人已先他而去，於是他的汗位傳給了酗酒的孫子鐵穆耳，在從忽必烈去世到1333年妥懽帖睦爾登基的近40年裡，有九位可汗登上過王位，其中只有鐵穆耳在位超過十年，期間瘋狂酗酒和遭受暗殺致使很少可汗能活過35歲。
鐵穆耳試圖延續他祖父的政策，但不到一年國庫因過分揮霍而告罄，登基後他將錢幾乎都花在給諸王買貴重禮物上，他也知道元朝的嚴重腐敗，朝堂和都城官員的人數原本限定為2600人，然而據統計在鐵穆耳繼位的第一年，官員人數就超過了10000，1303年有18000名官員在一個調查中被指控受賄，而典型情況是鐵穆耳無法下定決心嚴厲處理這些受賄官員，其中大多數人都保住了自己的職位，儘管元朝的經濟衰退普遍被證實是由無度的腐敗和奢侈送禮造成的，但最近的研究卻發現其背後有一個更嚴重的困境。
在十四世紀小冰河期開始時，全球氣候普遍向更冷更潮溼的方向轉變，這對亞洲季風氣候產生了嚴重影響，在14世紀這種影響使歐亞大草原出現一種急劇降溫和降雪的普遍趨勢，中國北部因此出現乾旱，南部出現持續暴雨和颱風，這些現象在鐵穆耳統治的最初幾年就出現了。
1295年，颱風侵襲了長江三角洲，黃河多處決堤洪水氾濫，而前幾年的乾旱導致蝗災成災莊稼顆粒無收，這種狀況一直持續了十餘年，在蒙古牧群在酷寒的冬天遭遇饑荒，這迫使數千人向南方尋求可汗的幫助，而這些生態問題與元朝的經濟困境有著直接聯絡，忽必烈延續了宋朝的荒政政策，即政府提供賑災物資，以現金、糧米、畜牧和其他物資的形式來賑災，這很契合忽必烈在重建社會秩序和減輕下層階級負擔方面所做出的努力，忽必烈的後繼者都不敢廢除這些法律，因為它是元律的根基，然而前所未有的氣候災害在這片廣闊的土地上持續了一個世紀，這是一個讓人無法承受的負擔。
中國詳細的歷史記錄和元史揭示了這個每年都面臨危機的朝代，從1272年到1357年，中國的一些區域幾乎每隔一年就發生一次大饑荒，記錄的地震次數超56次，一邊是南部沿海地區的超級颱風，一邊是草原上的超級暴風雪，這異常寒冷的冬天和突如其來的霜凍，意味著在北方種植的某些作物將無法存活。
人口稠密的長江三角洲作為國家經濟和農業的至關重要的地區之一，卻每年遭受乾旱、洪災、流行病、饑荒和颱風，這些災難摧毀了很多城鎮和農田，導致數千人死於隨之而來的饑荒，僅1301一年，長江三角洲接連遭遇了春旱和一場大規模颱風的侵襲，沿海的50公里的耕地全部被毀，40米高的海浪向內陸推進了280公里，17000人在風暴中喪生，還有10萬人在風暴過後遭受飢餓，僅一個月後洪水就使滿洲人流離失所，八月蒙古的牧群在一場反常的暴風雪中被凍死，帝國的都城元大都被洪水淹沒，一場蝗災襲擊了河北省，災民需要政府的救濟，糧食的嚴重短缺導致元朝政府只能用現金彌補財務收支，為了有更多的現金只能去印刷更多的錢，印刷的錢甚至都超過了政府的收入，結果導致了通貨膨脹。
元朝紙幣在14世紀變得越來越不值錢，自然災害看起來沒完沒了，元朝似乎正在失去天命失去統治中國的權利，鐵穆耳在1307年去世沒有留下子嗣，他的侄子們各有擁躉形成不同派別，他的侄子海山生活在草原，對中國文化既不喜歡也不瞭解，他希望像遊牧民族那樣透過諾顏——即蒙古軍事精英來統治這個國家，他將奢華禮物王族頭銜和宮殿贈予他的朋友和盟友，在位四個月後海山發現他已經花費了政府超一年的收入，活在恐慌中的他在統治期間一直試圖解決這個問題，增加了稅收並且繼續收取之前鐵穆耳取消了的債務。
慢慢一種新的貨幣開始流通，它與舊貨幣的兌換率為1：5，在1310年新貨幣的印刷發行數量是前三年的七倍，而這僅僅是加劇了通貨膨脹，1311年海山死後，他的弟弟愛育黎拔力八達繼位，這位新可汗推翻了之前的朝廷班子，撤銷了之前的政策並廢除了流通的貨幣，愛育黎拔力八達想建立一個更傳統的推行儒學的中國政府，並且恢復了選拔官員的科舉制度，他鼓勵用蒙古文翻譯漢語典籍，並開始編纂元朝法律體系，這就是每一任新可汗持續重複的事情。
每次換任，政府高層通常就要經歷一場血腥的變革，頒佈徹底整改的政策。愛育黎拔力八達於1320年去世，年僅35歲。他的兒子碩德八剌繼任統治期間大多時間都在與愛育黎拔力八達權高位重的的母親鬥爭，最終碩德八剌在1323年被暗殺，他的繼任者——堂兄也孫鐵木兒很可能參與了這場暗殺的陰謀，然而也孫鐵木兒在位僅五年就於1328年因病去世，同樣是年僅35歲。
也孫鐵木兒八歲的兒子阿速吉八在父親的大臣幫助下，在上都登基，但登基計劃失敗了，因為大都的中央都城被強大的欽察衛隊的首領燕帖木兒佔領，燕帖木兒將圖帖睦爾扶持上了王位並且奪佔了上都，而年輕的可汗阿速吉八在戰亂中失蹤了，不久之後圖帖睦爾的哥哥和世㻋結束了察合臺汗國的流放回到了上都，在1329年8月 他們團聚了。
圖帖睦爾承認了他哥哥的君主地位，四天後和世㻋去世，圖帖睦爾重新登上王位，但是圖帖睦爾並沒有因他的地位而享受權力，因為欽察汗國的燕帖木兒和他的盟友蔑兒乞氏的伯顏掌握了實權，使可汗成為有名無實的傀儡。
圖帖睦爾在位期間致力於研究中國經典文化練習書法，並且為他哥哥的死感到內疚，他在1332年去世前宣佈他哥哥的兒子懿璘質班代替他的小兒子成為他的繼承人，年老病弱的燕帖木兒雖不情願但也只好同意了。
六歲的懿璘質班正式登基成為大汗，然而他僅在位兩個月就去世了，朝廷向燕帖木兒施壓要求其召回懿璘質班被流放的同父異母的哥哥妥懽帖睦爾，但這是在燕帖木兒將女兒已經嫁給他之後了，妥懽帖睦爾是繼忽必烈之後在位時間最長的元朝君主，從1333年開始統治國家直到1370年去世。
起初他像前幾任可汗一樣只是個傀儡，燕帖木兒死後盟友伯顏接替了他的位置，伯顏希望能恢復理想中忽必烈在位的“美好時期”，並試圖強行將在過去十幾年裡界線早已模糊的蒙古族和漢族分開，漢族人被禁止擔任政府職位，禁止學習蒙古語和其他西亞語言，科舉考試取消，老百姓上繳兵械，而且他們的馬也被沒收了伯顏想透過削減朝廷開支來提高政府效率，透過降低鹽業壟斷導致的高額費用來減輕帝國百姓的壓力，鼓勵發展農業加速完善政府救濟體系，當然他這些努力都獲得了年輕的懼怕他的妥懽帖睦爾的批准。
伯顏的集權以及他以暴力來回應謠言威脅的殘忍手段，激起了人們對他的不滿反抗，包括他自己的侄子脫脫，1340年春天脫脫和妥懽帖睦爾流放了伯顏，伯顏一個月後去世了，和他一起走的是最後一批想回到“舊時期”的人，隨之而來的是一些認可甚至讚頌蒙古王朝中國化的人。
新一代的朝廷由脫脫領導，在伯顏被流放時脫脫只有26歲，他受過良好的教育並由他的叔叔撫養成才，與伯顏不同的是，脫脫並沒有重建忽必烈時代這類錯誤的觀念，對他而言中國文化和儒家思想是值得欣賞的，相信所有的朝政問題都可以透過一個平穩而強大的政府來解決。脫脫試圖用各種改革來加強集權鞏固統治，在他初期擔任丞相之時，伯顏最後的盟友被剷除，科舉制度得到恢復，儒家學者比以往任何時候都更多的融入政府，妥懽帖睦爾可汗不再只是傀儡。
可汗家族下令譴責他的叔叔圖帖睦爾謀殺了和世㻋，並且處死了他的兒子，妥懽帖睦爾將自己的兒子妥歡帖睦爾託付給脫脫撫養教育，脫脫花費了大量精力將他塑造成一個理想的受儒家思想教化的蒙古統治者，在這場政治動盪中環境危機進一步惡化，蒙古人和其他西北民族大逃亡的情況在1323年變得如此嚴重，以至於印製出的炒幣有39%被用於嘗試援助難民返回家鄉，但最終所有人被禁止離開蒙古，違者處死。
14世紀20年代，每年都有嚴重的洪水淹沒農田，並且通貨膨脹持續加劇，人們變得越來越焦慮，僅在圖帖睦爾三年的統治期間就爆發了21次叛亂，政府沒有新的渠道獲得收入入不敷出，而此時救濟、戰爭、朝庭和腐敗造成的開支受通貨膨脹的影響不斷飆升，儘管脫脫想成就偉大事業讓同時代的人來讚歎他，他的計劃因這些環境問題而中止，這十年來每年都會發生地震，非季節性的暴風雪會致使整個牧群喪生，嚴重的洪水氾濫的饑荒乾旱和流行病，同時在一些學者看來黑死病也始於這個時期，隨著廣大人民的沮喪情緒不斷醞釀，最終在14世紀40年代起義爆發。
在1341年中國中部地區發生了300多起土匪起義，其中包括紅巾軍起義，這一起義因紅頭巾而得名由一些聯絡較為鬆散的團體發起，他們擁護極端儒家思想，透過軍事手段呼籲對社會進行徹底的改革，以迴歸到更古老更純粹的中國。
脫脫於1344年辭職讓他的繼任者來收拾爛攤子，之後他於1349年被朝廷召回得意洋洋地重回朝堂，但由於當時妥懽帖睦爾可汗已經厭倦了治國理政，所以脫脫成為了當時元王國的主宰者，脫脫下令印刷大量紙幣來實行他最偉大的計劃，迫使黃河再次流入山東半島以南的海域。
早在1344年20天不間斷的降雨導致河水決堤淹沒了許多地區和城市，切斷了大運河並且流入淮河導致淮河水位上漲，威脅到山東和河北各省的鹽田，在洪水流入山東半島北部地區之前，其對鹽田的威脅尤其令人擔憂，因為鹽業的貿易及稅收所帶來的收益佔元朝每年收入的60％。一方面大運河需要保持開放，以便向北運輸大米和穀物來滿足大都都城的糧食供應；另一方面人們強烈反對黃河改道工程，但是脫脫強行執行了這個計劃並且印刷了價值200萬錠的新貨幣投入此工程。
從1351年5月到12月，十五萬名工人和兩萬名士兵挖掘了一條140公里長的渠道成功改變了這條河的航線，大運河再次得到供水，鹽田得到保護，黃河成功流入山東南部的海域，脫脫的這項工程是為了保護元朝的生產和經濟，但它卻意外致使元朝最終分崩離析。由於多年饑荒，工人們飢腸轆轆體弱多病，他們要嚴格遵守時間表不然就會受到殘忍監工的懲罰，但他們的報酬卻少得可憐，紅巾軍起義由此醞釀，就在運河施工的同時，淮河流域爆發了大規模的叛亂，元朝政府措手不及，許多城市迅速淪陷。在首次被攻破後甚至都來不及重建城牆就繼續戰鬥，在第一次交戰中政府軍隊由於準備不足被擊退，包括由脫脫的哥哥指揮的軍隊，打敗他們的並非靈活性強的騎兵弓箭手，大多是由蒙古人和中亞人指揮的當地中原民兵，但是丞相脫脫對這種緊急情況瞭如指掌，他立即開始進行防禦並組建了新的軍隊徵召了民兵，重建指揮系統開始了新的訓練，他知道必須謹慎行事，以免管理不善報酬過低致使士兵不滿從而加入叛亂，在令人眼花繚亂的變動中，脫脫不斷調整較大的軍事單位，在帝國內部重新調動和任命指揮官，以防他們造反，主要由中原的志願軍組成的由穿著黃色制服的蒙古和突厥的指揮官領導的黃軍成為了歷史學家約翰•達爾德斯口中的脫脫的“全國平定機構”，脫脫在親自領導的最重要的戰役中，最初按兵不動，然後反擊最終平息了叛亂。
在1352年底，他已經重新控制了淮河流域，他們穩步奪回了各個城市，到1354年底脫脫將消滅這場臨近尾聲的運動的最後一個主要人物，在自己的都城高郵孤立無援的張士誠，在最後一刻妥懽帖睦爾可汗將唾手可得的勝利拱手讓出，由於一些未知的因素他在1355年初下令解僱了脫脫，作為一名目光短淺又無能的君王，他或許恐懼著脫脫日益強大的權力，然而卻取代不了脫脫的地位，他致使脫脫苦心經營的軍事運作即刻崩潰，大部分軍隊荒廢，於是紅巾軍叛亂再次爆發，脫脫，一個到最後一刻仍忠誠的僕人接受了他被解僱的事實，並在第二年被暗殺。
當紅巾軍為了從元朝手中奪過統治權而戰鬥時，妥懽帖睦爾幾乎毫無招架之力，在鄱陽湖之戰不久後朱元璋就建立了明朝，妥懽帖睦爾在餘下的大臣們面前毫無威信，他們像紅巾軍一樣互相爭鬥。
1368年夏末，朱元璋登基為洪武皇帝，派他親信的大將徐達去攻下大都，就在明朝軍隊到達前的幾天，妥懽帖睦爾和他的繼承人逃到了蒙古，在1368年9月20日，大都四百多年來第一次被漢族人統治，洪武皇帝將城市改名為北平，意為“北方安寧平定”，後來這個城市成為了明朝的都城，並改名為北京，也就是今天的北京。
除了那少數幾個又活了二十幾年的元朝擁護者，蒙古人對中國的統治於1368年結束，與往常的描述相反的地方是，元朝在遇到多變而緊急的氣候災難時進行了積極應對，只是沒能克服如此巨大的危機，其實很少有國家能夠在這種威脅中倖存下來，更何況元朝還同時遭受著因環境危機而不斷加劇的政治和經濟的動盪，就這一點來說忽必烈可汗的繼任者們持續統治了近70年，這是一件了不起的事情。