張無忌與周芷若雙修九陰九陽後，大敗陳友諒，在趙敏去世後，最後周芷若與黃衫女終於二女同嫁一夫，心隨所願。
卻說，張無忌將明教教主之位讓與楊逍之後，與趙敏在化外之地尋得一無人荒島，退隱江湖，不問世事，過上了琴瑟和鳴，鸞鳳比翼，只羨鴛鴦不羨仙的神仙眷侶的生活。
成昆的徒弟、原丐幫長老陳友諒，奸詐無比，頗有野心，想透過丐幫來一統江湖，鉗制明教，與元廷對抗，然其事情敗露之後，遂投奔明教義軍首領徐壽輝。
徐壽輝見其武功高強，加之陳友諒曲意奉承，又在其麾下頗立戰功，徐壽輝不查之下，竟將兵權移交於他。
正中下懷的陳友諒，竟有了登基大寶的野心，隨即唆使徐壽輝統率大軍與朱元璋開戰，幾次勝利之後，陳友諒躊躇滿志，自忖剪羽已成，設計殺死了徐壽輝。
陳友諒殺死徐壽輝之後，不顧部下的勸阻，一意孤行，改國號為漢，登基當上了皇帝。
由於徐壽輝的舊部均是明教出身，唯恐遭其毒手，便紛紛投奔應天府的朱元璋。眾叛親離的陳友諒勢力大減，心有不甘之下，妄圖東山再起，隨即想到了因屠獅大會失敗而被囚禁於少林的師父成昆。
此時成昆雖被謝遜廢去全身功力，並挖去雙目，表面上已棄惡從善，但心裡更加痛恨明教，甚至蔓延到整個中原武林。
今見陳友諒偷偷找到自己，成昆便將少林派至高無上的武學秘籍金剛不壞神功交給了陳友諒。
這金剛不壞神功即是修煉之法，也是實戰之術。修煉者一經施展，人體外表如穿金甲，化身為金剛之身，可抵禦外力的一切襲擊，然施展此法，卻需要強大的內力。
陳友諒雖武功高強，但內力卻與修煉此法相去甚遠。
就在此時，秀似芝蘭、清逸如仙、情場失意的周芷若為專心研習峨眉派獨門內功心法峨嵋九陽功，以此完成師父光大峨嵋的遺願，由於《九陰真經》太過分心，於是將《九陰真經》交於少林方丈空聞大師，自己則回到峨嵋。
陳友諒本是丐幫八袋弟子，而丐幫弟子又多出身於少林，致使陳友諒的耳目在少林眾多，加之成昆從旁協助，不知覺中，陳友諒居然從少林寺中盜得了《九陰真經》。
陳友諒得到真經後苦心研習，勤加修煉，並與金剛不壞神功相互融合，不久便打通了任督二脈，體內的真氣更是能夠沿著腰俞、靈臺、上星等督脈諸穴，源源不斷的自然迴圈。
陳友諒神功大成之日，首先便殺上少林，準備營救師父成昆。少林弟子在方丈空聞大師的帶領下與陳友諒進行了殊死搏鬥，然而空聞大師終因技不如人被陳友諒一掌斃命，少林弟子也死傷過半。
渡厄、渡劫、渡難三位少林神僧，當初不通世事，被成昆的花言巧語所迷惑，致使天下武林大亂，今見陳友諒不遺餘力來攻打少林，意欲解救成昆，三渡深恐成昆被救後猶如放虎歸山，危害武林，在空聞大師斃命之時，便將成昆掌擊天靈，令其一命嗚呼。
三渡隨後合使出金剛伏魔圈，奈何此時陳友諒的武功已到了已臻化境之態，雖三人聯手，三渡也是相繼殞命。自此少林再也無力與陳友諒相抗衡，不得不聽命於他。
武林泰斗張三丰聽聞少林被陳友諒所滅，怒不可遏，決心為武林除害，豈料陳友諒滅了少林之後，便直奔武當而來。
張三丰雖是名揚天下的一代武學大師，奈何其年歲已高，終因體力不支，被陳友諒擊敗而命喪黃泉。
之後，江湖上林林總總的一些幫派陸續被陳友諒或滅，或歸於其麾下，一時間天下武林大亂，人人自危。
明教教主楊逍見陳友諒已成氣候，卻又無可奈何，情急之下，踏遍三山五嶽，終於在化外之地的海島上找到了張無忌。
張無忌聽聞到中原已是戰火兵燹，城破廬毀，滿目瘡痍，決定重出江湖，蕩平陳友諒，重建武林秩序。
趙敏很是擔心張無忌的安危，於是相隨一同回到了中原。
當張無忌與陳友諒對決之時，張無忌這才發現自己已遠非陳友諒的敵手，百招過後，便已落了下風。
當陳友諒準備痛下殺手，欲要擊斃已經落敗的張無忌時，趙敏飛身而出，用自己的身體硬生生地接了陳友諒的一掌，當場便香消玉殞。
痛失愛妻的張無忌抱著趙敏的屍首，趁亂逃之夭夭。
待到張無忌安葬好趙敏之後，孤身上了峨眉山，找到周芷若，希望二人能聯手對付陳友諒。
當初張無忌與周芷若不僅曾有婚姻之約，甚至已經到了拜堂成親之時，卻被突然現身的趙敏將其帶走。
之後兩人再遇，張無忌一句風清月朗、光風霽月的問心無愧，令周芷若是何等的灰心，如今再見卻已是物是人非。
但張無忌畢竟曾是周芷若所愛之人，張無忌痛失愛妻，悲痛欲絕，如此無助樣子讓周芷若心碎萬分，也就答應了張無忌。
於是兩人找到陳友諒，準備決一死戰。豈料，兩人聯手依舊不是陳友諒的敵手，並且張無忌還被陳友諒打成重傷。
此時，放眼天下，似乎已無人能敵陳友諒。張無忌猛然想到了多番援手，風姿綽約，容貌極美，古墓派楊過和小龍女的後人黃衫女楊姊姊楊瑤琴。
當日，黃衫女楊瑤琴援手張無忌併為其解圍後，楊瑤琴對張無忌已暗愫情深，留下：終南山後，活死人墓，神鵰俠侶，絕跡江湖，實乃為告知張無忌，自己所居之地，讓其閒暇時來古墓互訴衷腸。
豈料當時，張無忌被眾美所圍，未對此話深度解析，致使楊瑤琴一度的惆悵與無奈。
楊瑤琴看到張無忌身負重傷，自是心痛不已，於是不惜耗費功力為其療傷三天三夜，此時，張無忌才明白楊瑤琴一直深愛著自己。
張無忌隨即也向楊瑤琴吐露了心聲，原來張無忌對楊瑤琴也是一見鍾情。當日，楊瑤琴宛若仙女下凡，讓人驚豔，張無忌自覺粗鄙，自是不敢有親近之想，怕褻瀆身披淡黃輕紗的楊姊姊。
楊瑤琴聽完二人對陳友諒的武功描述後，認為要敗陳友諒，唯有以《玉女心經》為基礎，男女雙修九陰真經與九陽真經，將九陰與九陽威力合二為一，攻其一處，方能擊敗陳友諒。
雙修之法本就要達到男女性命同源，生死一起，陰陽兩齊，化生不已。
隨後，張無忌與周芷若在楊瑤琴的指點下，二人陰陽雙修九陰與九陽，數月之後神功大成。
湖口鄱陽，陳友諒乘船而來，張無忌和周芷若與陳友諒在此決一死戰。
三百招後，陳友諒終於不敵張無忌與周芷若的雙修九陰九陽，乘船而遁。張無忌和周芷若早已瞧在眼中，遂亦乘舟追去。
驚恐萬分的陳友諒從舷窗探頭察看，張無忌瞧得清楚，當即擲出長箭，正中陳友諒右目，其勢甚急貫睛及顱，陳友諒立即斃命。
由於張無忌與周芷若雙修九陰九陽已有了肌膚之親，張無忌決定迎娶周芷若。周芷若看到楊瑤琴落寞萬分，知其心中還有張無忌，於是提出二女同嫁一夫。
張無忌自是欣喜萬分，一口允諾。
此時，朱元璋終成氣候，在應天府即皇帝位，建國號為大明，得國之後，朱元璋便開始慘殺明教，屠戮功臣。張無忌深知自己乃一介草莽，必不會被朱元璋所容，於是攜帶二美，遠赴海外，再未踏入中土一步。