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轉錄組建庫的樣本處理,第一步居然不是 rRNA 去除?

師妹,師姐給你說說轉錄組建庫的故事吧:

● 樣本 1:提取 total RNA,去除 rRNA,建庫步驟 12345,均一化上樣量……

● 樣本 2:提取 total RNA,去除 rRNA,建庫步驟 12345,均一化上樣量……

● 樣本 3:提取 total RNA,去除 rRNA,建庫步驟 12345,均一化上樣量……

● 樣本 n:提取 total RNA,去除 rRNA,建庫步驟 12345,均一化上樣量……

師姐,你這是在講從前有座山,山裡有座廟……的故事嗎?怎麼都是一樣的開頭啊???

確實,目前普遍採用的去除核糖體 RNA 的策略都是從 total RNA 開始,第一步先去除細胞質核糖體 RNA(rRNA)和線粒體核糖體 RNA(mt rRNA)。當使用低質量 RNA 或低丰度樣本時,降解稀有或低丰度轉錄本的風險較高,這種方法並不理想。並且當處理多個樣本時,重複的低效率操作實在影響心情。有沒有一種方法,可以讓我們一次性解決所有樣本的 rRNA 去除呢?

答案正朝你走來 ——

SEQuoia RiboDepletion 核糖體 RNA 去除試劑盒。

SEQuoia RiboDepletion 核糖體 RNA 去除試劑盒是一個通用型試劑盒,可從 RNA-Seq 文庫中去除來自 rRNA 和 mt rRNA 片段,也就是得到 total RNA 後,直接進行轉錄組建庫。帶標籤的完整文庫透過混樣後一併進行 rRNA 的去除,一次搞定所有樣本的 rRNA 去除。

SEQuoia RiboDepletion 核糖體 RNA 去除試劑盒可以去除 RNA-Seq 文庫中 rRNA 生成的 cDNA 文庫片段,在剖析整個轉錄組、保留和捕獲小 RNA 方面表現出卓越的效能,同時最大限度地減少稀有轉錄本和來自微量或降解樣品的 RNA 的損失。

這款通用型的核糖體 RNA 去除試劑盒經過最佳化,可適用於廣泛的輸入範圍(0。1~20 ng的 RNA-Seq 文庫),並與大多數商品化的文庫構建試劑盒相容。透過創新的庫後耗竭技術,可以將多個帶標籤引文庫混樣處理,在一次反應中進行 rRNA 去除,最大限度地提高去除率,節省大量時間和成本。

轉錄組建庫的樣本處理,第一步居然不是 rRNA 去除?

功能和特點

有效去除 RNA-Seq 文庫中的核糖體 RNA 和線粒體 RNA 片段;

保留通常因建庫前 rRNA 去除而丟失的稀有轉錄本和小 RNA;

最多滿足 96 個帶標籤文庫混樣去除,節省時間與試劑;

相容自動化操作平臺,高通量處理;

4 管組分,2 小時即可完成。

效能表現

➣ 更好的全轉錄景觀

轉錄組建庫的樣本處理,第一步居然不是 rRNA 去除?

轉錄組建庫的樣本處理,第一步居然不是 rRNA 去除?

圖 1。 經 SEQuoia RiboDepletion 處理後的資料,可保留更多的轉錄本多樣性。

➣ 高效的混樣 rRNA 去除能力

轉錄組建庫的樣本處理,第一步居然不是 rRNA 去除?

圖 2。 96 個帶標籤的 RNA-Seq 文庫混樣在一個反應中同時處理 rRNA 而不影響文庫質量。

表 1。 技術指標

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