漢獻帝建安元年（公元196年），呂布以轅門射戟的方式解救了劉備。劉備不久就集合起了1萬多人的部隊，引起了呂布的妒恨，認為自己受到了威脅，於是親自出兵攻打劉備。劉備逃走，投奔曹操。曹操十分優待劉備，讓他做了豫州牧。有人勸曹操說：“劉備雄才大略，野心勃勃，如果不趁現在除掉他，必然會成為我們的後患。

曹操為此徵詢郭嘉的意見，郭嘉說：“這種說法不是沒有道理的。但是，您現在剛剛起兵，除暴安良，需要天下英雄豪傑的輔佐。您誠心誠意地招募，還唯恐他們不來。

現在劉備也是天下有名的英雄豪傑，因走投無路前來投靠您，而您卻要將他殺掉，這將會使您揹負謀害賢才的惡名。而那些有才智的人士也會懷疑您的誠意，另選主人，將來誰還會願意和您一起平定天下呢？因除去一個人的禍患而失去天下的人心，實在不是明智的做法，您應當再仔細考慮一下。”

曹操笑著說：“你分析得很對。”於是撥給劉備少量軍隊和糧草，讓他在小沛一帶集合殘餘的部隊與呂布對抗。

漢獻帝建安二年（公元197年），袁紹派人給曹操送去一封信，語氣十分傲慢。曹操非常氣憤，找來郭嘉、荀彧商量：“我要討伐袁紹，可是現在勢力沒有他強大，你們說我該怎麼辦？”郭嘉和荀彧兩人都一致鼓勵討伐袁紹，並十分詳細地分析了曹操和袁紹兩人間的10項勝負因素，指出曹操必勝的理由。接著郭嘉又提出先消滅呂布，同時安撫關中的割據勢力，為討伐袁紹消除後顧之憂的計策。曹操於是命鍾繇以朝廷的名義安撫、監督關中地區諸軍，馬騰、韓遂等都表示服從朝廷，並各自派遣兒子到朝廷任職，充當人質。

在郭嘉和荀彧兩人的支援和鼓勵下，曹操下定決心要剿除袁紹的勢力。他根據兩人的計策，於第二年發兵征討呂布。呂布敗退堅守下邳。曹軍久久不能攻克，將士們也疲憊了，曹操想罷兵撤退。在最關鍵的時刻，郭嘉分析利弊，主張猛攻呂布。於是，曹軍引來沂水、泗水灌城。呂布堅持了一個多月，終於抵擋不住向曹操投降了。