同治帝去世後，慈禧二度垂簾，這時她已經具備了豐富的政治經驗，為了政局穩定，她對軍機大臣們還採取了忍讓的態度。不過這時的慈禧權力慾望越來越大，便在大臣間製造矛盾來鞏固她的統治地位。當然，最主要的目標就是以恭親王奕為首的政治集團。

早在同治年間，軍機大臣、內閣大學士以及六部重要官員之間，就已經出現了政見不同的現象。奕、文祥等人主張效仿西洋，屬於洋務派，但朝廷中更多的則是反對西法的守舊派，以帝師李鴻藻、倭仁、翁心存等人為代表。這兩派之間的鬥爭此起彼伏，十分激烈，因而成見日深。

自從沈桂芬入值軍機處後，使得兩派關係變得更壞。因為沈桂芬是奕的死黨，是個十足的洋務派，他雖晚進軍機處，但卻成了草擬諭旨、批答奏章的主筆，這令資歷很深的李鴻藻極為不滿。大家凡事“均不肯符合”。

李鴻藻與慈禧的關係較近，但在軍機處勢單力薄，可能是在慈禧的默許下，他多方舉薦有品德的“端士”，因而有一批新進的御史、翰林與他結成一幫，尤其對他的直隸同鄉張之洞、張佩綸給予提攜，壯大了自己的力量。由於被提拔的人多是北方人，時人稱為“北黨”。

沈桂芬也不甘示弱，他也設法讓他的學生湖南巡撫王文韶當上了軍機大臣，以增強自己的實力。沈、王二人籍貫在南方，因此被人目為“南黨”。從此南、北兩派勢力就在軍機處互鬥起來，而實際上他們各有靠山，那就是奕與慈禧在幕後操縱。

光緒六年（1880年）沈桂芬病逝，李鴻藻在軍機處的地位上升。“北黨”人士借當時雲南軍費報銷不實案，對任職戶部尚書的王文韶作了無情的打擊，說他“賦性貪邪”，“才不足以濟奸，而貪可以汙國”，結果把王文韶拉下臺，逐回了老家。不久，李鴻藻又指使張之洞對奕的另一大助手董恂進行批判，董恂等人也被革職，奕元氣大傷。

與此同時，晚清政壇上又出現了一批敢於講話，敢於抨擊時政的文人學士型官員，他們的品級不高，權力不大，但是他們以提倡氣節、清高自負聞名。對於國家政務，“上自朝政之闕，下至官方之邪，微及閭閻之困，無不朝聞事目，夕達封章。”這些人很快出了名，形成一股政治力量，時人稱為“清流黨”。

清流黨的形成是有一定的政治土壤的，辛酉政變以後，兩宮太后垂簾是清朝從未有過的政體，對傳統儒家社會而言，也是不易為大家所接受的。奕為了爭取更多的支援，有心聯絡中外，以塑造良好形象，叔嫂們都同意讓關心國事的人有討論時政的機會。

如此一來，官員言論的尺度放寬了，言路變得暢通，執政者的利用工具又更有效了。慈禧利用蔡壽祺參劾奕，免其議政王之銜，就是早期最明顯的一個例子。

慈禧嚐到甜頭之後，當然把握機會，對清流人士假以顏色，有意籠絡，以樹立自己的權威。有時候對清流彈劾的人與事，尚未獲得真相，慈禧即下詔處置。所以一時言路大開，無所顧忌地論人論事，當然這批清流人士大多能瞭解的一件事是，論事應有立場，最好從改革利弊、整飭綱紀上著眼，否則也會傷害自己。

不過，慈禧卻慫恿他們不在乎正義公利與否，她關心的是政權的問題。因此她不但利用清流打擊奕，還利用清流打擊地方實力派。如曾國藩、李鴻章都曾嚐到了清流人士的“無根浮言”的“挑剔細故”，不得不把湘軍與淮軍的力量減弱，使之不形成對朝廷的威脅。

清流勢力越大，雖然朝廷愈感安全，但此風一開，慈禧也難免惹火燒身。同治帝親政後不久，下令重修圓明園，清流黨出面諫阻，逼得皇帝與慈禧都得臨時下令停止工程。其後皇后阿魯特氏的死亡以及光緒帝的繼統等大事件，清流人士都表示了關心，甚至還有吳可讀激烈的“尸諫”行動。

南、北黨爭和清流是在慈禧掌權但尚未穩固的歷史條件下興起的，他們的政治壽命也不長。慈禧和奕同時都在利用這些人，但最終還是慈禧更勝一籌，在打擊了奕和地方實力派的同時，一步步鞏固自己的統治。這些人中有些人的氣節風骨確實令人欽佩，但是被有野心的政客利用，就該受到歷史批判了。