1908年11月15日下午5點，慈禧太后病逝於中南海儀鸞殿，享年74歲。就在慈禧死前一天，她將光緒皇帝用砒霜毒死，並立三歲的溥儀為帝。

據記載，慈禧太后在臨死當天病情突然加重，一度陷入昏迷狀態。太醫手忙腳亂之下，給她開了一個生津益氣的方子，慈禧服下之後稍微清醒。

誰也想不到，光緒會死在慈禧的前面，但這卻已成為事實。在後世的考古中，光緒被證實死於砒霜中毒，這似乎也就解釋了為什麼光緒這位還是而立之年的皇帝，會死在已是遲暮之年的慈禧前面。而對於殺害光緒的真兇，目前史學界尚無定論，有說慈溪，也有說是袁世凱，甚至還有人說是李蓮英，終之是眾說紛紜，讓人眼花繚亂。

其實自從清朝入關以來，就吸取了明朝閹黨之患的教訓，對太監的權力限制的很嚴重，讓他們完全沒有了干涉朝政的機會。但是自慈禧寵幸安德海、李蓮英開始，這個局面逐漸發生了變化，太監們開始透過對慈禧這個“女皇帝”施加影響來漸漸地掌握對國政的控制權。這一點從安德海利用御史上奏彈劾軍機處的機會，就解除了奕訢 “議政王”的地位便可見一斑。但慈禧這個時候卻又說宦官當權誤國，命後人謹記要限制宦官的權力，足見慈禧之可笑，自己接連啪啪打臉。

從慈禧太后的這三天遺願可以看出，第一條是希望能讓自己的血脈繼續統治大清，而後面兩條則是打臉自己以前的行為，因此至今仍被人唾罵。慈禧晚年的臨終遺言，令世人震驚，也給歷史留下了一團迷霧，人們一直不明白這樣一個成功坐上女皇交椅的鐵血女人，這樣一個有效控制大清王朝長達半個世紀的鐵腕太后，何以留下這樣的遺言，這是一個歷史之謎，人們迷惑不解，一個王朝的命運如同個人的命運一樣，彷彿都是上天的安排。