張獻忠谷城再起的訊息傳來，崇禎帝如坐針氈。為了挽救敗局，他決定起用楊嗣昌專剿張獻忠。崇禎十二年（1639年）八月二十五日，頒佈任命諭旨以原官兼任兵部尚書為督師，賜給黃金100兩，大紅紵絲衣料4套，鬥牛衣1襲，賞功銀4萬兩，銀牌1500個，明確宣佈各省兵馬自總督、巡撫、鎮將以下俱聽節制，賜給上方寶劍，便宜行事，以嚴軍威。又在北京平臺設宴為他餞行，親自為他斟酒，並將手觴三爵賜給楊嗣昌。又賜給親筆題詩：“鹽梅今暫作干城，上將威嚴細柳營。一掃流氛從此靖，還期教養遂民生。”他多麼期望這位督師能夠馬到成功，力挽狂瀾。楊嗣昌跪頌御詩，且拜且泣，當即表示決心：“誓死殺賊，二年之內，必有以報陛下，不煩南顧之憂。”
楊嗣昌帶著朝廷的重託，懷著澄清四海之志出了北京，到達襄陽。十月一日，楊嗣昌在襄陽舉行誓師大會，革任總理熊文燦、太監劉元斌、湖廣巡撫方孔炤、總兵左良玉、陳洪範等出席。正式宣佈對張獻忠發起全面進攻，並且明確了各地守將的職責。崇禎帝特意釋出告諭：“欽命督師閣部奉宣皇上德意，原撫九營人眾能殺張獻忠者準撫，能解散脅從難民各回原籍者準撫，能為良民自耕自食者準撫，此諭。”他絞盡腦汁，精心炮製了專剿張獻忠的方案與計劃。這個計劃的基本點：會兵20萬，拿出專剿經費550萬兩，以襄陽為專剿的大本營，由他親自坐鎮指揮部署。任命左良玉為平賊將軍，張克儉為監軍，永州（今湖南零陵）推官萬元吉為軍前監紀，馬乾為川東兵備僉事。在軍事部署上，命令湖廣官軍從房縣竹山向張獻忠部發起進攻，以迫使義軍直入大寧、大昌，加以包圍消滅。如果張獻忠部走大寧、大昌下荊州，去襄陽，則由楊嗣昌率部阻擊；如果張獻忠部走竹山、紫陽進入陝西，則由左良玉率部阻擊；如張獻忠部入四川，走夔門，則由四川巡撫邵捷春攔阻；並令邵捷春駐守夔州。這是他計劃的第一步。第二步，如果不能直接將張獻忠消滅在四川，則可利用四川山路狹窄地形與少數民族較多的特點，北面截斷棧道，南面扼守雲南曲靖，集中兵力由東而西驅趕，迫使義軍進入川西北少數民族地區，以挑起義軍與少數民族間的矛盾，消滅義軍，達到借刀殺人的目的。這個計劃稱之為圓盤計劃。
楊嗣昌出身進士，機智有謀，身為督師，但沒有帶兵打仗的實踐經驗，一心想找一個能夠統兵打仗的將領作為他的膀臂。他左思右想，選定了左良玉。左良玉字崑山，山東臨清人。少為孤兒，由叔父養育成人，目不知書，但能左右射殺，且多智謀，打過不少大仗和硬仗，是一員不可多得的大將。此時舉薦他出任平賊將軍，就是要將剿滅張獻忠的重任託付給他。
一個新的圍剿張獻忠的高潮在楊嗣昌導演下拉開了帷幕。明朝的主要將領左良玉、秦良玉、賀人龍、鄭嘉棟、李國奇、張應元、汪雲鳳、羅玉莘等都在向川東聚集。但是，戰局的發展，並不像他設想的那樣美妙。
崇禎十三年（1640年）正月，羅汝才在香油坪大敗湖廣巡撫方孔炤軍，轉入川東山區。閏正月，張獻忠與明主力左良玉等部在高頭壩、構坪關等地幾經交戰，互有勝負。得知左良玉軍已從城口廳之漁渡溪，總督陝西三邊侍郎鄭崇儉以及張應元、汪雲鳳從八臺山一齊朝著自己方向逼來時，急速命令部隊南移太平縣九滾坪，快速搶先佔據瑪瑙山，迎擊來犯之敵。
瑪瑙山位於四川太平縣北70裡，東臨大巴山，北與陝西紫陽、鎮巴相接，為蜀楚秦豫交界的要塞，號稱川東北隅的屏障，山勢高峻，道路崎嶇，易守難攻。
張獻忠的部隊率先到達瑪瑙山，據有山頂。左良玉糾合秦將賀人龍、李國奇，川將張令、羅尚文，楚將張應元、汪雲鳳入據瑪瑙山，分進合擊，加緊圍剿，由副將張令與總兵羅尚文部擔任前鋒，左良玉為右翼軍，鄭崇儉為左翼軍，副將賀人龍、李國奇、張應元、汪雲鳳為後衛，副將賈登聯、莫宗文率領遊兵為預備，隨時策應。左良玉環顧四周，觀察良久，深感強攻硬打難度很大。於是決定智取。左良玉以農民軍叛徒劉國能（闖塌天）為嚮導帶路，扮成農民軍運糧人員，騙取信任，詭稱糧食已經運到，向張獻忠駐地開來。
潘獨鏊是湖廣隨州應山縣秀才，家中富有，由於知縣貪圖他家的錢財，被誣陷關進了大牢，後越獄逃出，無處藏身，才投了張獻忠。因為他有文化，有謀略，很得張獻忠的信任，用為軍師。他被俘後，關在襄陽監獄，改名易姓叫劉若愚。官軍從俘虜中已得知他的真實姓名與身份，並且從他身上搜出的兩張白紙上有他寫的兩首詩文。其中一首題為《白土關阻雨》，內容是：秋風白雨聲，戰客聽偏驚；漠漠山雲合，漫漫澗水平。前籌頻共畫，借箸侍專爭；為問彼蒼者，明朝何是晴？白土關地在竹溪縣境內。這首詩大概寫於崇禎十二年（1639年）秋天張獻忠與羅汝才聯合攻打竹溪之時。這些詩文的發現，可以使這位張獻忠謀士的真實身份得到確認。
張獻忠突出重圍北上，只有500人，後來失散的部隊聽說他還活著，又漸漸回到他的身邊。官軍原以為張獻忠在瑪瑙山戰役中已經死去。在深山老林中找了3天，也沒有發現他的屍體。他們經岔溪、千江河十二灣，到達太平縣與城口縣交界處的柯家坪，被尾追而來的四川副將張令趕上。
羅汝才以及原在房縣、均州地帶活動的幾支農民軍也被驅趕到夔東。五月下旬，張獻忠在上龕、長荒與走出魚腹山困境的李自成會面。雙方都各有千餘人。這是兩人繼谷城之後又一次會見。之後，各自率部為戰。李自成繼續留房縣，二十七日在胡其裡遭到楊嗣昌部將劉士傑的阻擊，兵敗，軍中大印也失，乃離開房縣、竹山北進，向陝西轉移。
柯家坪地形複雜，亂峰錯峙，溝深道險，菁薄綿延。張令率兵馬5000人追來，分兵五路入山搜尋。張獻忠在深山密林中設下埋伏，誘其深入，團團包圍。這時明軍才知道張獻忠還活著。時值盛夏，烈日當頭，張獻忠切斷了柯家坪的水源，進入的官兵們乾渴難耐，靠採集野葡萄枝來解渴。然而這終非持久之計。勢在危急，只好硬著頭皮，派人向張獻忠求情，送去大量馬騾作為條件，請求張獻忠放他一馬。張獻忠不予理會，命令將士加緊圍攻。陝西巡撫鄭崇儉聞知後，本不打算出兵迎救，多虧監軍張克儉曉以利害，說張令忠勇可佳，方今用兵之時，棄之不顧，何以使人用兵？鄭才答應發兵馬救援。鄭崇儉的部署是兵分六路：副將賀人龍、李國奇從滿月槽出發；參將張應元、汪雲鳳從八臺山出發；副將曹變蛟、左光先為一路；副將賈登聯、莫宗文為一路；總兵方國安為一路；四川總兵羅尚文為一路，統一行動。六月十一日，會同張克儉、鄭崇儉直向柯家坪，兵眾10餘萬人，分別在寒溪寺、鹽井（今四川通井）、板箱溝、木瓜溪等地與農民軍交戰。由於明朝援軍陸續到來，戰場上兵力對比出現新的變化，即敵眾我寡，在此與敵軍展開決戰，勢必凶多吉少，為此，張獻忠於包圍13天之後，下令撤圍。這樣，張令方才脫險，免於血濺疆場，全軍覆滅。
柯家坪之戰，張獻忠雖然最終取得好的結局，但戰果並不理想，部隊有著較大的傷亡。楊嗣昌則大肆吹唬官軍取得了什麼異常大捷，火速向崇禎帝報捷。列出六月內七大戰功，宣稱張隻身逃走，其親子及心腹精壯盡數招降云云，崇禎帝哪會了解戰地真實情景，見到告捷的奏報，興奮不已。為了表彰楊嗣昌等的這一赫赫戰績，特發銀1萬兩犒賞，並賜鬥牛衣、良馬金鞍各二。此番報捷的使者返回，還未出城門，左良玉、賀人龍、李國奇於瑪瑙山大敗張獻忠的捷報也送達御前，崇禎帝大喜過望，興奮之下，傳旨再發銀5萬兩犒師，晉楊嗣昌爵為太子太保，晉左良玉爵平賊將軍、太子少保，諸將論功升賞有差。外賜楊嗣昌服物鞍馬帑金3萬兩，錦幣千端，勉勵他們擴大戰果，早日凱旋。
柯家坪之戰後，張獻忠所剩兵馬不多，有說只有千餘，不一定可信，但總數也不會太多。持續遭到追擊，冒死突圍，使將士們疲憊不堪，迫切需要休息整頓。進入興歸山區之後，張獻忠看到這裡崇山峻嶺，古木陰森，連綿數百里的天然地形，有利於隱蔽，休息整頓，便命令部隊在此住下。而此時無論左良玉還是鄭崇儉，對於繼續尾隨追擊都感到頭痛。因為，這裡地處深山，地形複雜，道路崎嶇，不利於大軍的行動。如果深入山地，進行追逐，弄不好就會重蹈張令的覆轍。再者，明軍內部矛盾也出現了新情況。左良玉和賀人龍都是楊嗣昌信得過的將領，可以說是他的左右手。左良玉英勇善戰，懂得軍事，對戰局有自己的看法，對楊嗣昌的部署，並非百依百順，擁兵自重的弱點日益顯現，再加上他的部下紀律極差，驕縱難制，楊嗣昌表請他為平賊將軍後，一度有些後悔。看到賀人龍在戰場上，驍勇能戰，屢建功勳，便想將“平賊將軍”官銜改授給賀人龍，並且將這個打算告訴了兵部尚書陳新甲，很快得到朝廷批准。賀人龍對即將到手的將軍桂冠又驚又喜，像盼星星盼月亮那樣，期待這一天的到來。然而，不久左良玉瑪瑙山之戰中立了大功，在朝中上下都有影響，若是此時撤換了他，勢必引起一系列麻煩。基於此，楊又決定維持現狀，請求朝廷收回成命。賀人龍獲悉楊中途變卦，心裡很不平衡，便對楊嗣昌懷恨在心。一怒之下，就將楊對自己的許諾告訴了左良玉。左良玉見楊腳踩兩隻船，對自己既信任又不信任，玩弄臨陣換將、釜底抽薪把戲，大為不滿。就這樣，二人誰也不願意為他效力，更談不上主動配合了。楊嗣昌面對如此情景，心中也窩了一肚子火，像啞巴吃黃連一樣，有苦說不出。無奈，只好拿敗將遊擊邵仲光出氣，將他推出斬首。雖然顯示出他執法嚴厲，但這同樣不能使日益低落的明軍士氣得以起死回生。
張獻忠入據興歸山後，與當地山民打成一片。所需糧食與貨物，均透過與山民貿易獲得。他是死是活，藏躲在何處，官軍全然不知。為了弄清他的下落，楊嗣昌曾派都司曹進功、白顯、曹志耀等率領200騎兵入山伺察，他們經百子溪，到鐵義鋪、小峰口，再到朝陽洞，山民始終不告訴他的真實所在。在山民的熱情支援下，張獻忠及其部下再次度過了最為困難的時期。
隨著張獻忠的入蜀，明朝最高軍事集團在對付農民軍作戰計劃上的分歧日益明顯。楊嗣昌得知張獻忠已經入蜀，急忙檄令平賊將軍左良玉扼守陝、鄂邊界，四川巡撫邵捷春嚴守夔門，自己率領大軍緊緊追擊張獻忠。然而，左良玉不贊成這一部署。楊利用手中的權力下達命令給左：說賊軍不可能大舉入川，仍然會在陝西境內奔突活動。將軍若是從漢陽、西鄉一帶進入四川，萬一兵從老路奔平利，再向竹山、房縣，將如何防禦？不然，則走寧昌，入歸州、巫山，與羅汝才會合，我們的大軍尾隨其後，促使他返回湖北，這對我們也是不利的。左良玉則說：四川土地肥沃，賊兵渡過險關，任意流竄，以後就很難制伏。而且賊兵入川，有糧草可恃，返回鄖陽，則無地可掠。因此，他們不會返回湖北。這是很明顯的。兵力合起來就強，分散了就弱。現在已有劉國能、李萬慶屯駐鄖陽，如果再分出3000人馬入川，駐守興安、平利的兵力薄弱，賊兵打來，能抵擋得住嗎？楊9次下令敦促左良玉出兵合擊，左則按兵不動。
楊嗣昌還用分化誘降的手段來瓦解破壞農民軍，到處張貼告示懸賞張獻忠首級，並派農民軍叛徒飛上天前往巫山以北的磨石棋、白水諸山農民軍營地當說客，進行招降。飛上天不敢與羅汝才直接見面，只把前往招降的訊息告訴羅軍管隊黑旋風。羅汝才知道後拿不定主意。從開縣回到巫山與張獻忠會面，張獻忠多方勸阻羅汝才不要被官軍的花言巧語所迷惑，並以過天星惠登相降明後被楊嗣昌解往北京請功被斬的具體事例進行說服，使他消除心存僥倖的幻想，明白如果向官軍投降，那就只能像過天星那樣，死路一條。張獻忠還以果斷地殺掉楊嗣昌派來的“安撫官”姚宗中的實際行動表明自己的決心和態度。在張獻忠的幫助下，徘徊在十字路口上的羅汝才，終於放棄了投降念頭，逮捕了入營說降的飛上天，另一個叛徒黑旋風匆忙逃走，羅決心與張獻忠一道繼續，堅持鬥爭。
七月，盛夏酷暑，為大規模的軍事行動帶來諸多不便，明軍將士入據山谷後病死者相繼。京營總兵張應元、汪雲鳳按照楊嗣昌的部署率先趕到土地嶺後，按兵不動，等待賀人龍前來會師夾擊。賀人龍到達開縣後屯駐下來，以餉乏為辭，屯兵不進。
張獻忠率部到達土地嶺，經過偵察，發現楊嗣昌與左良玉、賀人龍的矛盾尖銳起來，決定利用這些矛盾來為自己的發展開闢道路。早在興歸山中，張獻忠戰敗退走，行將為左良玉軍隊追上時，張獻忠遣黨馬元利攜帶重寶賄賂左良玉，並對左說：你的部下，到處燒殺搶掠，楊閣部對你專權跋扈，早已猜忌。沒有了張獻忠，你的死期也不會太久。話說得雖然有些直，可也全是實話。左良玉為之心動，收下賄賂，網開一面，放他過去。張獻忠來到土地嶺，發現張應元、汪雲鳳的部隊都是剛剛從湖廣招募來的新兵，既沒有經過嚴格的軍事訓練，又缺乏臨陣作戰的實踐經驗，駐紮在土地嶺。這是形勢不利中的有利。他權衡雙方的兵力，揚長避短，決定在土地嶺狙擊來犯之敵。
八月二十五日，一場激烈的戰鬥在土地嶺展開。張獻忠與羅汝才聯合出戰，發現官軍傾巢出動，孤軍深入，後繼無人，也沒有部隊留守，便派出一支部隊繞到後山，從上而下直衝明軍軍營。官軍發現已陷入前後夾攻之中，奮力拼搏。兩軍殺傷相當。明將李長茂遭到白掊棒擊幾乎墜馬墮地，獻忠也身負重傷。戰鬥從早晨一直進行到中午，異常激烈。新兵先亂，到處亂竄，農民軍前後合擊，張應元、李長茂企圖組織頑抗，但為時已晚，無從下手，傍晚，戰鬥結束，官軍5000多人被殲，明將白顯、潘映奎被殺，總兵張應元身受重傷，汪雲鳳掛傷逃跑，終因失血過多而喪命。在這次戰鬥中，農民軍也有損失，首領禿尾狼、小關索英勇犧牲。
明軍逐漸移入川東。楊嗣昌的行營原設在夷陵，不便指揮，隨著他的入川，行營移至夔門，不久又移至萬縣、雲陽、順慶。總之，被張獻忠農民軍牽著鼻子走。
九月，張獻忠集中優勢兵力，迅速攻取觀音巖、三黃嶺，穿過淨壁，進抵大昌城下。由於巡撫邵捷春在此駐守，遂繞過大昌，向開縣、新寧（今四川開江縣）、梁山（今四川梁平縣）行進。月底，在達縣尤溪口擊敗追襲而來的總兵方國安、參將羅於莘部官軍，趁勢進取巴州（今四川巴中），後經廣元，渡嘉陵江。十月十三日，攻克劍州（今四川劍閣）。原本打算北上廣元，出平陽關，進入陝西漢中，由於明總兵趙光遠、賀人龍統重兵把守川陝交界的朝天關，張、羅見入陝有困難，遂改變計劃，透過昭化向川西行進，並在劍州設伏，生擒明將4人。進而南下，進攻梓潼縣。守衛在這裡的是明將張應元所領的楚、蜀兵，張獻忠在森林茂密的七曲山埋伏重兵，等明軍到達七曲山上亭鋪時，一躍而起，殺得明軍七零八落，副將羅永珍、韓光榮、劉貴、譚繹等被擊斃，賀人龍、李國奇部也被打得大敗，叛徒掃地王張一川被活捉，就地正法，隨即進克綿州。
四川巡撫邵捷春獲悉梓潼戰敗，急派川將孫逢聖、衛嘉增等在涪江以北順河佈防，以阻止義軍渡河。農民軍在綿州北沉香鋪和亢香鋪與官軍遭遇，官軍怯戰，望風敗退，涪江水淺，義軍從3里長的北線，蜂擁涉水而過，孫逢聖部近萬人的涪江防線不戰而潰。邵捷春晝夜趕回成都，豈知在他到達之前，義軍已先抵城郊，形成東、西、北三面合圍的態勢。張獻忠恐攻城羈延時日，就在一夜之間全部撤圍，南下簡陽、資陽。楊嗣昌見大勢已去，向崇禎回報，嫁禍於邵捷春防守不力，此時，張獻忠已由水道入據瀘州，復渡南溪，越成都，走漢州、德陽、復至綿河，走劍州、廣元，又走巴州，渡達河而東。
二十五日，張獻忠由劍州向梓潼進發，殺死頑抗的劍州署印官，陝西副將李國奇、賀勇，楚將張應元，四川總兵方國安等聽說後趕至梓潼，張獻忠探知敵人行軍速度為日行百里，因輜重拖累，就在上亭鋪至廟埡約10里路旁埋伏3萬軍馬，方國安的先頭部隊一到，就被吃掉，並乘勝奪取梓潼。方國安看到先頭部隊敗沒，急調劍閣兵馬救援，企圖挽回殘局。張獻忠將計就計，將部隊埋伏在城西南，故意從梓潼城內撤出，方國安興致勃勃地命令部隊入城，伏兵一躍而出，並以猛烈的炮火向城東北發起攻擊，從城南火燒橋至石馬壩之間炮火連天，殺聲震天。明朝費了九牛二虎之力糾集起來的13省聯軍，就這樣消失在梓潼。
義軍在劍州、梓潼的勝利，給了明主將楊嗣昌以沉重打擊。迫使他不得不向朝廷請罪。他在奏疏中說：
“該署鎮方國安遣羅永珍、韓光榮、劉貴等，一潰於劍州之上真鋪；撫臣邵捷春遣寅啟高、孫逢聖、衛嘉增、鄒鳴等，再潰於綿州之亢香鋪。皆行無哨探，止無營壘，夢夢焉如尋常走路，掉臂遨遊，而悠然遇賊，穩步入其伏中，即客將李國奇、賀勇、張應元與署鎮方國安等梓潼一戰，亦不提防賊‘打倒番’，而先勝後敗，得不償失。臣在中途聞之，拊心頓足，仰天嗟吁，何區區二孽，若是其兇且狡，而我兵未能得志也。”
從土地嶺之戰到梓潼之戰，義軍一連串的勝利，宣告了楊嗣昌在三峽地區消滅張獻忠的“圓盤”計劃的徹底破產，張獻忠從明軍手中得馬騾兵器無算，壯大了自己的隊伍，改善了部隊武器裝備，鼓舞了士氣，扭轉了自瑪瑙山軍敗以來的被動局面，突破川鄂交界地帶的32隘口，勢若摧枯拉朽，“所至關隘防兵多遠遁，賊長驅而過”，四川地區由是亂了起來。
楊嗣昌把圍剿的失敗，歸罪於四川巡撫邵捷春等疏於防範和陝西官軍的挾餉噪歸。對於張獻忠向四川挺進，邵捷春是十分關注的。他曾派總兵方國安擔任扼守32溢口防務。原打算堅守大昌的上、中、下馬渡，遊擊邵仲光認為這一帶地勢平闊，河水淺沽，不易固守，便派百總張問禮以100人守觀音巖，令守將周良登領兵300人守三黃嶺、磨子嶺；令守備郭先登、千總冉魁領兵300人守夜叉巖；令衝鋒嚴廷俊領兵100人守下湧；令把總聞正道領兵100人守李家灣。他的這一部署與楊嗣昌撤銷四川、湖廣兩省交界隘口的命令相牴牾。楊嗣昌也十分清楚，若四川方面防守嚴密，張獻忠很有可能調過頭來繼續在湖北與自己決鬥，所以，他決心抽調蜀兵入據湖北。由於楊嗣昌大權在握，邵捷春無法改變他的既定主張，結果防守四川的軍隊相繼被調出，邵捷春麾下名義上說有2萬人，實際上多是殘弱在守重慶。邵捷春憤憤地說：《令甲》上說丟失一城，巡撫坐罪。現在拱手將四川給賊軍，這是督師要殺我啊！因此，兩人矛盾越積越深。這時，眼看張獻忠的部隊到達成都，心中十分焦急。他急忙返回成都，成都已被農民軍包圍。楊嗣昌已將四川失守的情形上奏朝廷，崇禎帝作出批覆，將邵捷春逮捕下獄論死，任命監軍道廖大亨接替四川巡撫。陝西總督鄭崇儉也因此被罷官，任命丁啟睿取代繼任。
十一月，張獻忠部義軍克中江，破什邡，軍至漢州（今四川廣漢縣），又經綿竹、金堂、簡州（今四川簡陽）、資陽到達安嶽、樂至一帶。楊嗣昌和監軍大理寺評事萬元吉見官軍步調不一，處處被動，便提拔總兵猛如虎為總統，張應元為副總統，負責組織追剿。由於四川軍政官員腐敗到極點，積重難返，根本沒有組織協調能力，再加上張獻忠、羅汝才採取機動靈活的戰術，快速行進，聲東擊西，使追剿的官軍疲於奔命。在當時的官軍士兵中傳佈著“閒殺我左鎮，跑殺我猛鎮”的流言，對猛如虎驅迫他們跟在起義軍後面窮追不捨的做法深為不滿。
督師楊嗣昌還極力挑撥張獻忠與羅汝才的關係，公開發佈告示，宣佈羅汝才之罪，可以赦免，只要投降，即可授官。而張獻忠則罪不可赦，有能擒斬者，賞銀萬兩，爵侯。他還興致勃勃地填詞一首：不作安安餓殍，效尤奮臂螳螂，往來楚蜀肆猖狂，弄兵潢池無狀。雲屯雨聚師集，蛇豕奔突奚藏，許爾軍民綁來降，爵賞酬功上上。
張獻忠也積極行動起來。就在楊嗣昌釋出通緝令的第二天，在重慶城內大街小巷甚至連他的公堂、廚房、浴室、廁所都貼上了張獻忠釋出的“有斬督師獻者，賞白金三錢”的通告。一位明朝堂堂的軍事統帥，在張獻忠眼裡，只不過價值三錢銀子的小人。這對趾高氣揚的楊嗣昌是一個強有力的回擊，也是對整個明軍辛辣的嘲弄。他盛怒之下，連續三次下令敦促賀人龍進兵，沒想到，賀人龍卻按兵不動，後來乾脆“兵噪而西歸”。
十二月，張獻忠率部攻克隆昌，到達瀘州。瀘州位於長江與沱江匯合處，三面環水，只有立石站一條通路；加上城內設防嚴密，安裝有神機毒火，草龍地網，可謂銅牆鐵壁。守將明監軍萬元吉判斷張獻忠攻打瀘州一定要途經立石站，遂在附近的玉蟾寺設下伏兵，等候張獻忠來投羅網。然而，機會卻總是留給有心人。總兵猛如虎到達立石站，還未佈置就緒，就被張獻忠的偵察兵發覺。張獻忠根據這一資訊，馬上改變軍事行動計劃。命令部隊火速移營渡過長江。明軍隔水而望，不能進擊。到了夜間，張獻忠在不少空船和木筏上點上燈火，順水東下，製造乘船東去的假象，誘使城內守敵連忙星夜向東追擊。就在這時，張獻忠率領主力西走，甩掉了身後追擊的明軍。明軍發覺後，掉頭向西追擊。哪知張獻忠經過成都而不攻，以最快速度急行軍，經漢州、德陽、綿州、鹽亭、南部、儀隴，折而東返。初七日，攻克南溪縣；十一日又克榮縣，進圍井研；十四日克仁壽縣，殺知縣劉三策；十六日清晨，起義軍到達成都東門外，見官軍守禦嚴密，即繞城北上，再次攻克德陽。此後又繼續北上，於昭化縣境渡過嘉陵江，二十九日夜間以騎兵詐稱楊閣部差兵賺開巴州。這樣，張獻忠、羅汝才起義軍自九月入川之後，在四個月裡拖著官軍在四川腹地來了個千里大遊行。起義軍戰士們快速流動作戰，連獲戰捷，心情激盪，在營中飲酒鼓掌歌唱：“前有邵巡撫（指邵捷春），常來團傳（轉）舞，後有廖參軍（指廖大亨），不戰隨我行，好個楊閣部（指楊嗣昌），離我三天路。”傾訴了起義農民對官軍的鄙視和對未來勝利充滿的信心。
這時，瀘州知州蘇瓊招募的守城兵丁剛被調走，兵力相對減弱。新任瀘州兵備道的是松潘兵備使黃諫卿，正在赴任途中。農民軍巧作安排，設下埋伏，利用黃到任開啟城門迎接之機，一舉衝進城內，弄得蘇瓊不知所措，當即被擒拿處斬。
時間不到半年，張獻忠農民軍在四川縱橫馳騁五六千里，足跡遍及全川，而且方向不定，倏東倏西，弄得明軍昏頭轉向，27個日日夜夜不停息的尾隨窮追，令他們筋疲力盡。