清朝末期，隨著西方列強的船堅炮利，爆發的鴉片戰爭不僅轟開了清政府閉關鎖國的大門，在以後的半個世紀，西醫也隨著傳入中國。西方的科學技術、政治制度、思想文化不斷湧入中國。辛亥革命推翻了清政府後，代表著西方民主與科學的西醫逐步站在了中醫的對立面，由此展開了長達一百多年的中西醫之爭。

1928年東北易幟後，國民政府從形式上統一中國，全國性的醫療體制確定在即，關於中西醫優劣的辯論也達到了最高潮。1929年2月23日，南京國民政府衛生部第一次召開全國衛生會議，此次會議的主要議題是討論與廢止中醫有關的提案，包括《廢止舊醫以掃除醫事衛生之障礙案》、《統一醫士登入辦法》、《制定中醫登記年限》、《擬請規定限制中醫生及中藥材之辦法案》等四個提案。經會議討論，四個提案悉數透過，但各提案的內容存在重複，最終被合併為《規定舊醫登記案原則》。

會議上，中華民國醫藥學會上海分會會長餘巖認為中醫必須廢止，出於四個原因：

一、作為中醫理論基礎的“陰陽五行六氣藏府經脈”學說是杜撰的。

二、中醫源自緯候之學，荒誕無稽。

三、中醫缺乏診斷方法，不能調查死因，進行疾病分類，無法防疫，更不能“強種優生”。

四、中醫理論和政府普及現代衛生科學的目的相牴觸，阻礙社會科學化。

餘巖為國民政府“廢止中醫”設計了自認為“漸進有效”的手段：中醫必須前往衛生部門登記，申請職業執照才能執業，登記制度到一定年限即告終止，不再接受新的申請，禁止中醫教育等。這個提案的陰險在於，等登記在冊的中醫人員生老病死後，中國將不再有中醫從業人員，中醫也就自然消亡。

“廢止中醫案”的透過，引發各地中醫人士組織請願團進行抗議抵制，並牽扯出各股政治勢力之間的角力，最終維持現狀，“廢止中醫案”並未真正實施。

由於所處近代歷史變革，中西醫之爭已不單純是科學技藝之爭，被賦予了政治、文化與意識形態交碰鬥爭的歷史背景意義。中醫從此喪失了獨立自主權，所受影響至今。1929年的“廢止中醫案”，主導力量主要是在國外學習過西醫進而主持國內醫政的留學生群體。中國近現代史上，留學生是要求變革的重要力量，而留日學生的態度和手段最為激烈，因為很大程度上被日本明治維新後由落後封建國家迅速發展為先進資本主義國家的氣象所刺激，這種激烈態度不僅僅表現在中醫問題上。

6世紀時中醫傳入日本，被稱作“漢方”，佔據了日本醫療主流一千多年，到19世紀中期時與西醫體系發生嚴重衝突。明治維新後，日本政府將“廢止漢方”作為全盤西化的一顆重要棋子，除了大力舉辦西醫學校和醫院，派學生出國學習之外，還立法規定醫生執業考試以西醫體系為標準，由於官方的漢方學校被廢止，釜底抽薪的政策只需等少數被特許執業的漢方醫生老死就收全功。由此，1929年透過的《規定舊醫登記案》，其宗旨與明治維新時期的日本政策幾乎一致。

1929年的全國衛生會議上，共有衛生委員17人與會，其中13人曾出國留學：7人留學美國，包括當時的衛生部副部長在內，全部出自哈佛、耶魯和約翰·霍普金斯大學三校，另有3人畢業於日本，2人畢業於法國的，1人畢業於英國。此外，曾任民國政府教育總長的汪大燮是1907年回國的留日學生，任內製定學制，仿效日本《壬子癸丑學制》，將中醫排除在醫學教育體系之外；一向身居高位又反對中醫的汪精衛，是1903年赴日的留學生。學習西醫出身的留學生回國後主持醫政，對國內醫療體制、醫學教育和資源分配的設計，無不以西方國家的醫政為榜樣，以西方現代醫學精神為導向，這對中醫在中國的命運，產生了深遠影響。

中醫的危機加重，不僅因為西醫專業人員掌握醫政，也在近代以來，中醫漸漸失去了不少知識精英的信任。

地質學家丁文江，是激烈反對中醫的一個極端個案。他表示“終身不曾請教過中醫”，有人問他，“假如你到窮鄉僻壤考探地質，忽然病了，當地無一西醫，更無西藥，你會讓中醫診治你嗎？”，他斷然答到“不！科學家不得毀其信仰的節操，寧死不吃中藥不看中醫”。反對中醫不是以科學的邏輯進行批判，而是成了一種人生態度。丁文江自撰一聯說：“爬山、吃肉、罵中醫，年老心不老；寫字、喝酒、說官話，知難行亦難。”與丁文江類似的表白，清末民初以來實在多見。在日本學醫出身的郭沫若、魯迅是如此，傅斯年的說法與丁文江更是如出一轍：“我是寧死不請教中醫的，因為我覺得若不如此便對不住我所受的教育”。傅斯年是“五四”運動的風雲人物，這種表態實可見一時之潮流。

有些人並不特別反對中醫，但支援西醫的態度卻更加堅決。1926年，梁啟超因尿血難愈去協和醫院治療。X光透視的結果顯示，他右腎中有一個黑點，醫生診斷為腫瘤，決定手術摘除腎臟。手術後對病腎做病理分析，發現黑點雖在，但並不是癌症，而梁啟超的尿血癥狀也沒有被手術治癒。輿論一時震動，社會風傳，協和醫院誤將梁啟超的一隻好腎切掉了。當輿論紛紛對西醫質疑時，梁啟超本人出面，撰寫了題為“我的病與協和醫院”的文章，反而為協和醫院和西醫的治療原則做了辯護。梁啟超這些能影響社會輿論的文化名流大多生於19世紀，他們的青年時代成長於中醫的環境，僅就其個人經驗而言，也並不絕對排斥吃中藥，然而，他們贊同支援西醫並非僅僅據其療效，而是因為西醫代表的是西方現代科學原則的產物，從這個角度來說，贊同西醫就是推動中國現代化和科學化。

中醫被批評攻擊中醫的人士稱作“舊醫”，而以“新醫”標榜西醫，寓示西醫之優於中醫，猶如自然界的新陳代謝、新的社會制度取代舊的政治格局，是不可動搖的客觀規律。20世紀前期尤其是1929年的中西醫爭論，是西醫進入中國以來中西醫爭論的總爆發，現在廢止中醫的言論仍然不絕於耳。

（後續：如今，中醫在中國繼續沒落，日韓歐美卻在瘋狂搶奪中藥專利）