探索生信之美，解構每一段程式碼的故事

大家好呀，我是風間琉璃。上一週我們介紹瞭如何使用OmicCircos包繪製屬於自己的多組學Circos圖形，透過sim。circos命令構建資料、segAnglePo命令進行座標軸轉換、Circos命令一層一層繪製圈圖，最後得到屬於自己的Circos圖形（還沒看的小夥伴可以檢視“

不容錯過！CNS級別的多組學Circos圖是怎麼做的？簡單又實用，這個美圖技能你必須get！

”）。這一期我將跟大家介紹如何將OmicCircos包應用在在人/鼠基因組上從而繪製circos圖形，最後透過案例文獻進行講解，展示Circos包的應用場景。那我們直接開始吧~

一、以小鼠mm10版本基因組為例

首先我們以小鼠的mm10版本基因組為例，透過構建特定的節段資料（arc。d）、基因融合資料（fus。d）以及複製數資料（CNV。d）資料，從而繪製Circos圖形

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載入包

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構建資料

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開始繪製

二、以人類hg18基因為例

接下來我們再試一下人類的hg18基因組進行繪製circos。

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載入資料

2

繪製新增基因註釋的circos圖

更換一下方式，我們從內部繪製基因註釋標籤。

接下來再換一種方式，繪製基因組節段的熱圖。

接下來我們再來看看文章中對omicCircos圖的應用吧。2020年發表在《BMC Medicine》雜誌上的文章“In utero and childhood exposure to tobacco smoke and multi-layer molecular signatures in children”，文章探究了懷孕期間母體吸菸、兒童時期的二手菸與1203名兒童的分子特徵的關係。包括對DNA甲基化、基因、miRNA轉錄層面、血漿蛋白水平以及血清和尿液代謝層面。2020年BMC Medicine》影響因子為6。782分。

我們可以進一步看文章中Figure 2。

和我們之前繪製的圖形大同小異對吧。一共分為四層，最外面一層是與母體吸菸明顯相關的甲基化位點所對應的基因註釋標籤，第二層則是根據甲基化位點的對數化P value繪製的點圖，第三層展示對應甲基化位點與母體吸菸的相關性的條圖（綠色是正相關，紅色是負相關）。最內層則是甲基化位點與基因的關係（紅色是負相關，綠色是正相關）。所以擴充套件一下思路，我們如何能夠將OmicCircos資料應用到自己的資料上呢？透過一系列“挑”的方法，我們拿到我們想要的的甲基化資料、轉錄組資料、CNV資料，對資料賦值對應的基因組資訊，是不是就可以透過OmicCircos包繪製Circos圖了對吧。

好啦，關於OmicCircos繪圖就介紹到這裡啦，我是風間琉璃，咱們下期見~

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撰文丨風間琉璃

排版丨四金兄

值班 | 弘   毅

主編丨小雪球

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