宋仁宗年間，廬州有一聰明機智，卻生就一副黑黝面容的青年，此人便是包拯，他屢破奇案，為人伸冤，贏得眾口稱讚，包拯有一同窗同學，乃府尹之子公孫策，公孫策智慧過人，自視甚高，與拯堪稱一時瑜亮，然每次查案，皆敗在包拯手下，令策又妒又恨。拯母親沈氏，為一名大夫，開設了青天藥廬，懸壺濟世，閒時替官府做驗屍工作，包拯之一切醫理知識，皆傳自沈氏，這對日後的查案工作有莫大幫助。全劇共由七個故事組成，一件件驚心險迫、跌宕起伏的曲折事件淋漓盡致地展現在觀眾眼前，一位公正的推理家展現在後人眼中 。
名揚天下
宋朝，大宋西北有遼人虎視眈眈，東北與高麗衝突頻頻。在八賢王出面調停下，終與高麗簽得盟約，更得高麗國王應允，將甥女嫁與仁宗，令二國永結秦晉。高麗護嫁使團來到中土，在廬州稍作休息，然就在此時，隨團出使的高麗太子、七皇子卻相繼被殺，這事牽起了兩國衝突，大戰一觸即發。八賢王受命到廬州緝兇，卻為龐太師諸多為難，最後，終憑包拯的機智，將真兇追查出來。原來兇手是遼國潛伏在宋境的間諜，欲藉此挑起宋及高麗之爭，乘機入侵大宋，幸得包拯將戰事消弭於無形，更因此案而名揚天下。
血祭壇
為應付即將而來的秋試，天鴻書院中各學生皆埋頭苦讀。然就在此時，命案一件一件的發生，包拯的同窗好友，有知遇之恩的院士，亦師亦友的老師，皆一一被殺，更有甚者，書院附近挖掘出了一個消失了的古民族之祭壇，書院內各人之死相，便如祭壇內所刻的咒詛般。書院中登時人心惶惶，眾人皆深恐自己是受了咒詛，將是下一個犧牲之人！包拯從不相信鬼神咒詛之說，誓要破除迷信，給同窗好友找出真兇，令其沉冤得雪。在包拯的追查下，發覺那消失了的民族，原來是給人一把火滅掉的。當日手染鮮血之人，竟就是今天被害之士，而真兇，竟是書院裡的一名死者。
隱逸村之秘
包拯別過母親，在紅顏知己楚楚及忘年之交、十一歲之小展昭陪伴下，上京複試。眾人途經遠在深山的楚楚的老家隱逸村，稍作停留。包拯發現隱逸村內各人皆神秘兮兮的，且在六家人的密室裡，皆有一具缺了身體一部分的乾屍。就在此時，六家人的莊主一個一個的相繼被殺，其中更包括楚楚的父親。包拯全力追查下，發覺這跟各人家人那具乾屍有密切的關係，原來在廿多年前，六家莊主將另一名親如手足的兄弟一家殺掉，並將那家人的乾屍藏起，以示各人皆有罪在身，互相牽制。包拯終查得真兇，原來是那第七名兄弟之後人，潛伏在村中，等候復仇。案件了結，包拯、楚楚及展昭繼續上路赴京，卻不知，原來這六名莊主之所以要隱居避世，背後竟隱藏著一大陰謀，那陰謀直接影響到當今皇帝的帝統。
殿前揚威
包拯來到汴京，準備赴試，但有名望的考生，卻一個一個的被殺。包拯開始誤認為兇手為同屆考生賽中原，但隨之透過店小二週八斤之死和賽中原的枕頭得知兇手另有其人。公孫策破了湖邊碑文之謎，遭人下毒。包拯用計捉拿真兇。真兇竟然是太師女婿崔明衝！原來一切動機都源於碑文的秘密……
五鼠鬧相國
包拯因專注破案，令秋試缺考一科，而根據成績，包拯亦算進士及第，仁宗雖欲點包拯為龍圖閣大學士，包拯卻不肯接受。包拯一行人到展昭長大的相國寺參加主持改選大典，卻遭遇展昭四師兄戒空、師父衍悔大師、吐蕃高僧達摩智圓寂以及朝廷命官航天豹被殺。衍悔大師乃展昭之授業恩師，小展昭悲憤莫名，誓要給衍悔報仇。而最大的疑兇，正是常到相國寺偷東西吃的一班童堂，自稱為五鼠之五名少年人。五鼠皆為孤兒，五人雖以偷騙度日，然卻兄弟情深，五相扶持。包拯同情之，更覺眾人不似是殺人犯，遂加以調查，發現原來真兇竟是展昭三師兄戒賢。戒賢為保相國寺和衍悔大師名聲，遂動了殺機。五鼠沉冤雖得雪，卻跟展昭“結下樑子”，引致了廿年後的五鼠鬧東京、三戲御貓展昭的故事，但這已是後話。相國寺想讓包拯成為相國寺新主持，包拯逃脫。
魔法幻影
包拯為躲抓他回相國寺當主持的展昭，於是與公孫策分道回瀘州。公孫策等三人途中結識了一知名戲班，結伴同行。然就在來燕鎮落腳之時，戲班中各人卻一個一個的慘死，戲班中人只感人人自危。公孫策徹查之下，根據“冰冰涼涼血，梳梳密密風，誰共涉流水，依仗石橋東”發現了三年前的秘密。原來三年前護衛貢品金龍的大將軍一家人被此戲班趁其不備下蒙汗藥殺死，只剩下將軍一名手下老戚及將軍的女兒“丫頭”隱姓埋名於祠堂裡伺機報仇。最後戲班人被繩之以法，老戚中毒而死。法外容情，將軍的女兒“丫頭”從輕發落。
翻龍劫
一日，包拯忽接到訊息，八賢王被扣陵宮，六日後便要處斬。拯登時大驚，遂夥同楚楚、公孫策、小展昭和包大娘，即時上京，要見皇上了解一切。卻原來八賢王是被人陷害，殺害宮女秀珠的另有其人。終於憑著包拯的過人智慧，及各人之群策群力，終查出事件端倪：原來廿多年前，劉妃及李妃同時懷孕，皇帝於是下詔，誰先誕下男孩，便立為太子。終於李妃兒子先瓜熟蒂落，龐妃為保權位，命郭槐以狸貓換走初生太子，並命慈禧宮七大侍衛拿到郊野外殺之。那七大侍衛，竟正是隱逸村裡，避世居的楚楚之父及其結義兄弟。當日，七大侍衛只感皇上有恩於他們，不忍下手，遂將嬰兒棄諸河流，聽候天意，再離宮避世隱居！之後，李妃被打入冷宮，而劉妃之子亦順利成了太子，更登基為帝，正是仁宗。包拯得悉真相，登時呆了，因這不單牽連重大，更有甚者，當日李妃之子是生是死，無人得知，若仍在生，那麼，仁宗之帝統便成了疑問 。
