明太祖朱元璋在建立和鞏固明王朝的過程中，為了保證朱姓王朝一統天下的長治久安，也為了抵禦元朝殘餘勢力對明王朝的威脅，於是採取了分封諸王的政策，把他的23個兒子和一個重孫分封到全國各個地區，讓他們保衛國家，護衛王室。
朱元璋共分封了九個王，有寧王、燕王、遼王、齊王，代王、晉王、慶王、秦王、肅王，這九個王中，其中燕王朱棣，因多次率軍打敗過元朝殘餘勢力的軍隊，又善於作戰， 威望最高！
在朱元璋死後剛剛一年，皇族內部就爆發了一場爭奪皇位的戰爭。朱元璋一生共生了26個兒子，長子朱標立為太子，燕王朱棣是他的第四子。太子朱標不幸在公元1392年還沒繼位就病死了，朱元璋乃立朱標之子朱允炆為皇太孫，朱允炆性情聰敏，喜好讀書，但做事優柔寡斷，很像他的父親。而燕王朱棣則聰明過人， 頗有雄才大略， 青年時代跟隨魏國公徐達馳騁沙場 還 結識收歸了許多武將，率領的軍隊威望也很高，這一點很像他的父親朱元璋。
公元1398年五月， 在朱元璋的二皇子和三皇子紛紛去世之後，71歲的朱元璋終於壽終正寢， 已故太子朱標的兒子朱允紋繼位為帝， 稱為建文帝，時年23歲。此時朝廷正是新主年少， 很不穩定。 建文帝朱允炆為防止出現變故，用遺詔禁止諸王奔喪京師，惹得 各位 番王都不高興，流言蜚語到處流傳，連朝廷都知道了。
有一日建文帝宣黃子澄等翰林苑大學士進宮，並暗示他們諸王的勢力過大，這對朝廷是一種危險。於是黃了子澄和兵部尚書齊泰一起提出了削藩的建議。但在先削哪個藩王的問題上，二人又發生了分歧。齊泰欲先削燕王，子澄不同意，認為周、齊、湘、代、眠諸王在朱元璋活著時候就多行不法，削之有名，建議先削周王，以翦燕王手足。
商議好之後，從
同年7月開始，不到一年之內，連削周、齊、代、岷四王，和朱棣關係非常好的十二皇子湘王朱柏全家自焚而死。燕王朱棣見此情景，就在家裝病，實則在秘密地訓練士卒，等待著建文帝舉兵的時機。
公元1399年7月，燕王朱棣終於在北平舉起了“奉天靖難”的大旗，明朝統治集團內部爆發了一場骨肉相殘的流血爭鬥。
其實在朱元璋的23個兒子中，第四子朱棣最有雄才大略，雖然他不是馬皇后所生，但他也最被朱元璋所喜愛。
朱標還在位太子時，朱元璋曾有意易儲，但朝中反對者提出：如果立燕王，那麼，序次在他之前的秦王和晉王當置於何地呢？朱元璋打消了易儲的念頭。但他存此一念，對朱棣來說，無疑也是一個重要的啟示。
朱棣還從另一個方面得到某種暗示。朱元璋崇尚佛教，親王到藩國，多選擇名僧相隨。隨朱棣到北平（今北京）的僧人姚廣孝，僧名道衍，曾私下對朱棣說，如得相侍，可奉獻一頂白帽與他戴。王字上加白字為“皇”，姚廣孝的意思是很明白的。他還向燕王推薦一個叫袁琪的術士。袁琪見朱棣年方四十，須長過臍，稱他是“異日太平王子”。這一番明吹暗捧，無疑會激發起朱棣的勃勃雄心。再加上眼見自己的弟弟們紛紛被滅門抄家，而且建文帝已經劍指北平燕王府，他是必須要去所謂清軍側的！
當時朱高煦、朱高燧被派去南京，參加太祖週年祭。這時有人上表把兩子留下來，作為人質！黃子澄反對，朱允炆採納黃子澄的意見，把朱高熾兄弟發回北平。
建文帝元年六月，朱允炆命張昺，謝貴率十萬大軍以捉拿道衍大師為由，直逼北平燕王府。當時燕山衛千戶朱能提出，當務之急在擒殺張昺、謝貴：主將死，他的軍隊就會亂。朱棣很欣賞他的意見，先在殿中設下伏兵，後稱自已病癒，打算與張，謝二人面談。待二人進入時，拿下張昺、謝貴。他們一進王府，就被殺掉。除去此二人，城中官軍果然大亂。
當時朱棣手下有兩員可任大帥的武臣。一個是上邊提到的朱能，他曾從燕王北征，多次立有戰功。另一個是指揮僉事張玉。他曾任元朝的樞密知院，歸降朱元璋後，從戰有功，後來調至燕山左護衛，成為朱棣的親信。殺了張昺、謝貴，朱棣命令張玉、朱能連夜出兵，攻奪九門。黎明時分，已得其八，只有西直門一時難以攻下。朱棣派人到兩軍對峙處，宣佈說，朝廷已經同意燕王自治一方。守門官軍聞言而散。接著，朱棣整頓城內秩序，只用3天時間，北平城完全在他的控制之中，成為他穩定的大本營。
七月初五，朱棣正式誓師起兵。他援引朱元璋“朝無正臣，內有奸逆，必舉兵誅討，以清君臣之惡”的訓示，以周公自居，宣佈齊泰、黃子澄為奸臣，起兵是為了誅殺齊、黃。但同時，他去掉了建文年號，改用洪武年號，擺出爭奪天下的姿態。因此朱棣稱自己的軍隊為“靖難”之師，史書把叔侄爭奪天下的這場戰爭稱為“靖難之役”。
靖難之役從建文元年七月開始於北平，到建文四年六月結束於金陵，歷時近3年，雙方大戰達16次之多最後以建文帝被推翻，朱棣即位而告結束。
與朱允炆相比，朱棣態度要認真得多。每次軍事行動，他都親自策劃，親自領兵作戰，而且善於用將，使之各盡所能。靖難兵起以後，燕王朱棣以迅雷不及掩耳之勢，在不到一個月的時間內，攻下了北平北面的居廟關，懷來、密雲和東面的萄州、遵化、水平等地，掃清了北平的外圍，解除了後顧之憂。
有一段小插曲：攻取懷來時，都督宋忠對守城將士說，他們在北平的家人都被燕兵殺害，屍骨積滿道路，想以此激勵他們死守城池。他沒有料到，攻城的先鋒隊伍正是懷來將士的家人。這是朱棣的巧妙安排，戰場上父子兄弟相呼，官軍哪裡還有心思廝殺，懷來很快被燕兵攻陷。由此可以看出，朱棣確實很有謀略。
此時的朝廷，經過朱元璋的大肆殺戮，倖存下來的能征慣戰的功臣武將已寥若晨星，而朱允炆又銳意文治，以為北方戰事不足憂慮燕王朱棣率軍渡淮河，陷揚州，克盱眙的訊息傳來，京城驚恐不安。一些封疆大吏多以自保為目的，屯兵守城，京城防衛非常空虛。建文帝一面令使者四處奔走，懇請救兵；一面召大臣商議決策。方孝需說：“事情到了現在已經很危險了，只有割地議和權作緩兵之計。拖延幾天，待招募的各路兵馬趕到時，再和燕王決一勝負。”
建文帝聽了方孝孺的話，流著淚問道：“誰可出使議和？”方孝孺答道：“派慶城郡主去最合適。”遂以太后之命，派慶城郡主前往燕營。慶城郡主是朱棣的堂姐。姐弟相見，抱頭痛哭一場。燕王問周王、齊王近況如何？”郡主答：“周王已被召還京城，恢復爵位，齊王仍在獄中押著。”燕王聽後痛心不已。慶城郡主乘機緩緩說出朝廷要割地議和之事。朱棣說：“皇上分給我的土地尚且保不住，怎麼敢企盼著割地呢？我興兵無非是要捉拿奸臣，進謁孝陵，面見天子，請求恢復先帝的意志，赦免諸位王兄王弟的不白之罪，使奸臣不得蒙敝天子。目的達到，我馬上就解甲歸田，永做皇上的臣民。倘若以割地議和來與我假談，待救兵來時再戰，那是妄想。”方孝稀的緩兵之計被識破。
見此情此景，郡主不便多言，只好起身告辭。燕王送郡主到營外又說、“代我答謝皇上，我與皇上血肉至親，只能相親相愛，別無他意。懇請皇上悔悟，不要聽信奸臣計謀。再為我告訴諸位兄弟姐妹，我仰仗神仙保佑，大難不死，興兵至此，我們姐弟相見的日子不遠了。”
郡主迴歸京城，如實稟報，建文帝從此更加憂心忡忡了。考慮到北兵素來強計，不早做防備，恐怕河北就要掉了。”建文帝這才派年已65歲的長興侯耿炳文佩大將軍率師北伐。
耿炳文奉建文帝之命率左右將軍車堅、寧忠等三十萬大軍出師討伐燕王軍隊。耿炳文屯兵真定城。朱棣派張玉前去探聽虛實。張玉偵察回來報告：“耿炳文乃宿將之事才且年老，潘忠、楊松有勇無謀，觀其軍隊行軍安營，紀律渙散，是必敗之兵。應先打敗潘忠、楊松，才可打通其扼住我們的南路。”朱聽罷心中大喜，隨即移軍涿州。燕軍乘夜色渡過白溝河，直通雄縣城下。
時值中秋佳節，秋高氣爽，守將楊松毫無戒備，宰牛飲酒，醉飽酣睡。
耿炳文率帥號稱30萬，實際到達前線滹沱河地區的只有13萬，在八月中秋前後，被朱棣打得大敗。建文帝趕緊召回了耿炳文，經黃子澄推薦改派曹國公李景隆為大將軍，率帥伐燕。
李景隆是開國功臣李文忠的長子，19歲承襲曹國公，相貌出眾。但沒有帶兵打過仗。是趙括一類的紙上談兵之類。九月，李景隆到達德州，收集耿炳文殘部，調集大軍50萬，進駐河間。李景隆和建文帝是表兄弟，和朱棣是表叔侄。
但他只是個貴族子弟，毫無作戰經驗，而且妄自尊大。燕王一聽說任命李景隆為帥便勝敗可知了。朱棣和諸將定計，由他率大軍援永平，留世子高熾和姚廣孝守北平，引誘李景隆，圍攻北平，然後回師夾擊。李景隆果然中計，朱棣率大軍走了，他就率領南軍進政北平，由於城中守禦甚嚴，幾次進攻均未能得手。等到朱棣解了永平之圍，合併了大寧三衛精兵，回師北平，內外夾攻，李景隆遂大敗，退還德州，檢點士卒，傷亡了十餘萬人。李景隆北平敗報，被黃子澄給匿下了，黃子澄又派人秘密告訴李景隆隱瞞戰敗的訊息不要上報皇帝。建文帝則加授李景隆太子太師，兼賜璽玉、金幣、珍寶、貂裘。
公元1400年四月，李景隆在德州誓師，率兵60萬北上白溝河，朱棣亦率軍迎敵，雙方展開了白溝河大戰。後又幾次大戰，雙方各有勝利，總體上北軍猛於南軍。南軍不斷敗退！
大將軍李景隆敗退到濟南時，還有十多萬部隊，但都已成了驚弓之鳥，李景隆本人更是舉足失措，沒有能把部隊組織起來。五月十六日，燕軍跟蹤追擊到濟南，李景隆倉促出戰，佈陣尚未完成，被燕王率精騎一個衝鋒，又大敗，景隆見事不妙，騎著一匹馬逃跑了，燕軍於是開始圍攻濟南。
濟南城乃是南北道路之樞紐，如燕軍攻下濟南，就可以斬斷南北通道，即使不攻金陵，也可以劃疆自守，控制江淮，所以燕王乘大破李景隆之銳鋒，督兵圍攻，意在攻克。南軍方面守城者只有督指揮盛庸所部，勢力單薄，後來山東參政鐵鉉在督運糧草途中聽到景隆兵敗的訊息，和參軍高巍合兵同赴濟南，與盛庸一起死守，因此燕軍圍城久攻不克。
六月，建文帝採納黃子澄的建議，派使臣到燕營，赦其罪以緩其死，燕王聽後，圍攻更急。燕王圍城既久，就派人往城中射書，鐵鉉派千餘人出城詐降，請燕王退軍並約燕王單騎入城受降，準備在燕王入城後捉拿。等到燕王剛一入門，門中人呼叫著“千歲”，立刻放下鐵板。但是遺憾得很，守門者太緊張，鐵板放早了，只傷了燕王騎的馬頭，卻把燕王留在了門外。
燕王大驚失色，趕緊換馬而逃。守城者見狀趕緊扯吊橋，可是品橋太堅固，還未扯起，燕王就縱馬飛過吊板，脫離了險地。燕王經過這次，極為惱怒，立刻命令重新圍政濟南並用大炮攻城，城牆都快塌了。圍攻了三個月都沒有攻下，無計可施。燕王不甘心撒退。八月十六日夜，盛庸、鐵鉉又乘夜出兵襲擊燕軍，燕軍疏於防備，又被打敗，朱棣不得已，才解圍北撤。盛庸、鐵鉉率軍追擊，乘勝又收復了德州，南軍兵勢重又振作起來。
濟南捷報傳到南京，朱允炆非常高興，九月十日升鐵鉉為山東布政使、參贊軍務，接著又升任兵部尚書。封盛庸為歷城侯、平燕將軍，代替李景隆，都督陳暉、平安為副。接著下詔由大將軍盛庸統率平燕諸軍北伐，於是盛庸軍進駐德州，平安、吳傑進駐定州，都督徐凱進駐滄州，形成掎角之勢以圍困北平。此後雙方又有幾次大戰，南軍有東昌之勝，亦有滹沱河之敗，燕軍驍將張玉就戰死於東昌城下。
從公元1402年（建文四年）正月開始，燕王驅兵南下，直搗南京。第二年六月，兵臨南京金川門。谷王朱穗和李景隆開城迎降。當天宮中大火，皇帝朱允炆的下落，有說他在大火中燒死；有說他從事先準備好的地道出逃，跑到西南當了和尚，最後微迎官內，病老而死。朱棣還按照天子的禮儀把他埋葬。
得勝之後的朱棣以藩王的身份繼承了皇帝之位，這就是永樂大帝。