在劉裕帶領大軍北上攻擊南燕的時候，盧循覺得自己的機會來了。盧循隊伍裡有個叫徐道覆的人，這個人很有野心，他對盧循說∶“我們之所以大老遠跑來嶺南（廣東一帶在古代被稱為嶺南），不就是因為我們打不過劉裕嗎？”
“但是現在劉裕帶兵被擋在廣固城下，不知道什麼時候能回建康，我們的人都想打回老家去，我們如果趁建康守護力量薄弱的時候去攻打，一定能輕易打下。”
徐道覆先是描繪了一番行動的美好前景，怕盧循不為所動，他又估計了一下不行動的嚴重後果。
“如果我們現在不行動，等劉裕打下南燕，軍隊休整完畢，一兩年之內一定會來收拾我們，到時劉裕親自率領精銳之師過來，我們恐怕難以抵擋，所以我們必須立即行動，打下建康，之後就算劉裕回來，也難有什麼作為。”
徐道覆分析得頭頭是道，盧循深以為然，於是發動部隊向北攻擊，一路攻城略地，很快打到了豫章（今天的江西一帶），離東晉的都城建康（今天的南京）越來越近。
其實，劉裕在北上之前考慮過建康的安全問題，為此他特意留下了他的好戰友—何無忌。
何無忌負責鎮守後方，聽說盧循和徐道覆來犯，何無忌二話沒說，立即帶兵前往豫章，展開大戰。
何無忌是北府軍的大將，在討伐桓玄時立下了赫赫戰功。在他看來，徐道覆只是個名不見經傳的流寇，所以何無忌沒有把他放在眼裡，有些輕敵，準備不足，結果被徐道覆的部隊擊敗，何無忌本人也戰死沙場。
何無忌的死訊傳來，朝廷上下大驚失色，隨著敵人的步步逼近，甚至有人提出放棄建康，向北移動，去投靠劉裕，建康城裡人心惶惶。
當時劉裕已經消滅南燕，在回去的路上，聽說何無忌戰死，劉裕怕建康失守，立即脫離行動緩慢的大部隊，帶上少數親信日夜兼程趕往建康。不過在他心急如焚的時候，還是聽到了一些寬慰的話。
他們在路上向路人打聽建康的訊息，路人們說∶“敵人還沒到，如果劉裕回來了，我們就不怕了。”劉裕聽了很高興，看來自己已經得到了大家的充分認可，於是劉裕快馬加鞭，迅速趕到建康，大家一看劉裕回來了，都鬆了口氣。
當初一起起兵推翻桓玄的，主要有劉裕、何無忌、劉毅等人，現在何無忌已死，劉毅向來有點不服劉裕，想趁機證明自己比劉裕厲害，於是劉毅帶上自己的人馬，去戰盧循。
劉裕聽說劉毅要單獨行動，怕他有閃失，寫了一封信給劉毅，勸他先不要單獨行動，等自己準備妥當，將和他一起出兵。劉毅不同意，他可能覺得和劉裕一起顯不出自己的本事吧，劉毅最後還是選擇自己單獨出兵。
盧循起兵之初，兵分兩路，自己帶一部分人馬攻城略地，派徐道覆率領另一部分兵力攻打長沙、巴陵等地，連戰連勝。徐道覆頭腦比較靈活，在盧循陣營中起到了類似軍師的作用，他聽說劉毅帶兵前來，立即派人給盧循傳話說∶“劉毅部隊戰鬥力強，我們需要合力打敗他，打贏這一仗，後面就沒什麼好怕的了。”
話說得很豪邁，當然他們心裡做出這個推論時有個前提——劉裕沒有趕回來。
於是盧循和徐道覆合兵一處，共有九隻高十二丈的大船（十二丈大約是三十米高），兵力強大，劉毅率軍來戰，難以取勝，最終被盧循擊敗，很多士兵都成了盧循的俘虜。
打了勝仗，按理應該高興，可沒想到打敗劉毅之後，盧循和徐道覆反而吵起來了，令人啼笑皆非的是，他們吵架居然是因為一個人——劉裕。
盧循之前聽說劉裕趕回了建康，他不信，打敗劉毅後，抓到俘虜一問，才知道劉裕真的已經趕回建康了。
這下子盧循慌了，他之前多次被劉裕打敗，內心已經有了恐懼，這次是因為劉裕不在才敢動手的。
沒想到劉裕這麼快就回來了，盧循心裡頓時出現了大面積陰影，不想再往前進，打算退回潯陽（今天的江西九江），割據江州和荊州，和劉裕長期對峙。
徐道覆比較張狂，他想和劉裕較量一下，不同意退兵，堅決要求乘勝追擊，打下建康。二人吵了半天，最後盧循勉強同意了徐道覆的提議，大軍繼續逼近建康。
劉毅是北府軍宿將，現在他也敗了，建康一片譁然，當時北上進攻南燕的部隊剛剛回來，很多士兵有傷在身，留守建康的部隊也只有幾千人，而盧循卻有十多萬人馬，形勢對劉裕很不利。在嚴峻的形勢下，有些人頂不住了。
部將諸葛長民建議帶上天子，過江逃到北方，避開敵人的鋒芒，被劉裕否定了。
決定堅守建康之後，劉裕開始招兵買馬，建康城裡的百姓也積極參與防守，在制定防守方案時，有人建議分兵把守各個要道，被劉裕拒絕了，劉裕認為已方兵力不足，分兵把守容易被敵人各個擊破，不如集中兵力在一處，隨機應變。
劉裕的部將孟昶心理承受能力就比較差，當初孟昶贊成劉裕率軍北伐，孟昶認為這給了盧循可乘之機，造成今天這個局面，自己負有很大責任，於是在內疚之下，自殺而死。
臨戰之前損失大將，劉裕只能強忍悲痛，繼續做好防禦部署，把部隊集中在石頭城。做好各項準備之後，劉裕像和南燕開戰前一樣，做了一番預言∶“敵人如果從新亭推進，我們只能暫避其鋒，勝負未知；如果他們把船停在長江西岸，則一定會被我打敗。”
在盧循的陣營裡，徐道覆是個狠角色，他建議直接在新亭推進，把船燒燬，和劉裕決一死戰。但是盧循比較多疑，孟昶的自殺讓他覺得劉裕部隊已經人心渙散，很快就能等來他們自己崩潰，沒必要去決一死戰，靜觀其變就可以了，於是改變了徐道覆的作戰計劃。
接著就出現了讓劉裕也膽戰心驚的一幕∶盧循部隊起初向新亭方向移動，這讓劉裕有些不安；不久盧循部隊又向西移動到蔡洲（古代南京長江段中的沙洲），劉裕這才鬆了一口氣。
看到敵人沒有選擇從陸路推進，劉裕趕緊派人在江邊加固防守，並且拿出了消滅南燕獲得的—千多名鮮卑騎兵。
鮮卑騎兵騎著駿馬，服飾和常人不同，盧循他們沒見過鮮卑騎兵，頓時被嚇了一跳。他先是組織了十幾艘戰船，沿江來攻打石頭城，劉裕早有防備，拿出了大型弩，等盧循派來的戰船一接近，萬箭齊發，立刻把敵船摧毀殆盡，盧循的戰船進攻被破解了。
盧循一計不成，又生一計。他派一些老弱殘兵登上戰船，大張旗鼓地進攻白石（南京鼓樓區一帶）。
劉裕觀察到敵人的動向之後，怕敵人從白石登陸，就帶兵趕往白石防守，留下部將徐赤特守在南岸。臨走之際，劉裕特意囑咐徐赤特堅守南岸，不得擅自移動。
其實這是盧循聲東擊西的計策，佯攻白石，吸引對方兵力，然後主力從南岸突破，但是打仗的時候虛虛實實，劉裕也無法判斷敵人是佯攻還是主攻，不得不去防一下，只要守將徐赤特堅守南岸，防守就沒有漏洞。
然而不是每個人都有堅定的作戰意志，劉裕對徐赤特就看走眼了。劉裕率軍向白石移動之後，盧循暗中埋伏在南岸附近的重兵立即發起猛攻，徐赤特帶領守軍進行抵抗。
由於敵人有備而來，攻勢兇猛，徐赤特的部隊打得很吃力，被殺了一百多人，徐赤特一看這陣勢就怕了，丟下部隊臨陣脫逃了。
他這一跑，守軍很快一敗塗地，陣地被敵人佔領。
陣地丟失的訊息傳來，大家都很著急，認為應當立即去奪回陣地。但是劉裕的舉動出人意料，他沒有立即帶兵去搶回陣地。
他先是率軍返回石頭城，讓大家吃好喝好，養足精神，把違抗命令的徐赤特給斬了。然後，讓大將朱齡石帶上打敗南燕時得到的鮮卑兵去對付敵人。
盧循部隊大多用的是短刀、朱齡石的鮮卑兵用的是長槊。因此，一番激戰下來，盧循部隊大敗，損失幾百人，不得不撤走，好不容易打下的一塊陣地又丟了。
在眾將士們的積極防禦面前，盧循部隊找不到任何機會，時間一天天過去，白白耗了幾個月都沒有任何進展，盧循最終決定撤軍。
盧循在兵力佔優的情況下沒能拿下建康，被迫退軍，隨著劉裕一方逐漸緩過勁來，勝利的天平開始向劉裕一方傾斜。
這時盧循已經四面楚歌，據點不斷被東晉大軍拔掉。他的親信範崇民，本來率軍駐紮在南陵（今天的安徽省南陵縣），然而附近的東晉部隊越來越多，最終擊潰了範崇民，拔掉了盧循的據點。
除了沿途的據點被拔掉，盧循的後方基地廣州也被劉裕盯上了。盧循在廣州的守軍覺得廣州離東晉部隊很遠，沒什麼危險，所以防備很鬆弛，劉裕派出的孫季高很輕易地就帶兵接近了廣州。
不過廣州城防堅固，守軍也有數千人，想打下來也有一定的難度。孫季高先下手為強，燒燬了守軍的戰船，然後發兵猛攻，一鼓作氣拿下了城池。
盧循的後方被端了，孫季高佔領廣州後安撫百姓，消滅盧循的殘餘力量，牢牢守住了廣州，為東晉大軍最終消滅盧循立下了大功。
這時盧循還不知道廣州丟了，依然在大造戰船，要和劉裕一決高下。劉裕則親自帶兵趕來，駐紮在雷池。盧循又一次使出了聲東擊西之計，宣稱不進攻雷池，準備沿著長江退走。
劉裕分析了戰況之後，判斷敵人很可能會來進攻，立即下令部隊做好作戰準備。現在的情況和當初在建康時不同，劉裕已經有了足夠的兵力和戰船，因此劉裕有信心擊敗對手。
這次盧循和徐道覆鉚足了勁，帶領數萬大軍，坐著多艘戰船攻來，劉裕派出多艘輕便小船，親自擊鼓助威，下令全軍出擊，同時派騎兵從陸上突擊。
劉裕的右軍參軍庾樂生不敢上前，坐船躲在後面，劉裕發現之後，立即把他斬首示眾，於是眾將再也不敢怠慢，全部帶兵奮力衝擊。
當初在建康保衛戰中，劉裕的大弩發揮了巨大作用，這次劉裕把大弩也給帶來了，萬箭齊發，盧循的船隻被大量摧毀。
在受到沉重的打擊之後，盧循船隊扛不住了，紛紛退走，把船停在了岸邊，這時劉裕事先埋伏在陸上的騎兵開始發揮作用，他們早早就準備好了大量火把，發起突擊，把火把扔到盧循部隊的戰船上。
盧循苦心建造的船隊頓時被付之一炬，不得不狼狽逃走。
劉裕沒有給盧循喘息的機會，繼續追擊，在左裡（今天的江西九江一帶）追上了盧循部隊。不料這時發生了一件怪事∶劉裕手持的幡竿突然折斷了。
在古代，打仗之前如果幡竿突然折斷，通常被認為不是什麼好兆頭。不過這也難不倒劉裕，他擅長做思想工作，他對將士們說∶“上次在覆舟山大戰桓玄之前，幡竿斷了，結果我們大勝；這次幡竿也斷了，預示著我們必將再次勝利！”
聽完劉裕的話，眾將轉憂為喜，盡力猛攻，盧循部隊此時已經是強弩之末，被打得損兵折將。這一戰過後，盧循再也沒有足夠的實力和劉裕正面對抗，他帶著殘兵敗將向廣州方向逃竄，徐道覆則退守到始興（今天的廣東韶關一帶）。
由於訊息閉塞，盧循並不知道廣州已經被東晉部隊拿下，等他好不容易逃到廣州，等候多時的孫季高給了他當頭一棒，率軍再次大破盧循部隊，盧循只好繼續逃亡。
這時徐道覆的末日也到了，劉裕派出大將劉藩和孟懷玉，二人帶兵來到始興，斬殺了徐道覆。
至此，盧循勢力基本被平定。