在一個忍者的世界，故事從主人公漩渦鳴人的孤兒生活開始，他的父母為了保護村子，將攻擊村子九尾妖狐封印到了他體內，鳴人因此受盡了村人的冷落，只是拼命用各種惡作劇試圖吸引大家的注意力。好在還是有依魯卡老師的關心，鳴人的性格才沒有變得扭曲，他總是幹勁十足、非常樂觀。為了讓更多的人認可自己，鳴人的目標是成為火影。整個故事就圍繞鳴人的奮鬥、成長，鳴人的同伴們的故事，以及這個忍者世界的各種爭鬥和陰謀展開。

波之國任務完結後，鳴人們返回木葉。此時木葉正要舉行中忍選拔賽，來自各國的下忍聚集在木葉，準備接受試煉。鳴人、佐助及小櫻三人最終亦決定參加。第一回合是筆試，是鳴人此生最叫苦的難題；幸虧考官伊比基其實是想考驗考生收集情報的能力，故鳴人雖一條問題也沒回答，但仍成功過關，還被伊比基認為相當有意思。第二回合是生存試練，在死亡森林內與其他考生爭奪用來晉級的“天之卷軸“及“地之卷軸”。途中遇上偽裝成草忍考生、已叛離木葉的大蛇丸。佐助對大蛇丸所召喚的大蛇一度畏懼，故鳴人一反之前，反過來以激將法使佐助振作起來。佐助終以巧妙的身手製服大蛇丸，卻被大蛇丸在其脖子上留下“天之咒印”，痛極昏過去。

鳴人亦中了大蛇丸的五行封印術，九尾力量被封印起來並昏過去。小櫻只得自行照顧佐助及鳴人。但不久又遇上了音忍託斯、薩克及琴（又譯：金），小櫻無法自行抵擋，幸得小李、鹿丸、丁次及井野等人相救；佐助亦突然爆發可怕的天之咒印力量，把音忍們擊退。鳴人、佐助甦醒過後，三人又繼續考試，但考試時限將至，始終仍欠缺所需卷軸。幸得之前認識的學長藥師兜指點，決定往終點之塔處等待其他考生，並擊敗三名雨忍成功奪取卷軸過關。第三場考試分預賽及淘汰賽。

鳴人的預賽對手是犬冢牙及其忍犬赤丸。犬冢牙的獸人分身、牙通牙等術一度迫使鳴人處於下風；但鳴人卻巧使計令牙錯手重傷自己的忍犬赤丸，又因突然放了一個屁，嚴重影響牙的攻擊能力，被鳴人自創的鳴人連彈所敗。進入淘汰賽，鳴人遇上有“天才”之稱的日向寧次，寧次的迴天術、點穴術及八卦六十四掌更是出乎意料的厲害，鳴人連動寧次一根汗毛的力量也沒有，甚至被其封印穴道，使不出任何查克拉。但因賽前得到“三忍”之一的自來也所指點，使其能操控九尾的力量，並以九尾之力擊敗了寧次，獲全場歡呼。

在最後一擊的對決中，兩人各自碎了一隻手臂，再也無力站起來的同時，終於說出了自己對對方的認同，佐助認輸。二人共同解除了無限月讀，包括真正的阿飛在內的所有剩餘白絕也都隨無限月讀的解除而死亡，忍界重新恢復了和平。數月後，卡卡西成為第六代火影。而佐助決定離開木葉遊歷世界，與鳴人等人道別時光飛逝，在大戰結束後十幾年，當年的年輕忍者們已經各自成家立業，而鳴人也終於實現了他成為火影的夢想，作為火之意志的繼承者，守護著村子裡的人們。

內容來自網路，如有侵權，請告知！