在朱元璋建立明朝之後，就對東北地區進行了治理，特別是奴兒干地區，該地位於黑龍江下游恆袞河口匯合口東岸的特林地區，原為元代東征元帥府。而朱元璋之所以會對此地有如此的關注主要還是因為該地的許多頑固勢力還未被清除，特別是元朝殘留的勢力。

一直到洪武二十年納哈出被明軍打敗，其他勢力投降於明朝，朱元璋就讓錦衣衛指揮達爾麻失裡帶著白金和綢緞去賞賜他們，而達爾麻失裡也成為了明朝第一個到奴兒干地區的官員、等朱棣上位後，海西女真、建州女真和野人女真都依附明朝，明朝也成功在建州設立建州衛，海西設立兀者衛。永樂二年奴兒干頭目朝貢，遂於黑龍江口特林地區設立奴兒干衛。

之後明朝就可以在奴兒干駐軍，“間歲相沿領軍”，駐軍的人數也不一定，多的時候有三千人，少的時候就是五百人，為期兩年。

為了能夠更好地管轄當地，明朝還要任命官員使奴兒干都司啟動和運轉，由職方清史司管理（職方清吏司是古代官署名，明、清時期兵部下設的機構，主要負責武職官的輿圖、敘功、核過、賞罰、撫卹及軍旅之簡閱、考驗等事，並管關禁與海禁），永樂七年設立了奴兒干都司後以都指揮同知為最高官員，康旺接管，宣德二年康旺升為都指揮使，天順六年七月，康旺之子顯襲都指揮同知，成化年間奴兒干都指揮僉事佟顯之子佟鎮襲為都指揮使，由此可看出，奴兒干都司官員雖然名義上是流官，但卻是可以世襲的。

而明朝對當地的治理多是採用因地制宜的方法，不改變他們原有的制度和生產生活方式等，當然這個需要當地遵守大明法律的前提，要是傷害朝廷命官或者意圖謀反這種基本上都是沒好下場的。

當然這個也要看情況，比如弩爾哈齊這種朝廷根本無法掌控，更別說懲戒了。