隨著四大輔政大臣的一個個被處理，玄燁也不再受他們控制，開始奪回朝廷大權，在1667年，14歲的玄燁正式親政，在太和殿受文武百官朝賀，他這個皇位坐的也不安穩，在四大輔政大臣被處理了之後，卻發生了三藩之亂，三藩是指平西王吳三桂、平南王尚可喜、靖南王耿精忠，三藩之亂是清朝初期三個藩鎮王發起的反清事件，由於在清朝入關之後，為了讓疆域穩定，以及為了對付李自成農民軍，以及明朝殘餘勢力的抵抗，在當時，李自成農民軍是一隻不容忽視的力量。

李自成帶領他的部下攻克了北京，推翻了搖搖欲墜的大明王朝，能有這麼多人跟隨李自成，看來李自成也是順應了民意，但是隔了三個月，多爾袞和吳三桂聯合起來，把李自成打的退出了北京，吳三桂，尚可喜，耿精忠，他們都是明朝的投降的將領，因為在清朝的初期，想要開拓疆域，與人心穩定，不得不依靠漢人來對付漢人，從事招撫及武力鎮壓。

因此，康熙想給他們升職，並分封一些土地，讓他們去守衛，吳三桂封平西王，鎮守雲南，兼轄貴州；尚可喜封平南王，鎮守廣東；耿精忠也就是耿忠明的孫子封靖南王，駐守福建，他們三個管轄的基本上都是南方，而北方是有清朝的八旗子弟兵把守，他們在所鎮守的過程中，權力過大，掌控著當地的軍隊和賦稅等，已經對朝廷來說是個大的威脅，唐朝的滅忙，就是由於藩鎮割據，才導致唐朝滅亡。

因此，當宋太祖趙匡胤接管大宋的時候就杯酒釋兵權，而造成宋朝基本上是文人治天下，軍隊都是鬆弛，渙散的狀態，三藩的建立和其勢力的養成，是清廷利用明朝降將平定及鎮守南方的結果，當三番任由其壯大，若不受控制的話，朝廷就岌岌可危，就會功高震主，那麼扯翻在康熙的心裡有了一些小的苗頭。