胃腸道間質腫瘤的症狀無明顯臨床特異性，主要與腫瘤的部位、大小和生長方式有關。

早期一般無明顯症狀，因此通常導致診治的延誤。隨著疾病的進展，中晚期根據腫瘤侵犯的部位以及對消化系統的影響，表現出相應的消化系統症狀。患者可出現早飽或食慾不佳、上腹部疼痛或腹脹、吞嚥困難或疼痛、嘔血或黑便等症狀。

因為胃腸道間質瘤為軟且易碎的腫瘤，食物或食物殘渣經過時可導致出血，根據出血部位不同，可表現為嘔血或黑便。患者甚至可以摸到腹部包塊。因為腫瘤緩慢出血引起的貧血，可以導致乏力。可以出現體重下降，還可以出現腫瘤轉移的症狀，如肝轉移。腹腔種植播散是胃腸道間質瘤常見的轉移，可出現皮膚髮黃、小便色黃、噁心納差、腹痛、腹脹等症狀。胃腸道間質瘤的治療分成兩大部分，一部分就是手術治療，因為胃腸道間質瘤如果能夠早期做手術切除，治療效果非常好。對於這些患者，如有高度復發風險，可能手術做完以後還不夠，這些患者術後可能還需要服藥，是一種特殊的靶向藥物，即甲磺酸伊馬替尼。這種藥物是靶向藥物，但藥物不能隨便服用，建議如果需要服用這個藥物，應該到專業的醫療機構，來制定服藥的方案。

患者需要多食用一些富含維生素和纖維素的果蔬，均衡膳食營養，要做到葷素搭配，多食用些富含優質蛋白的食物，以增強自身的免疫力。儘量少食用油炸類的食物，裡面含有大量的致癌物質，也會破壞體內的胃黏膜成分。