就在是年11月間，趁湘軍攻陷景德鎮、浮樑縣城褒獎有功人員之機，曾國藩奏準朝廷，李瀚章免補本班，以道員仍留湖南儘先補用，實際上專門負責湘軍軍費報銷事務和轉運湘軍軍需事務。

就在前一個月，李瀚章的弟弟李鴻章則由曾國藩奏保簡授福建延津邵之職，也未實地赴任，而是留在曾國藩幕府中充當親信幕僚，協助曾國藩處理軍政要務。此時，李瀚章兄弟六人中已有四人在曾國藩幕中任事，而李瀚章本人和弟弟李鴻章則做到道臺一級的高階官職。

其中原因，既與曾國藩對李氏兄弟的關愛、培育和薦舉提攜有很大關係，又與李瀚章、李鴻章二人的能力、オ識和實心用事聯絡在一起。如李瀚章在重入曾幕這一年多時間裡，專司報銷事務和軍需轉運事務，成績突出，理應受到提拔晉升。李瀚章的學識才能的確沒有讓曾國藩失望。

就在1860年春曾國藩全力經營安徽，並奏派左宗棠幫辦軍務，專營浙江之際，李瀚章已於是年3月間將歷年湘軍軍費報銷清冊整理完畢，曾國藩即在覆函中給予充分肯定：“報銷冊添寫三分，亦殊不易。”同時，他為了鞏固湖南大後方，保證兵源和餉幫的供給，屬咐李瀚章在“將報銷事料理”妥普後，“託伯符、小山、伴山請公閣下及早回湘，庶紓部懷。”

經過一個多月的仔細核定，曾國藩於是年6月間專摺奏陳歷年軍費，分作三批報銷。他在奏摺指出：“竊臣自成豐三年即次欽奉諭旨，辦理軍務。所有水陸兩營軍需報銷，因與湖南、湖北、江西三省總局相交涉，恐有難清，經臣的擬報銷大概規模分為數款，……於成豐七年十二月內在籍具招，先行奉明在案。

九年駐軍江西，設局辦理報銷，臣督同承辦各員，逐款稽核。”第批報銷之案“按照軍需例案，造具簡明總冊、分目細冊”，選派專人送呈戶部，“伏氣皇上聖鑑，部核銷施行”。此時，曾國藩已受命擔任兩江總督之職，朝廷對他倚重有加，況且由李瀚章主持完工的報銷清冊也無明顯不要，從而湘軍軍需第一批報銷之案雖未獲得中央朝廷的論旨回覆，但在實際上已經得到了認可。

1864年9月，在湘、準軍攻陷太平天國首都天京後的一二個月時間內，清中央朝廷則明降諭旨，不再追問湘軍第二、第三批報銷案的問題，這使曾國藩感到意外的同時，不得不感到皇恩浩蕩。如他在給李瀚章的書信中說：“各路軍營免辦報銷，近日皇恩浩蕩，此皆尤為出人意表。

敝處頭批報銷雖已入奏，尚未了結，二三批及十年以後各案全未辦動。聞此恩旨，直如罪人遇放，大病將愈，感激涕零。因閣下經手多年，特將部文行知，以慰念。”在這裡，曾國因湘軍軍費報銷問題一直懸在心中的石頭終於落地。

儘管這是清中央朝廷面對客觀現實，對曾國藩特予開恩的表現，但第一批報銷清冊基本沒有出現什麼紕漏、則是一個不可忽視的因素。可以說，李瀚章在促成這一結局的過程中所起作用是不可低估的。