大明王朝的皇陵，其實早在明太祖朱元璋掃平群雄、驅逐元帝，建立大明之前，就已經開始建造了——元至正二十六年（1366年），尚未稱帝、還只是“吳王”的朱元璋，為了體現自己“天命所歸、皇權正統”的至高地位，於是在自己的故鄉濠州（安徽鳳陽）為已經離世二十餘年的父母、兄嫂、侄子等親人修建陵寢，向天下顯示朱氏家族將要應天命承受江山社稷的合法性和正統性。

到太祖登基稱帝、建立大明王朝後的洪武二年（1369年），濠州朱氏家族陵寢的地宮部分大體完工；這一年，太祖舉行隆重的儀式，將父親仁祖淳皇帝、母親淳皇后，三位早逝的兄長南昌王（朱興隆）、盱眙王（朱興盛）、臨淮王（朱興祖）並盱眙王、臨淮王王妃（南昌王王妃尚在），早逝諸侄——的梓宮（或衣冠）都葬入其中，光宗耀祖，以告慰先人。最開始時，太祖賜陵名為“英陵”，後來又改為更具直抒意思的“皇陵”。

洪武十二年（1379年），皇陵的地面建築全部完工；太祖在世時，曾先後三次親自前往謁陵，祭拜父母、兄嫂；皇太子朱標及諸王在青少年時期，也曾多次奉命前往中都鳳陽祭陵。“皇陵”，是大明王朝第一座“皇家陵寢”。

此後，太祖在洪武十九年（1386年），為追尊為帝的三代祖先——高祖父（德祖玄皇帝）、曾祖父（懿祖恆皇帝）、祖父（熙祖裕皇帝）及其皇后修建陵寢。當時，德祖、懿祖的葬地因為年代太過久遠，已經無跡可尋，而熙祖的實際葬地倒是還能找到——就在中都鳳陽府泗州（江蘇盱眙）城北的楊家墩；

但熙祖夫婦的遺體實際安葬處地勢狹小，無法修建大型陵寢，而太祖也不敢輕易移動祖父祖母的遺體，怕因此挑斷風水龍脈；權衡之下，太祖命皇太子朱標率工部官員及民夫、工匠等，趕趕赴泗州，在楊家墩下寬闊處為德祖、懿祖、熙祖建造衣冠陵寢，以示追崇。

太祖和建文帝在位時，泗州陵寢地面建築一直未能完工，只先修建了地宮和享殿，將熙祖、德祖、懿祖及其皇后的衣冠葬入其內；直到永樂十一年（1413年），靖難成功的太宗（成祖）朱棣為祖陵增加了欞星門及圍牆等建築，大明的第二座皇帝陵寢才最終落成，成祖為其賜名為：“祖陵”。

洪武十四年（1381年），太祖已年過半百，需要考慮身後事了。當年，他授命中軍都督府僉事李新主持為自己及皇后修造身後的陵寢。李新經多方尋找，在京師（南京）東面的紫金山南獨龍阜玩珠峰下，找到了一塊風水寶地，經太祖欽定同意後，在此開建陵寢。

洪武十五年（1382年），馬皇后去世，此時，紫金山的帝陵地宮已完工，太祖便將馬皇后先期葬入地宮，等自己將來百年後與皇后合葬。

馬皇后的諡號為“孝慈皇后”（當時太祖尚未駕崩，所以馬皇后諡號中還沒系帝諡“高”），因此這座陵寢就被太祖賜名為“孝陵”；洪武三十一年（1398年），太祖駕崩，皇太孫朱允炆繼位，即建文帝；建文帝將皇祖與祖母合葬在孝陵地宮中，這也是大明王朝的第三座皇帝陵寢。

此後，太宗（成祖）朱棣在靖難成功之後，於永樂十一年（1413年）給孝陵加建了“神功聖德碑”，孝陵地面建築至此才全部建成。因為後世清世祖福臨在清東陵中的陵寢也叫“孝陵”，所以太祖的陵寢名號前被加了個“明”字，稱“明孝陵”，以示區別。

太祖駕崩四年後，建文四年（1402年）六月，燕王朱棣在歷時三年之久的“靖難之役”中獲得最終勝利，從皇侄建文帝手裡奪得了大明江山，在京師（南京）登基稱帝，即大明第三代皇帝——明太宗（成祖）。

因為成祖起家的大本營是在北平順天府（北京），他的權力基礎也在北方，因此，成祖稱帝后，就有心將國都從京師（南京）遷往北平，以利於穩固統治、加強北方防線（防備韃靼、瓦剌等塞外部族）。

永樂五年（1407年），仁孝徐皇后薨逝；工部官員在奏請成祖為皇后挑選陵寢地址時，成祖一反常態地否決了工部在紫金山太祖孝陵附近卜選吉壤的提議，而是按照親信的江西術士廖均卿的建議，委派其北上，在北平附近為皇后選擇合適陵址。

按大明制度，皇后先去世的話，帝后必然要合葬；成祖不在京師（南京）為皇后挑選陵寢地址，而是不遠千里北上順天府去尋找陵址，已經很明顯地向朝野暗示——自己駕崩後，將安葬於北方，且大機率會在駕崩前遷都北平。

經過一番仔細地勘探挑選後，廖均卿給成祖奉上奏疏，彙報說已經在順天府昌平縣的黃土山附近找到了一塊“上佳吉壤”，其風水地勢無與倫比。

在親自查看了廖均卿隨奏疏一併提交的黃土山風水圖和地勢走向圖後，成祖很是滿意，於是一錘定音，決定就在此地為皇后建造陵寢，賜黃土山名為“天壽山”。

永樂七年（1409年），陵寢正式開建，經過五年的不間斷建造，至永樂十一年（1413年），天壽山皇陵地宮全部建成，成祖將仁孝皇后的梓宮先期葬入地宮中，並不關閉宮門，以待自己將來駕鶴後，和皇后合葬於此。

早在永樂四年（1406年）時，成祖就下詔在北平興建皇城、宮苑，並改北平府為順天府，作為大明的陪都，稱為“行在”（即皇帝離開國都後的暫時駐蹕之地）；永樂七年（1409年），徐皇后的陵寢開建同時，成祖也以順天府為大本營，開始了第一次北征的軍事行動。

剛開始時，除了靖難功臣之外，其他朝臣們（也就是歸附成祖的那部分建文舊臣）對皇帝想要遷都之事都持反對態度（這些官員的家都在京師，要遠遷北方，生活上很是不便）。但永樂十四年（1416年），成祖不顧反對，決意遷都順天府，同時將對此事提出異議的臣子一一革職或降級；從此，再沒人敢反對遷都。

第二年，成祖命靖難功臣泰寧侯陳珪為總監督，以京師（南京）皇宮為模板，開始了大規模建造順天皇宮以及朝廷各官衙、附屬配套設施的程序。

永樂十八年（1420年），順天府新皇宮和城垣全部建成，成祖據此下詔正式遷都，改京師應天府為南京，升順天府為京師，同時順天府不再使用“行在”稱號；朝廷六部、五軍都督府，及都察院、大理寺、通政司、翰林院、太常寺、光祿寺、國子監、鴻臚寺等一應官署，都遷往順天府。

成祖在永樂十九年（1421年）正月正式遷都後，為了保持國家穩定、不使朝廷因國都變更之事出現混亂，所以在應天府依舊保留了一整套的官衙機構，委派大批官員留守南京，正常處理政務；留守的各官署名稱前，均加“南京”二字（如南京禮部、南京國子監、南京大理寺，等等）。

但成祖遷都還不到半年，京師皇宮三大殿（奉天殿、謹身殿、華蓋殿）就於永樂十九年（1421年）五月遭遇雷擊而損毀；有官員認為這是遷都後棄絕了皇脈與太祖孝陵，有違天意，請成祖順從天意，還都南京。成祖聞報後大怒，立即處死上疏官員，以皇權壓制朝中非議，堅決不返回南京。

永樂二十二年（1424年）七月，成祖在第五次北征韃靼的回師途中駕崩於榆木川，皇太子朱高熾奉遺詔登基，即明仁宗。仁宗隨後主持儀式，將成祖安葬於先期修造好的天壽山皇陵內，和母親合葬，並御賜陵名為“長陵”。

仁宗當年雖然是出生於北平（即京師順天府）、且在此生活了二十餘年，但自從靖難成功後，仁宗被成祖立為皇太子後，便長期居住於京師（南京），時常以“監國”的名義主持朝政（成祖本人經常率軍北征，不出徵的時候也大多住在順天府，不經常住在京師）。因此，仁宗對南京的感情很深，心中對成祖遷都順天府的做法頗不以為然。

永樂二十二年（1424年）八月，仁宗順利登基後，一來是看見前朝那殘破的三大殿遺址（被雷火焚燬），心裡就很膈應、反感；二來自己的支持者大多是朝廷文臣（即歸附成祖的建文舊臣），他們的利益大都在南方，不願意長期留在京師（北京）；因此，仁宗決心改變成祖的國策，將大明國都再次遷回應天府。

再者，仁宗的弟弟、成祖次子漢王朱高煦，在成祖生前就有奪嫡之意；成祖駕崩後，漢王更是加緊了爭位的行動。而漢王半生從軍，其支持者大多是靖難武臣，這些人的根基都在順天府左右；為了削弱漢王的勢力，仁宗也想要還都應天府，將朝廷遷離武臣們的大本營，維護皇權穩定，擊碎漢王的野心。

永樂二十二年（1424年）九月，仁宗剛剛登基才兩個月，就急不可耐地下詔，要求南京工部及南京五軍都督府動工修葺應天府皇宮、各官衙，以備朝廷隨時南返。同時，仁宗還將京師順天府中的六部印信收回，重新鑄造新的印信，各衙印信前加鑄“行在”二字，而應天府諸官衙印信上的“南京”兩字則被全部去除。

仁宗此舉，實際上廢除了順天府作為大明京師的正統地位，也向朝野表明了他將要把國都遷回應天府的決心。

但仁宗在位只有十個月，還沒來得及實施南遷的計劃，就於洪熙元年（1425年）五月突然駕崩於京師（北京）；皇太子朱瞻基當時正在鳳陽、南京等地祭拜祖陵、皇陵、孝陵，得到急報後，千里疾馳，返回了京師（北京），順利繼位，即明宣宗（當時，還有傳言漢王曾經在半路上截殺皇太子，但是沒能成功）。

宣宗登基後，立即中止了父親的南遷計劃，並在天壽山皇陵區內，祖父成祖皇帝的長陵旁，為父親仁宗皇帝挑選陵寢地址，而不是將仁宗的梓宮送回南京，在曾祖太祖皇帝的孝陵附近選址安葬，這顯示宣宗將繼續以順天府為大明京師。

但宣宗沒有改變仁宗確定的順天府諸官署印信上加鑄“行在”二字的做法，應天府諸留守官署印信上也沒加“南京”兩字；在很長時間內，大明的國都究竟在哪裡，沒有一個明確的答案。

洪熙元年（1425年）七月，宣宗親自前往天壽山，在祖父成祖皇帝長陵左側約一里處的一塊吉壤中，為父親仁宗選定了陵址，然後命成山侯王通、行在（北京）工部尚書黃福總管修陵事宜。

當年八月，只用了不到兩個月時間，仁宗陵寢的玄宮就全部落成，宣宗將仁宗的梓宮、以及其他陪葬嬪妃的棺木葬入地宮，為陵寢賜名“獻陵”。

此後，又用了三個月的時間，獻陵的地面建築如門樓、享殿、左右配殿、神廚等，也陸續營建完成；而此時，長陵的地面建築還沒有全部完工。直到宣德二年（1427年），在宣宗的督促下，長陵的地面宮殿建築才最終落成。

長陵，是昌平天壽山皇陵區，修造完工的第一座大明帝陵（此時獻陵的最後工程——明樓，還在修造之中）。

在此之前，宣德元年（1426年）八月，漢王朱高煦在封地山東樂安州起兵作亂，號稱“定難”，意欲重演當年成祖的“靖難”之事。但宣宗遠非建文帝可以相比，得到漢王謀反的急報後，立即率軍親征，十二天就抵達了樂安，隨即四面包圍，以神機營火器攻城。樂安城中的叛軍大譁，想擒朱高煦父子獻於宣宗，以贖從亂之罪。

朱高煦內外交困之下，無計可施，再無鬥志，只得主動投降。半個月內，宣宗兵不血刃，就消滅叔父的叛亂。叛亂同黨被誅殺四百六十餘人，削官流配一千五百餘人，驅往塞外七百二十七人，野心勃勃的武臣集團對朝廷的威脅被一掃而空。

朱高煦投降後，與后妃子女被押赴京師，廢除王爵，稱“漢庶人”，軟禁於皇宮西安門。宣德三年（1428年），漢庶人及其全家被誅殺於行在（北京）禁所內；宣宗再也沒有了後顧之憂，朝廷也不必還都南京，以避跋扈宗王和不軌武臣們的覬覦、威脅。

宣德十年（1435年）正月初三，宣宗突然患病，隨即駕崩，皇太子朱祁鎮奉詔繼位，即明英宗。英宗謹遵太皇太后（即仁宗張皇后、宣宗生母）的懿旨，派專人赴天壽山陵區，為父親宣宗皇帝卜選吉地，在長陵右側約一里處的天壽山主峰東側黑山下，選定了陵址，隨即開工建陵。

宣德十年（1435年）正月十一，宣宗的陵寢營建工程正式動工，以太監沐敬、豐城侯李賢、行在（北京）工部尚書吳中、侍郎蔡信督工建造。六月二十一，地宮落成，葬宣宗及陪葬嬪妃梓宮入內，英宗賜陵名為“景陵”。

正統七年（1442年）十二月，獻陵的明樓完工，第二年三月，獻陵的外圍宮牆建築全部完工，這是天壽山皇陵區第二座落成的帝陵。

獻陵完工前的三年，正統五年（1440年）秋，英宗下詔重修三大殿，經過一年的修造，正統六年（1441年）年底，奉天、謹身、華蓋三殿全部重修完工，完整的大明皇宮，再一次展現在世人眼前。

藉著皇宮三大殿重修完工的契機，英宗在正統六年（1441年）冬至大祭典禮中，正式宣佈恢復行在（北京）的京師地位，此後以順天府為京師，在京諸部、司、衙、寺的印信，皆去“行在”二字，而應天府留守各衙署，其印信上恢復“南京”二字，以後成為定製。

就這樣，前前後後反覆了數十年之久的大明國都之爭，在明英宗的手中徹底劃上了句號；此後二百年間，大明京師都是順天府（北京），應天府（南京）只得到了陪都的名號。

天順七年（1463年）三月十九，歷經二十八年斷斷續續地修造，天壽山皇陵區內第三座帝陵——景陵的地面建築工程最終完工，這個時候，距離天壽山下第一座帝陵——長陵的開工時間，已經過去了五十四年。